Впоследствии вместо хором здесь устроен был Верхний Набережный сад над лицевою стороною корпуса и над его одним крылом, стоявшим вблизи церкви Иоанна Предтечи и дворцовых Колымажных ворот, площадью 594 квадратных сажени. Сад был обнесен каменною оградою, украшенной каменными балясами, в которой было 109 окон, или пролетов.
Возле этого Верхнего при царе Федоре Алексеевиче в 1681 г. был разведен Нижний Набережный сад, с набережной стороны Ответной и Столовой палат. Нижним этот сад стал прозываться, в отличие от Верхнего, потому что был расположен ниже Верхнего на целый этаж дворцовых зданий. Он находился в уровень с подклетными этажами дворца. От Сретенского собора в этот сад лестница состояла из 37 ступеней.
На царском дворе в XVII ст. было несколько верховых, т. е. хоромных, так сказать, комнатных, садов, которые все назывались красными, в смысле изящных, красивых как в отношении цветов и растений, которыми они были насажены, так особенно по внешней их уборке, по обыкновению весьма пестрой и узорочной. В старину сад составлял необходимую принадлежность каждого сколько-нибудь зажиточного или достаточного хозяйственного двора наравне с другими хозяйственными и домашними статьями. Не мудрено, что и в царском быту мы находим верховой комнатный сад при каждом особом отделении дворца или, точнее сказать, у каждого отдельного хозяйства в царской семье. Так, особые сады находились при комнатах государя, старших царевичей и больших, т. е. старших, и меньших царевен. Все верховые сады были расположены на каменных сводах, над палатами и погребами, почему их можно назвать висячими.
Спас-на-Бору. С гравюры XVIII в.
Известно, что на внутреннем дворе дворца, близ церкви Спаса-на-Бору, со стороны ее алтарей, находился особый сад, который расположен был возле Столовой избы и против государевой Постельной комнаты. В этом саду в 1643 г., после кровопускания у царя Михаила Федоровича, хоронили в ямку его царскую руду (кровь). Это был один из самых старых верховых садов и, может быть, существовал еще при царе Иване Васильевиче Грозном, постельные хоромы которого находились тут же, позади Средней Золотой палаты.
В 1674 г. царь Алексей Михайлович, после всенародного объявления царевича Феодора, торжественно прошел с ним через этот сад в хоромы царицы Натальи Кирилловны мимо Царицыной Золотой палаты.
В 1681 г. этот сад вместе со Столовою избой был разобран и на том месте была выровнена площадь. Все садовое строение тогда было перенесено на набережное место за Ответную палату, где в тот год с апреля и был разведен новый Набережный сад, известный под именем Нижнего.
В 1685 г. упоминается о саде, что на верхних хоромах на Потешном дворе, который покрыт был тогда сетями, вероятно, для защиты деревьев от птиц.
Подле хором царицы Натальи Кирилловны и малолетнего царя Петра Алексеевича, как обозначено выше, находился также Комнатный сад. В 1682 г., в апреле, этот сад зашивали лубьем (досками) со стороны каменных портомойных палат до Потешной площадки, с которой в сад была сделана тогда же лестница. Эта Потешная площадка была устроена у комнат маленького Петра. На ней будущий преобразователь потешался воинскими играми с малыми ребятками, которые набраны были ему в товарищи. Здесь стоял потешный шатер и потешная изба, представлявшие, может быть, воинский стан; здесь же помещался потешный чулан, обнесенный балясами. Кроме этих построек, на площадке находился рундук с колодами, на которых ставили рогатки и стояли деревянные пушки на станках, или лафетах, полковых и волоковых, расписанных, как и самые пушки, красками и убранных оловянными каймами, клеймами, орлами и другою подобной оправой. Ядра, которыми стреляли из пушек, были обтянуты кожей.
В 1685 г. этот сад перестроен. Он назывался Новым Верховым каменным садом и помещался на каменных сводах. На покрытие площади для сада вышло около 640 пудов свинца, из которого водовзводного дела мастер Галактион Никитин лил доски, покрывал ими своды и прочно их запаивал. В апреле в это свинцовое вместилище наносили хорошо просеянной земли, глубиною на аршин с четвертью, для рассадки растений; сделали гряды и ящики для цветов; огородили весь сад решеткою с балясами и с прорезною дверью и расписали ее черленью (красною краскою). В 1687 г. сюда была проведена вода по свинцовым трубам и водовзводным ларям и устроен прудок. В это время в саду росли уже царьградский орех, грецкие орехи и кусты сереборинников114. К зиме их закрывали рядными рогожами и войлоками; орехи сидели в отрубах, или грунтах. Позже этот Красный Верхний сад принадлежал царевичу Алексею Петровичу, который жил здесь же, в отцовских хоромах.