Та це мені байдуже, бо я певен, що найсуворішим критиком моєї книги, її правдивості, сумлінності в усіх відношеннях буду я сам…»
Під впливом тих європейських учених, які ставилися до нього доброзичливо, і Льва Толстого, а також інших російських письменників та вчених він вирішив відмовитись від свого первісного наміру написати тільки про наслідки своїх наукових спостережень і зробити два великих томи: один суто науковий, другий — описовий, розпочати роботу над якими планував після свого остаточного повернення в Росію 1887 року. Але в Петербург він повернувся зовсім хворий і невдовзі потрапив у лікарню, вийти з якої йому вже не судилося.
У день його похорону багато з того, що він написав по-російському, але не встиг опублікувати, його вдова в нападі нестямного відчаю вирішила спалити. Заставши її за цим заняттям, камердинер князя Мещерського Василь Кутуков силоміць забрав у неї лише якусь частину: 4 великі записні книжки формату зошитів, 16 кишенькових блокнотів і купу розрізнених аркушів. Потім, отямившись, вона віддала йому і молодшому братові Маклая Михайлові Михайловичу ще два великих зошити, малюнки, географічні карти, фотографії і відбитки журнальних статей російською та іноземними мовами. Усе це Михайло Миколайович відніс потім у раду Географічного товариства, яка, в свою чергу, передала одержані маклаївські матеріали своєму співчленові Каульбарсу для розбору й оцінки. Той розбирався цілий рік, після чого заявив, що без особистої участі автора щось зрозуміти в більшості його рукописів неможливо, бо вони так зашифровані, що доводиться годинами битися над кожною фразою й далеко не завжди розбереш її до кінця. Тут і суміш різноманітних мов, і скорочення, які не піддаються розшифруванню, і якісь самому богові та покійному авторові відомі «кабалістичні» знаки.
Більш-менш гідними уваги Каульбарс вважав великі зошити, що містили, як виявилося, щоденники Миклухо-Маклая про його перебування на Новій Гвінеї і Малаккському півострові, котрі, на думку барона, можна було б видати, «якби знайшлась особа, здатна дати їм лад, оскільки і в цих зошитах багато пропусків, пробілів і зовсім нерозбірливих місць». Проте він, барон, сумнівався, що таку особу можна знайти, отож вважав, що говорити про видання навіть якихось фрагментів з праць покійного вченого навряд чи доцільно.
Висновок Каульбарса рада Товариства визнала цілком авторитетним і на тому вирішила до питання про видання, творів Миклухо-Маклая більше не повертатись.
Відтоді минуло майже десять років, коли наприкінці 1898 року до петербурзьких географів звернувся професор Московського університету, антрополог, етнограф і географ Дмитро Миколайович Анучин, який особисто знав Маклая і цікавився долею його праць. У раді Товариства, яка майже цілком складалася з німців, йому спочатку відповіли, що вони нікуди не годяться і давно здані в архів. Та потім секретар Товариства Олександр Васильович Григор'єв, один з небагатьох росіян, у довірчій бесіді сказав Дмитрові Миколайовичу:
— Все зупинилося на висновку барона Каульбарса. Він вважає, що не можна знайти людину, здатну підготувати матеріали до друку, і наша рада з ним погодилась. Добре було б, якби ви взялися до цієї справи. Ви професор, академік, знаєте мови, вам відмовити не посміють.
Палкий патріот своєї батьківщини, який, вийшовши з простолюдинів, досягнув звання академіка, Анучин, заручившись підтримкою ще кількох впливових російських учених, таки добився, щоб весь архів Миклухо-Маклая передали йому, і, відклавши роботу над власними науковими працями, десять років трудився, щоб осягнути Маклаєві праці, і, хоча розібрав не все, готового до друку матеріалу в нього набралося на два об'ємисті томи. Проте коштів на їх видання, хоч як він клопотався, Географічне товариство йому не виділило. Тільки після революції, коли при Наркомосі організували науковий відділ, в завдання якого, крім усього іншого, входило також видання праць передових російських учених, Дмитро Миколайович дістав схвалення і кошти на видання «Подорожей» Маклая.
Нарешті 1923 року вийшов перший том. На цьому, однак, видання урвалось. Помер Анучин, і нікому стало контролювати публікацію другого тому. Він побачив світ разом з перевиданням першого тому лише 1941 року, коли працями Миклухо-Маклая зайнявся Інститут етнографії АН СРСР. Але ще багато нерозшифрованих і не перекладених російською мовою матеріалів ученого чекали свого часу. Продовжити роботу над ними перешкодила війна. Однак, тільки-но вона скінчилася, Президія Академії наук СРСР у 1946 році ухвалила видати до сторіччя з дня народження Маклая всі його праці, які зберігалися частково в Академії і частково у Всесоюзному географічному товаристві. В 1950–1954 роках було видано шестикнижний п'ятитомник, що ввібрав у себе не тільки праці вченого, але також його біографію і ряд великих статей, в яких аналізувалась його наукова спадщина. Проте й це видання, як згодом виявилося, було далеко не повне. Ще багато праць Маклая, його статей, нотаток, стенограм публічних виступів і листів було розсіяно по всьому світу, і зібрати їх тоді ніяк не випадало.