В Нагасаки партия наших больных и раненых получила очень великодушное предложение японского правительства, переданное французским консулом, о том, что правительство Японии предоставляет нам возможность пользоваться, где мы хотим, водами и лечебными учреждениями Японии, или же, если мы не желаем оставаться в Японии, вернуться на родину без всяких условий. Мы все предпочли вернуться домой. И я вместе с группой больных и раненых офицеров через Америку отправился в Россию. Это было в конце апреля 1905 года. Все мы через Америку вернулись в Петроград. В Петрограде меня сначала освидетельствовала комиссия врачей, которая признала меня совершенным инвалидом, дала мне четырехмесячный отпуск для лечения на водах, где я пробыл все лето до осени. С осени я продолжал свою службу, при чем на мне лежала еще обязанность перед Академией Наук дать прежде всего отчет, привести в порядок наблюдения и разработку предшествующей экспедиции, которая была мною брошена. Все мои труды по гидрологии и магнитологии, съемки были брошены, так что я опять поступил в распоряжение Академии Наук и осенью 1905 года занимался в Академии Наук, но уже занимался трудом кабинетным, работал в физической обсерватории и приводил в порядок свои работы. Это относится к периоду моей большой связи с Академией и с Географическим обществом. Затем в Географическом обществе я получил научную высшую награду за свои последние экспедиции — большую Константиновскую золотую медаль.
Эта работа продолжалась до января 1906 года. Я привел до известной степени в порядок и передал в переработку специалистам свои научные труды по этой экспедиции.
В 1906 году, в январе месяце, произошли такого рода обстоятельства. После того, как наш флот был уничтожен и совершенно потерял все свое могущество во время несчастной войны, группа офицеров, в числе которых был и я, решила заняться самостоятельной работой, чтобы снова подвинуть дело воссоздания флота и, в конце концов, тем или иным путем как-нибудь стараться в будущем загладить тот наш грех, который выпал на долю флота в этом году, возродить флот на началах более научных, более систематизированных, чем это было до сих пор. В сущности, единственным светлым деятелем флота был адмирал Макаров, а до этого времени флот был совершенно не Подготовлен к войне, и вся деятельность его была не военная и не серьезная. Нашей задачей явилась идея возрождения нашего флота и морского могущества.
Группа этих морских офицеров, с разрешения морского министра, образовала военно-морской кружок, полуофициальный. Так нам было предоставлено в Морской Академии помещение; средства кое-какие морское министерство дало, так как оно относилось благожелательно к этой работе. Я был в числе основателей этого военно-морского кружка в Петрограде, где мы занялись прежде всего разработкой вопроса, как поставить дело воссоздания флота на соответствующих научных и правильных началах. В результате этого, в конце концов, мною и членами этого кружка была разработана большая записка, которую мы подали министру по поводу создания морского генерального штаба, т.-е. такого органа, который бы ведал специальной подготовкой флота к войне, чего раньше не было: был морской штаб, который ведал личным составом флота, — и только. В этот кружок входили Щеглов, Римский-Корсаков, Пилкин; затем к нему присоединились очень многие. Я долгое время был председателем этого кружка. К поданной записке отнеслись очень сочувственно, и весною 1906 года было решено создать морской генеральный штаб. План этот был одобрен, и весною, приблизительно в апреле 1906 года, он был осуществлен созданием морского генерального штаба. В этот штаб вошел и я, в качестве заведующего балтийским театром. Я был в то время капитаном 2-го ранга и явился одним из первых, назначенных в этот штаб. С этого времени и начинается период, обнимающий приблизительно 1906, 1907, 1908 гг., — период, если можно так выразиться, борьбы за возрождение флота. В основание всего этого дела морским генеральным штабом была выдвинута морская судостроительная программа, которой до сих пор не было. Постройка судов шла без всякого плана, в зависимости от тех кредитов, которые отпускались на этот предмет, при чем доходили до таких абсурдов, что строили не тот корабль, который был нужен, а тот, который отвечал размерам отпущенных на это средств. Благодаря этому получились какие-то фантастические корабли, которые возникали неизвестно зачем.