Помимо дипломатической, экономической, военной поддержки России, украинцы имели союзнические отношения с ханом Ислам-Гиреем. Но, подкупленный поляками, он предал союзников и увёл свою конницу накануне сражения под Берестечком, состоявшегося в июле 1651 г. Восставшие потерпели поражение.
Только в сентябре под Белой Церковью удалось остановить наступление польских войск. Условия заключённого там мира были тяжёлыми для Украины. До двадцати тысяч сокращался реестр казаков. Только Киевское воеводство осталось в казачьем самоуправлении. Гетман лишался права самостоятельных внешних сношений. Вся полнота власти над зависимым населением возвращалась польской шляхте. Но начались новые выступления против угнетателей, и даже были некоторые успехи в Приднепровье, но Речь Посполита вновь одерживала победы, собрав 50-тысячное войско. Хмельницкий понимал степень опасности этих побед для Украины.
После погрома гетманом Радзивиллом Киева, когда соборную церковь Богородицы разграбили, в Печерском монастыре иконы пожгли, в Софии Киевской казну забрали, Хмельницкий вновь обратился в Москву с просьбой о присоединении «единоверных к единоверным», перечислив результаты этих польских погромов. Он просил покровительства у нового патриарха Московского — Никона, который повлиял на решение царя удовлетворить просьбу украинцев. А ведь не все из окружения самодержца были согласны с ним.
Ближайший сотрудник царя, глава Посольского приказа, государственный канцлер А. Н. Ордин-Нащокин, считал, что присоединение Малороссии не главная проблема России и что крепкий союз России с Польшей прекратит «шведские козни», а значит, можно будет напрямую выйти к Балтийскому морю. Он даже предполагал династическое соединение с Польшей. А уж к объединившимся славянам присоединятся молдаване, валахи, турецкие христиане. Царь Алексей Михайлович пренебрёг советами Ордин-Нащокина, очевидно, посчитав надежды государственного канцлера утопическими.
10 мая 1653 г. Земский собор в Москве принял положительное решение в ответ на просьбу Хмельницкого. В этой связи русское посольство отправилось на Украину, где 8 января 1654 г. Большая Рада Украины в Переяславле приняла решение о воссоединении Украины и России. В результате, помимо реальной помощи украинскому народу в его освобождении от польского гнёта, пришёл конец административному разделению' русской церкви на две митрополии — на русскую и киевскую. И в этом не последнюю роль сыграл патриарх Никон.
Украина вошла в состав России на правах автономии. Там сохранилась выборность гетмана, признавались органы местного управления, сословные права дворянства и казацкий старшины. Гетман имел право внешних сношений со всеми странами, кроме Польши и Турции. Устанавливался казачий реестр в шестьдесят тысяч человек.
Но Речь Посполита не могла примириться с отделением от неё украинских земель. В 1654 г. началась война. Она закончилась лишь 31 января 1667 г. Андрусовским перемирием. И Россия получила Смоленск, Дорогобуж, Белую Церковь, Красный Невель, Северскую землю с Черниговом и Стародубом. Польше пришлось признать воссоединение Левобережной Украины с Россией. Правобережная Украина и Белоруссия оставалась в Речи Посполи-той, Запорожская Сечь — в совместном управлении России и Речи Посполитой. Эти условия были окончательно закреплены в 1686 г. «Вечным миром» с Речью Посполитой.
Россия и Польша объединились против турецко-татарской агрессии, что также явилось условием «Вечного мира», а это вынуждало Россию расторгнуть заключённый в 1681 г. Бахчисарайский мир с Турцией, по которому обе стороны соглашались на двадцатилетнее перемирие.
Одновременно с русско-польской войной (1654-1667) Россия была в состоянии войны со Швецией (1656-1658) и пыталась возвратить балтийское побережье, которое осталось за Швецией по Столбовскому миру 1617 г. В 1661 г. в Кардиссе (между Юрьевом и Ревелем) был подписан мир, по которому территория в устье Невы и ливонские земли так и оставались за Швецией. Россия пока не в силах была что-либо здесь изменить.
Церковь, русская культура и её деятели
Знаменательными и трагичными были события, связанные с реформой и расколом русской церкви. В их водоворот попали судьбы ярких, незаурядных личностей того времени, в том числе патриарха Никона и лидера старообрядческого движения протопопа Аввакума. Остро переживал это сам царь.