Во главе Сибирского войска находился войсковой наказной атаман, пост которого одновременно занимал генерал-губернатор Степного края и командующий войсками Омского военного округа [51]. Непосредственно в войске управление осуществляло войсковое хозяйственное правление. Местное самоуправление функционировало в соответствии с «Положением» 1891 года. В предварявшем его «Мнении» указывалось, что все вопросы, связанные с общественным управлением станиц Сибирского казачьего войска, передавались из компетенции областных правлений Акмолинской и Семипалатинской областей, уездных исправников и уездных начальников в войсковое хозяйственное правление и ведение атаманов отделов войска [52]. Станичные атаманы и члены станичных правлений избирались на сходах казаков.
Порядок военного и гражданского управления Забайкальским войском был следующим. В плане военного управления с 1906 года оно включается в состав Иркутского генерал-губернаторства и подчиняется командующему войсками Забайкальской области, который одновременно являлся и войсковым наказным атаманом Забайкальского казачьего войска. Но с упразднением в 1908 году должности командующего войсками Забайкальской области пост войскового наказного атамана передается военному губернатору Забайкальской области и командующему войсками Иркутского военного округа. В его подчинении находился войсковой штаб, а также атаманы и правления отделов. В плане гражданского управления войсковому наказному атаману подчинялось войсковое хозяйственное правление [53]. Местное казачье самоуправление строилось на принципах, изложенных в «Положении» 1891 года, с учетом «Мнения Государственного Совета» о том, что Военному совету предоставлялось право применять данное «Положение» к Забайкальскому казачьему войску с изменениями в соответствии с местными условиями [54].
В начале ХХ века управление Астраханским войском осуществляли войсковой наказной атаман, подчиненное ему войсковое правление, назначаемые атаманом начальники двух отделов войска и формировавшиеся по приказам атамана и войскового правления два правления отделов [55]. Станичные атаманы и правления избирались непосредственно казаками и действовали в соответствии с нормами «Положения об общественном управлении станиц казачьих войск» 1891 года.
В конце XIX – начале XX века осуществлялись мероприятия по совершенствованию систем военного и гражданского управления в Амурском войске. В результате в начале XX столетия там сложилась следующая управленческая структура.
Официально войско находилось в подчинении Приамурского генерал-губернатора и командующего войсками Приамурского военного округа. Непосредственное управление войском осуществлял подчиненный ему военный губернатор Амурской области, который одновременно являлся и наказным атаманом Амурского казачьего войска. Он располагал всеми необходимыми правами как по военной, так и по гражданской части. В его подчинении находилось войсковое управление, которое осуществляло непосредственное управление в войске и по военной, и по гражданской части. Приказами атамана и войскового управления назначались окружные атаманы всех десяти станичных округов и начальники также входивших в состав войска трех отдельных участков. (Последние подбирались только из числа строевых армейских офицеров [56].) Местное казачье самоуправление в лице станичных и хуторских атаманов и правлений действовало на основе «Положения» 1891 года с учетом «Мнения Государственного Совета» о возможности Военного совета применять нормы данного «Положения» в зависимости от местных условияй Амурского войска [57]. Данная система управления войском существовала вплоть до 1917 года.
Семиреченское войско в 1899 году вновь переподчиняется туркестанскому генерал-губернатору, а непосредственное руководство им возлагается на наказного атамана, по совместительству военного губернатора Семиреченской области [58].
Высшим органом гражданской власти, ведавшим всеми делами по общественному управлению станиц войска, в соответствии с «Мнением Государственного Совета» от 1 июня 1891 г., предварявшим «Положение», областное правление Семиреченской области, уездные исправники и уездные начальники заменялись войсковым правлением [59]. Местное казачье самоуправление принимало решение в соответствии с «Положением». Такой порядок существовал до 1917 года.
Уссурийское войско находилось в подчинении Приморского генерал-губернатора. Военное и гражданское управление войском осуществлялось его наказным атаманом, по совместительству военным губернатором Приморской области [60]. Атаман назначал начальника Уссурийско-Казачьей округи, который одновременно исполнял обязанности командира Уссурийского казачьего конного дивизиона. Начальник округи сосредотачивал в своих руках непосредственное административное управление и имел права местного полицейского начальства.
Определенные функции гражданского управления войском осуществляло и областное правление Приморской области. Органы местного казачьего самоуправления (станичные и поселковые сходы (сборы), правления, станичный суд) функционировали на основе статей «Положения» с предоставлением Военному совету, как было сказано в предварявшем его «Мнении Государственного Совета», права вносить изменения в соответствии с местными условиями [61].
Казачье население Иркутской и Енисейской губерний, не имевшее войскового административного устройства и системы управления, находилось в подчинении губернских гражданских властей и их административных органов. Никаких собственных управленческих структур и органов местного самоуправления не было и у казаков Якутского городового казачьего пешего полка, находившегося в ведении Министерства внутренних дел, и у Камчатской городовой казачьей конной команды, бывшей в ведении местной гражданской администрации.
В начале ХХ века в среде казачьей общественности довольно широко обсуждались вопросы, связанные с необходимостью серьезного реформирования системы высшего казачьего управления, и в частности перераспределения высших властных функций непосредственно казачьим органам. Данная проблема даже обсуждалась в III Государственной думе. Группа депутатов, в которую входило 10 представителей от Донской области и 7 – от Кубанской, назвавших себя «казачьей группой», в 1907 году представила для обсуждения в Думе разработанный ею законопроект о значительном видоизменении высшего войскового управления. В нем содержались следующие важные положения. Во-первых, все высшее войсковое управление должно было разделяться на органы правительственной власти, функции которых определялись бы исключительно «потребностями общегосударственного управления» и устанавливались общероссийским законодательством, и органы местного самоуправления. Во-вторых, во главе каждого казачьего войска должен был находиться войсковой атаман, избираемый всем казачьим населением и утверждаемый императором. Атаман являлся бы высшим должностным лицом в войске и контролировал законность действий органов местного казачьего самоуправления. В-третьих, главным органом высшего казачьего самоуправления должен был стать войсковой круг (рада, сбор, съезд), делегаты которого также должны были избираться всем казачьим населением на три года. В его ведение передавались все вопросы «местных казачьих нужд», и прежде всего казачье землевладение и землепользование, хозяйственные дела, связанные с отбыванием казаками воинской повинности. Кругом избирался войсковой исполнительный орган – войсковое правительство. И хотя данный законопроект был отклонен, его выдвижение и обсуждение вызвали определенный общественный резонанс среди казачества, прежде всего в среде казачьей интеллигенции [62].
В период работы этой Государственной думы по настоянию казачьих депутатов ею была принята специальная рекомендация («пожелание») относительно расширения функций казачьего самоуправления. Она предусматривала «немедленное введение в казачьих областях широкого местного самоуправления на выборных началах, выделение из ведения военного управления гражданских, культурных, экономических вопросов казачьей жизни с передачей их органам местного самоуправления и изъятие органов гражданского управления из ведения военного министерства» [63]. Данное пожелание Думы правительство оставило без внимания, поскольку оно серьезно умаляло прерогативы государства в области существовавшей системы высшего управления в казачьих войсках.