Младшие сыновья Юрия Дмитрий Шемяка и Дмитрий Красный вначале признали Василия великим князем, но их старший брат Василий Косой решил бороться за великокняжеский стол. Вскоре к нему присоединились и младшие братья. Началась братоубийственная война, которая длилась тридцать лет и сопровождалась жестокостью и с той, и с другой стороны. Для подавления противника привлекалось, как и в далёкие времена, татарское войско. Власть оказывалась то в руках Василия Васильевича, то в руках Шемяки. Однажды Василий II попал в руки Шемяки, был им ослеплён и отправлен в Углич. С тех пор его стали называть Василий Тёмный. Но ведь и он в своё время ослепил за предательство боярина Ивана Всеволожского и своего двоюродного брата Василия (Косого). Борьба за власть не знала предела жестокости даже по отношению к своим соотечественникам или родственникам.
Через год после ослепления Василий II (Тёмный) победил своего врага и снова стал великим князем. Ему помог тверской князь, да и москвичи всё же были на его стороне. Княжение Василия II (1425-1462) сопровождалось не только сложностями политического междоусобного характера, но и напряжённой обстановкой в церковной жизни.
В 1431 г. после смерти митрополита Фотия патриарх Константинопольский назначил русским митрополитом грека Исидора{108}, хотя в Москве желали видеть митрополитом рязанского епископа Иону. В это время Константинопольская церковь была в тяжёлом положении (надвигалась турецкая опасность). Пытаясь найти помощь на католическом Западе, в 1439 г. на Флорентийском соборе она заключила унию{109} с Западной церковью — согласилась признать верховную власть римского папы, и русский митрополит Исидор, присутствовавший на этом соборе, тоже подписал акт унии. Он вернулся в Москву уже в качестве папского уполномоченного для всех «северных стран» в сане римского кардинала. Исидор ещё по дороге в Москву всюду объявлял о соединении католической и православной церквей как о реальном факте. Он даже провёл целую зиму 1440-1441 г. в Киеве. Но киевляне, очевидно вначале оторопев от такой новости, хотя и не сразу, но всё же выгнали его за пределы города, не потерпев вероотступничества.
Исидору пришлось столкнуться также с возмущением как московского правительства, так и духовенства. Они категорически отказались присоединиться к унии. «Латинским ересным прелестником» назвал великий князь Исидора. А летописец определит его поступок как «богомерзкий». Исидор — последний русский митрополит из греков. Он был даже заточён в Чудовом монастыре, но вскоре бежал в Тверь. Исидор надеялся, что та, бывшая политическая соперница Москвы, претендовавшая когда-то на великокняжеский стол, уж точно поддержит его. Но он просчитался. Его и там лишили свободы, но ему опять удалось бежать от возмущения православных. Исидор отправился на русские земли, находившиеся тогда под властью Польши и Литвы. Там его проповеди тоже не имели особого успеха.
5 декабря 1448 г. собор русских пастырей возвёл на стол митрополита Киевского и всея Руси Иону. Папа Пий II объявил Иону «нечестивым отступником». В 1458 г. уже ученик Исидора, Григорий, был назначен в Риме митрополитом Русской земли. Тогда же произошло административное разделение русской церкви на две митрополии: Московскую и Киевскую. И этому разделению единой церкви будет положен конец лишь в 1654 г., когда произойдёт воссоединение Украины с Россией. Отказ Василия II признать союз (унию) католической и православной церкви под главенством папы Римского красноречиво говорит об уже значительном усилении великокняжеской власти и постепенном становлении Руси как единого государства. И хотя этот «союз» двух церквей глава католической церкви навязывал Руси под предлогом спасения Византийской империи, его усилия по окатоличиванию русского населения оказались напрасны. Очередная агрессия католицизма не увенчалась полным успехом. И всё же разделение русской церкви на две митрополии произошло. Но этот конфликт середины XV в. неожиданно возродится в какой-то степени в конце XX — начале XXI в., в так называемый «постперестроечный» период после развала СССР и болезненно отразится на отношениях братских народов.