Историческая память сохранила удивительное соседство зверских, кровопролитных и трогательных до умиления событий бунтующей столицы. Лишь только волнения в Москве приутихли, царь вышел на Лобное место на Красной площади и обратился к народу со словами, в которых обнадёжил собравшихся, что ему всё теперь ясно и он не даёт «злым» людям «волю». Но и народу надо отнестись к Морозову снисходительно. Ведь он так много сделал в юные годы царя. Закончилось обращение царя криками из толпы: «Многая лета царю нашему!»
Близок был к царской особе его постельничий, позже — окольничий, глава ряда приказов Ф. М. Ртищев. В 40-е гг. он устроил школу для молодых дворян. Следом были открыты ещё несколько частных школ. Современники оставили о Ртищеве пространные воспоминания, в которых характеризовали его как абсолютно нечестолюбивого, общительного и доброжелательного человека. Сохранилось особенно много подробностей проявления его милосердия. Говорили, что, путешествуя, он подбирал в свой экипаж встретившихся по дороге нищих, больных. Он лечил их за свой счёт и за счёт «сердобольной царицы», создавал для этой цели госпитали (собирал туда даже пьяных до излечения), для неизлечимо больных — богадельни. Ртищев выкупал пленных у татар, помогал тюремным узникам и иноземным пленникам, в неурожайные годы отправлял голодающим хлеб и т. д. Он, несомненно, имел влияние на царя. Именно благодаря ему при Алексее Михайловиче была основана целая система церковно-благотворительных учреждений.
Ближайшим сотрудником царя являлся глава Посольского приказа А. Н. Ордин-Нащокин. Он происходил из бедной семьи псковских служащих. Ордин-Нащокин относился к тем умным и даровитым людям, которых царь, несмотря на незнатность рода, возвышал, заметив их способности к государственным делам. Не однажды этот боярин удивлял иностранцев твердостью и искусством отстаивать интересы России. Он отличался честностью и неподкупностью. В противоположность Ртищеву, Ордин-Нащокин был человеком сложных взаимоотношений с окружающими его людьми. Он стал автором многих «желчных жалоб» царю: не терпел беспорядка и необязательности чиновников любого ранга. По мнению В. О. Ключевского, он обладал «бойким пером», «неугомонной совестью» и, как никто из государственных деятелей XVII в., высказывал уже тогда множество преобразовательных идей и планов, которые после осуществил Пётр I. Он стремился «отрешиться от национальной замкнутости и исключительности» и внушал окружающим, что «доброму» не стыдно поучиться и «у чужих, даже у самих врагов». Многолетняя дипломатическая деятельность давала ему возможность познакомиться с иноземным образом жизни. При этом он хотел понять, что нужно и что нельзя заимствовать из европейской культуры.
У Ордина-Нащокина была разработана целая программа правительственной политики. Он был сторонником абсолютистского государства, но в то же время в период своего воеводства в Пскове пытался осуществить там городское самоуправление. Он приветствовал частную инициативу на местах и содействовал предпринимательству. Ордин-Нащо-кин стремился освободить внутренний российский рынок от конкуренции со стороны иностранных купцов и требовал ликвидировать привилегии для них на российской территории. В 1667 г. был принят Новоторговый устав, в создании которого сам царь принимал активное участие, а Ордин-Нащокин настоял на том, чтобы было введено строгое территориальное ограничение для иностранных торговцев. Им теперь запрещалось участвовать в розничной торговле. А оптовой торговлей они могли заниматься на окраинах страны, главным образом в Архангельске. Ордин-Нащокин выступал также за устройство кредитных учреждений. А одной из важнейших задач внешней политики России он считал овладение Балтийским побережьем и поэтому говорил о необходимости сосредоточить военные силы только в этом направлении. Он убеждал, что для осуществления этой цели можно даже отказаться от борьбы с Польшей за Украину.
Несколько ранее проектов Ордина-Нащокина в общественно-политической жизни Москвы становятся заметными пропагандистские выступления о необходимости объединения славян некоего Юрия Крижанича, хорвата по происхождению. Он был приглашён в Россию для исправления богослужебных книг, но в 1661 г. был сослан в Тобольск, будучи заподозренным, и небезосновательно, в пропаганде католицизма. Там он пробыл пятнадцать лет, потом вернулся в Москву, а затем благополучно отправился за пределы России. Но в ссылке он создал программу преобразований в России, которая отразилась в его сочинении «Думы политичны» («Политика»). Судя по этой книге, он был сторонником мудрого самодержавия, поэтому осуждал деспотические методы управления. Судьбу России Крижанич видел неотъемлемой от судьбы всех славянских народов. Россия должна их объединить, ликвидировав религиозные разногласия братских народов путём перехода их, в том числе и России, к католицизму. Возможно, он искренне переживал за судьбу славянских народов. Но в нём видели агента католической церкви, которая, испытывая в то время огромные трудности после событий Реформации, всячески стремилась укрепить свои пошатнувшиеся позиции в Европе за счёт окатоличивания неподвластных ей народов, в том числе и российского населения. Кроме того, папа Римский не оставлял надежды использовать славянские народы для борьбы с Османской империей. Но католическая церковь в течение нескольких веков была слишком агрессивна по отношению к православным славянским народам и к идее их объединения. Поэтому пропаганда ставленника католицизма Крижанича, хоть и была направлена на объединение славян, на утверждение идеологии прогресса, но не смогла встретить сочувствия в России, так как это объединение должно было произойти под знаменем католической церкви. Эта программа с самого начала являлась утопичной и не была принята в России. А вскоре о ней просто забыли.