С 1555 г. в отношении мусульман Поволжья и Приуралья проводилась политика гибкой дипломатии. Ни о какой насильственной христианизации, миссионерской деятельности в этих районах не могло быть и речи. В документах Посольского приказа прямо оговаривалось, что христианизация завоёванных областей не являлась государственной задачей. Царь не настаивал на крещении мусульман: «их ничем от их веры не нудит и мольбищ их не рушит». Но, безусловно, поощрялось добровольное решение перейти в православие бывших ханских подданных, поступивших на царскую службу. В наказе архиепископу Гурию, поставленному в Казань в 1555 г., говорилось: «Всякими обычаи, как возможно... татар к себе приучати и приводити их любовию на крещение, а страхом их ко крещению никак не приводити». Было создано Казанское архиепископство. Новая должность в русской церковной иерархии занимала третье по значимости положение. Сохранилась дипломатическая переписка московского правительства 1565 г. с ногайцами: «У нас в книгах хрестьянских писано: никому не велено силою приводити к нашей вере; но кто какову веру захочет, тот такову веру и верует. А тому Бог судит в будущий век, кто верует право или неправо; а человеком того судити не дано. А и у нас в нашей земле много мусульманского закону людей нам служит, а живут по своему закону». Здесь проявляется и определённая философия: не человеку, а Богу судить, кто верует правильно или неправильно.
Документы XV-XVI вв. свидетельствуют, что между Москвой и исламскими соседями стали преобладать интенсивные торговые и дипломатические взаимоотношения. Совершались браки крещёных высокородных татар с дочерьми русских бояр. В Москве оказывали должное уважение мусульманским аристократам, поступившим на службу к российскому государю. Касимовские царевичи и ногайские мурзы занимали почётное место среди московских дворян и за верную службу даже получали имения с русскими крестьянами. При этом русским дворянам запрещалось иметь мусульманских крестьян в крепостной зависимости.
Прагматическая политика Москвы в XV-XVI вв. в отношении мусульман во многом отличалась от действий государств Центральной и Западной Европы, особенно Испании, где всё более активизировалась нетерпимость к присутствию в них мусульман.
Но, естественно, практика русской администрации на местах не сразу и не всегда соответствовала тогда указам центра. Ещё свежи были в памяти события, когда русские территории подвергались насилию, а их правители в течение столетий вынуждены были проводить политику оборонительного характера. Тем более что опасность агрессии татар с юга оставалась реальностью. В 1571 г. был совершён грабительский набег крымских татар на Москву. Он сопровождался страшным пожаром, который уничтожил полностью московский посад. И всё же с давних времён в Русском государстве постепенно укоренялись традиции мирного сосуществования с мусульманами. Причём веротерпимость проявлялась и с той, и с другой стороны. Она получит своё развитие и в будущем. Принцип терпимости — и национальной, и религиозной — был центральным в формировании российской государственности.
Иван IV понимал геополитическую необходимость для России выхода к морям. Важно было обезопасить западные границы от вражеских вторжений, а также установить тесные связи с Западной Европой. А это было легче всего осуществить через Балтийское море. Иван IV двадцать пять лет пытался выйти к Балтийскому морю. Это была изнурительная война. Поводом к ней послужила невыплата Ливонией дани в течение последних пятидесяти лет за город Юрьев с окрестностями, а также задержка Ливонским орденом ста двадцати трёх западных специалистов, приглашённых на службу в Россию.
Начало войны с Ливонией (с 1558) было победным для русских войск: взяты более двадцати городов. В 1560 г. ливонские войска потерпели поражение, даже магистр ордена попал в плен. В руках России оказались такие крупные города, как Нарва,
Юрьев и др. Взятие Полоцка в 1563 г. стало последней военной победой русских войск. Ливонский орден в 1561 г. распался, а земли его отошли Польше, Дании, Швеции. Новый магистр получил во владение Курляндию и признал зависимость от польского короля. Но в войну были втянуты несколько европейских государств. Затяжной характер, да и сами цели ведения войны вызвали сопротивление действиям царя со стороны некоторых русских бояр. Они считали более необходимым укрепление и защиту южных границ. Против политики Ивана IV выступали даже люди из ближайшего его окружения, в том числе, по некоторым сведениям, и сын царя Иван Иванович, что раздражала его отца. В 1569 г. Польша и Литва объединились в одно государство — Речь Посполиту. Её войска, а также шведская армия успешно воевали против России. Ливонская война окончилась поражением России. Выхода в Балтийское море она не получила. Даже земли, которые когда-то доблестно защитил Александр Невский, остались, как и до Ливонской войны, за пределами России.