Титулованная знать подготовила свержение и убийство Лжедмитрия. А когда встал вопрос: кто же будет царём? — имя князя Василия Шуйского «выкрикнули» на Красной площади преданные ему люди, которых он тут же призвал выступить против поляков и Самозванца, направляя их в Москву. Это был пятидесятичетырёхлетний хитрый, опытный и нечистоплотный политик, который рвался к власти ещё со времён царствования Фёдора Ивановича. Вообще, Шуйский был родовитее Годунова, поэтому ещё тогда являлся сторонником польского государственного устройства. Ведь в Польше, хотя король и избирался сеймом, но из самых родовитых фамилий.
Убиение Лжедмитрия и «выбор» нового царя, Василия Шуйского, произошло так быстро, что в некоторых городах России этому просто не поверили, а кое-где вообще успели привыкнуть к мысли о правлении Лжедмитрия (или «настоящего» Дмитрия Ивановича). А в Москве уже через несколько дней после смерти его кое-кто намеренно создавал версию «чудесного спасения» царя Дмитрия от его убийц. Причём против Василия Шуйского было настроено более всего население именно в Северских городах, которые первыми когда-то поддержали Самозванца. Во главе этих людей оказался человек нелёгкой судьбы, побывавший в турецком плену и успешно совершивший побег из него, что считалось невозможным, казак Иван Болотников. Собирая всех беглых холопов и всяких «гулящих людей», он выступал не только против неправедного царя Василия, но и против бояр, служилого и торгового населения, грабя всех, кто попадался на пути его «войска», направляющегося к Москве.
К Болотникову поначалу примкнули и рязанские дворяне во главе с Прокопием Ляпуновым, возмущённые тем, что нового царя выбирала лишь Москва, не учитывая мнения других городов. Но, увидя наяву, чем занимается Болотников со своими сподвижниками, рязанцы отошли от «воровства» (так называли тогда не только воровство как таковое, а чаще — всякую измену и всякое противозаконное возмущение). Рязанцы просили прощения у царя, и он их простил.
А Василию Шуйскому пришлось рассылать грамоты по городам, где разъяснялось, что он избран на царство законно, что Лжедмитрий был «расстрига», а царевич Дмитрий погиб от рук людей Бориса Годунова. Но как можно было верить такой грамоте, если ещё не так давно тот же Шуйский сообщал другую «правду» о смерти царевича. Чтобы прекратить все разговоры о том, что Дмитрий жив, решили перенести гроб с его останками из Углича в Москву. За ними отправили ростовского митрополита Филарета. А поскольку ещё ранее было известно о людях, получивших исцеление от мощей царевича, то в Москве их встречали с ещё большим благоговением. Они были помещены в Архангельский собор Кремля, где находятся до сих пор.
А в это время Болотников со своими отрядами подходил к Коломенскому. Население Москвы, узнав об этом, ужаснулось такому развитию событий. Но, по преданию, некий человек обнародовал послание, в котором говорилось, что он в Успенском соборе видел Божью Матерь. Она умоляла Спасителя защитить Москву, но для этого нужно было покаяние москвичей за все их грехи. Они согласились и наложили на себя строгий пост с 12 по 19 октября. Вскоре явилась помощь из Смоленска и с севера Руси, что, конечно, посчитали следствием покаяния. Болотников отступил к Туле, где его окружило войско князя Михаила Скопина-Шуйского. Вскоре Тула была взята. Болотников был захвачен в плен и отправлен в ссылку, где его потом утопили в проруби. Его сподвижников казнили, но кое-кто из них спасся бегством.
А между тем вновь объявился «Дмитрий Иванович, чудом спасшийся» — Лжедмитрий II. Он появился в той же Северской Украине, в городе Стародубец и с польско-литовскими и казаческими отрядами направился в Москву. Он останется в русской истории под прозвищем «тушинский вор», так как долго находился в своей «царской ставке» в подмосковном Тушино. Это был настолько явный разбойник, что вначале мало кто ему верил. Но именно оппозиционеры Шуйского с первых дней его воцарения пустили слух о «чудесном спасении» теперь уже « царя Дмитрия Ивановича ».
Вскоре в Тушино явится из Литвы знатный пан Ян Сапега с семью тысячами поляков и казаков в помощь новому Самозванцу. Сапега привёз «русскую царицу» Марину Мнишек с её отцом, которых после убийства Лжедмитрия I отправили в Польшу, куда они так и не попали. Марина согласилась «узнать» в безвестном проходимце своего мужа — «царя Дмитрия Ивановича ». Она не оставляла надежды сохранить свой статус в качестве русской царицы и родила от Лжедмитрия II сына — «царевича», которого будут называть в России не иначе как «ворёнком». Судьба его так же, как и судьба самой Марины, окажется печальной.