Активное участие в разжигании Смуты принимали казаки. Они доставили немало бед населению. Но они же пытались искупить свои грехи. К концу Смуты казаки значительно помогали земскому ополчению в войне с поляками. И хотя ещё существовали отдельные казачьи грабительские шайки, но всё больше казаков направлялось к Москве и «целовало крест» в знак верности молодому царю. Уже в 1614 г. государь запретил называть казаками грабителей, «чтобы прямым казакам, которые служат, бесчестья не было». Ещё во времена Ивана IV казаки были на службе у московского царя. Царь Михаил Фёдорович простил казаков за участие в Смуте и снова принял их на службу. В знак милости и прощения он прислал на Дон царское знамя, с которым казаки должны были идти в бой против недругов России. Посылали казакам и жалованье за службу — не только деньги, хлеб, вино, но и всякие боевые запасы (порох, свинец и т. д.), чем особо дорожили казаки. Были в посылках и священные книги, иконы в серебряных окладах, ладан для казачьих церквей.
Казаки постепенно превращались в «сберегателей Великыя Российскыя Державы», как они сами себя называли. Начинали служить Московской державе и яицкие казаки, жившие в степях по берегам Яика (теперь река Урал). Царь Михаил по их просьбе дал им грамоту на владение землями от верховья реки Яик до самого её устья. В помощь казакам была выстроена крепость — Гурьев Городок. Там стояли постоянно царские войска.
Поддержка Москвы имела большое значение для активизации военных действий донских и уральских казаков по защите рубежей России. Они с удвоенной силой обратились против своих исконных врагов. Так, донцы на своих лодках совершали нападения на города по берегам Крыма, Малой Азии, на окрестности Константинополя (Стамбула). Теперь там познали ужас беспощадного набега со стороны казаков, с грабежами и пожарами, как когда-то русское население от набегов крымчан. Бывало и так, что казаки на своих челнах каким-то образом успевали подойти вплотную к огромным кораблям турецкого флота и взрывали их. Корабли шли ко дну вместе со своим грузом и людьми. В ответ нередко казачьи челны вдребезги разбивались артиллерией врага.
Теперь уже турки жаловались русскому царю на набеги казаков. Но им в ответ отправлялись жалобы на набеги крымских и азовских татар. А про казаков в оправдание говорили, что они люди «вольные» и унять их никак нельзя. И это, в общем-то, было правдой. Вскоре с трудом и не однажды их придётся «унимать» царским войскам (восстания Разина, Пугачёва). А пока казаки принимали активное участие в отражении турецко-татарской агрессии. Донские казаки в 1637 г. даже взяли турецкую крепость Азов. Огромная турецкая армия в 240 тысяч человек не смогла выбить их оттуда и отступила. Казаки просили царя прислать подкрепление, чтобы удержать крепость. Но царь опасался войны с Турцией. Она была сильна, а Россия ещё слаба после войны с Польшей. Михаил велел казакам оставить Азов, а султану просил передать, что не хочет с ним ссориться, и что казаки, вопреки царскому запрещению, взяли Азов. Турки, конечно, не верили такому заявлению, но начали уже побаиваться Москвы, которая постепенно восстанавливала свои силы. Россия тогда была единственным свободным православным государством, и на неё с надеждой стали смотреть православные подданные турецкого султана: греки, болгары, сербы, валахи (румыны).
В 30-е г. XVII в. началось восстановление заградительных барьеров от грабительских набегов крымских татар: сооружалась новая линия укреплений Белгородской засечной черты от агрессии с юга. Её строительство закончилось уже после смерти царя Михаила, и она протянется через Белгород и Тамбов. Старая Тульская засечная черта была перестроена и укреплена и стала второй линий от крымскотатарских набегов.