Счастливое начало этой войны довольно известно. Войска, воодушевляемые личным присутствием царя, взяли – кроме многих других, менее значительных городов – Смоленск, Витебск, Могилев, Полоцк, Вильно, Ковно, Гродно; пребывание царя в некоторых из этих городов, и особенно в Вильно и Полоцке, познакомило его с совершенно новым образом жизни. По свидетельству Коллинса, царь с этого времени стал преобразовывать двор, завел даже театр, как мы упоминали. Вызвав из всех посещенных им городов многих ремесленников и художников, он использовал их искусство и труды для украшения своего дворца, для чего и причислил их всех к замечательному в то время дворцовому художественному и ремесленному заведению, известному под именем Оружейной палаты, из которой они получали достаточно большое содержание. Более того, государь отдал им в науку русских учеников, которых они должны были выучить всему, что сами знают.
С этого времени характер украшений дворца во многом изменился. Внутри дворца появились обои (золотые кожи) и разного рода мебель на немецкий и польский образец. Характер резьбы по дереву, так часто используемый во всех внутренних и внешних украшениях дворца, также изменился. Обыкновенную русскую резьбу по поверхности дерева заменила фигурная немецкая резьба во вкусе немецкого рококо, как можно судить по дошедшим до нас памятникам из домашней утвари того времени.
После смерти Алексея Михайловича продолжателем всех его начинаний был его сын, царь Федор, который в недолгое царствование, продолжавшееся шесть с небольшим лет, весьма обновил дворец и расширил новыми постройками. Новые отделения во дворце были необходимы. Царь Алексей Михайлович оставил после себя многочисленное семейство, которое еще при нем требовало более просторного помещения.
Царь Федор Алексеевич
По вступлении же на престол его сына Федора, занявшего жилище своего отца, потребовалось отделить особые хоромы для вдовствующей царицы Натальи Кирилловны с ее малолетним сыном, царевичем Петром. Государевы хоромы стояли у Терема подле западной стены Евдокеинской теремной церкви; сюда же перенесены были и хоромы царицы, и перед хоромами был разведен комнатный сад; а дальше тянулся ряд хором царевниных, тоже с садом. На сенях у царевен, кроме перестройки их хором, государь возобновил церковь Спасова Нерукотворенного Образа и построил над ее трапезой новый храм во имя Успения Богоматери, освященный в день Успения, 15 августа 1680 г.
В 1681 г. государь построил для своего брата Ивана Алексеевича также новые деревянные хоромы. В то же время (с 1677 г.) царь Федор Алексеевич обновил и свой Каменный верхний Терем со всеми церквами, которые находятся на сенях этих хором, соединенные с собором Спаса Нерукотворенного. Возобновлен был также и этот собор и расписан снаружи, со стороны алтарей, аспидом розными цветами (под мрамор). Над приделом Иоанна Белоградского (ныне Иоанна Предтечи) он надстроил небольшой придел в честь Распятия, украсив его медным вызолоченным иконостасом. Церковь Распятия возвышалась в уровень с кровлей Грановитой палаты, так что к ее алтарю был ход с этой кровли.
Затем перестроена была церковь Рождества Богородицы. К ней приделали новую трапезу; собрали с нее главы и по сводам выверстали площадь наравне с площадью, которая находилась у терема под новыми хоромами; на этой площади, устроенной таким образом над церковью и над трапезой, построили новый пятиглавый храм, во имя Сошествия Св. Духа, с небольшим приделом с северной стороны. В 1679 г. государь перестроил также церковь Похвалы Богородицы на новом Потешном дворе, здание которого, сохранившееся доныне, было построено в это же время.
Из больших палат в 1681 г. были перестроены две Набережные, Ответная и Панихидная. Столовая изба и при ней сад, между Средней Золотой и алтарями Спасо-Преображенского собора, были разобраны и на их месте выровнена площадь. Столовая была перенесена в возобновленную Панихидную палату, которая и именовалась с этого времени Столовою. Между церковью Иоанна Предтечи и Колымажными дворцовыми воротами в двух палатах, где были Резные и Столярные палаты, перенесенные в другое место, помещена царская Аптека.
После смерти Федора Алексеевича, в ноябре 26-го числа 1682 г, сгорела часть обновленного им дворца, примыкавшая ко двору патриарха: деревянные хоромы царя Петра Алексеевича и хоромы царевен; Успенский собор, на котором сгорела кровля и в главах оконницы, так что все значительные иконы и мощи чудотворцев вынесены были в это время в Архангельский собор. В 1683 г. на месте погоревших хором для царя Петра и его матери, царицы Натальи Кирилловны, были выстроены деревянные хоромы, а для царевен Софьи, Екатерины, Федосьи и др., живших после пожара на Потешном дворе,– каменные палаты о трех житьях, т. е. этажах, из которых в нижнем была устроена комната, где сидеть с бояры – слушать всяких дел: явление, по тому времени не совсем обыкновенное на женской половине царского дворца, и особенно на половине царевен, но весьма понятное, если мы скажем, что эта думная комната устроена была по назначению царевны Софьи Алексеевны. В одно время с этими палатами, в 1684 г., построена на Кормовом дворце, возле новых хором царя Петра и его Верхнего Красного сада, новая церковь – во имя св. апостолов Петра и Павла, тезоименитых царю. В июне того же года велено было написать в эту церковь местные пророческие и праотеческие иконы и сделать иконостас, позолотив его сусальным золотом.