В судебно-медицинские функции Медицинского совета во второй половине XIX в. входило рассмотрение заключений врачей при насильственной и скоропостижной смерти: дела об установлении причин скоропостижной смерти, когда выяснялись новые обстоятельства, указывающие на ее насильственный характер, смерти в результате телесных повреждений, дела о половых преступлениях, о состоянии умственных способностей обвиняемых и потерпевших, об оскоплении, а также разбор заключений врачей, если они расходились с заключениями врачебных управ или судебные власти сомневались в их правильности. В 1812–1822 гг. было проведено 57 таких дел, а в 1903–1912 гг. – уже 1304. Из гражданских дел в Медицинский совет поступали дела о добрачной неспособности к супружеской жизни (в 1903–1912 гг. их было 1634), по обвинению врачей и фармацевтов, о привлечении к ответственности за незаконное врачевание. Судебные следователи имели право непосредственно сноситься с Медицинским советом по предметам судебно-медицинских экспертиз, «…но не иначе как на основании особо составляемых ими постановлений, в которых… было бы обстоятельно объясняемо, почему именно ими признано необходимым просить по делу заключения Медицинского совета…»
Медицинский совет разрабатывал и утверждал наставления и инструкции для врачей по судебной медицине, из которых следует отметить «Наставление о признаках истинной и мнимой смерти», «Указание о привлечении врачей для освидетельствований мертвых тел только при обнаружении признаков насильственной смерти», «Наставление врачам при судебном осмотре и вскрытии мертвых тел», «Правила, как поступать при исследовании мертвых тел, когда имеется подозрение на отравление» и «Глава о химическом исследовании ядов, сочиненная Членом Совета Нелюбиным», «Разъяснение врачебным управам и врачам о судебно-медицинском исследовании скопцов» и другие.
В числе лиц, возглавлявших совет, были и известные судебные медики: С. Ф. Гаевский, А. П. Нелюбин, Е. В. Пеликан, Н. П. Ивановский, С. А. Громов и др.
16 февраля 1912 г. Междуведомственная комиссия по пересмотру врачебно-санитарного законодательства Империи под председательством академика Г. Е. Рейна начала работу по пересмотру Устава судебной медицины. Проект нового Устава предусматривал переименование уездных, полицейских и городовых врачей в судебных и ограничение их обязанностей только судебно-медицинскими. Должности судебных врачей планировалось замещать лицами, окончившими курс медицинских факультетов и получившими специальную подготовку по судебной медицине «в особых санитарных и судебно-медицинских институтах», организация которых была предусмотрена в Петербурге, Москве, Киеве и Томске.
При отсутствии или болезни судебного врача его должен был заменять судебный же врач, приглашение любого другого врача допускалось лишь в экстренных случаях.
В новом Уставе были расширены права судебного врача на предварительном следствии и в суде. Судебному врачу предоставлялось право знакомиться с предварительными сведениями, присутствовать на допросе и предлагать потерпевшим, обвиняемым и свидетелям вопросы для разъяснения обстоятельств, имеющих отношение к судебно-медицинской экспертизе, производить необходимые для судебно-медицинского исследования осмотры, отказываться от ответов на вопросы, выходящие за пределы его компетенции, и даже отказываться от заключения с подробным объяснением причины тому.
Устав предусматривал организацию окружных лабораторий для производства микроскопических и судебно-химических исследований, а женщины-эксперты теперь допускались к осмотрам и освидетельствованиям (правда, лишь женщин и детей).
Разработанный проект постановки судебно-медицинского дела, явившийся результатом почти трехлетней работы междуведомственной комиссии под председательством академика Г. Е. Рейна, предлагалось провести в жизнь в течение 3 лет. Однако воплотить в жизнь проект устава не удалось: за несколько дней до Февральской революции Г. Е. Рейн забрал проект закона из Государственной думы, которая отвергла его вместе с законом об учреждении Главного управления государственного здравоохранения.
Врачебные управы (с 1865 г. – врачебные отделения губернских правлений) были учреждены 19 января 1797 г. в каждом губернском городе для того, «…чтобы посредством преподаваемых правил и наставлений соблюдаемо было народное всей губернии здравие…».
Инструкция о должности врачебных управ предусматривала поводы для назначения судебно-медицинских освидетельствований, содержала краткие правила наружного исследования и вскрытия мертвых тел, а также давала указания о порядке составления медицинских документов (актов и свидетельств).