В 1899 году, после смерти супруги, Христофор Семенович переехал из Вологды в Москву, где у него было много родственников среди купеческого сословия.
Мыслитель национального масштаба, он прекрасно понимал всю губительность технического отставания Российской империи, необходимость повышения производительности и улучшения условий труда.
Леденцов неоднократно высказывал мнение о том, что в результате реформ императора Петра Россия пошла по неправильному пути. Необходимо ослабить зависимость от европейских стран и все народные усилия направить в Сибирь и на Дальний Восток, на освоение громадных природных богатств в интересах простого народа, чей уровень жизни в конце XIX века был самым низким в Европе.
В Москве Христофор Семенович щедро профинансировал производственные и научно-исследовательские программы немецкого фармацевта Карла Ферейна, в результате чего в России получили широкое распространение неизвестные ранее дешевые лекарства и средства гигиены. В Кривоколенном переулке Москвы и сегодня высятся здания, построенные Леденцовым для научно-исследовательских и складских отделений предприятия Карла Ферейна.
В 1897 году Леденцов составил «Нечто вроде завещания», где выразил свои сокровенные намерения: «Я бы желал, чтобы не позднее 3 лет после моей смерти было организовано общество, если позволено так выразиться, „друзей человечества“. Цель и задачи такого общества — помогать по мере возможности осуществлению если не рая на земле, то возможно большего и полного приближения к нему. Средства, как я их понимаю, заключаются только в науке и возможно полном усвоении всеми научных знаний. Я не человек науки и техники, и нет у меня дара проповеди, но рядом со мной идут и люди науки, и люди техники, и после меня пойдут и те и другие. Облегчу и послужу их делу. Я не хочу дела благотворения, исцеляющего язвы людей, случайно опрокинутых жизнью, я ищу дела, которое должно коснуться самого корня человеческого благополучия».
Христофор Семенович в 1900 году стал одним из инициаторов создания в Москве Технического музея содействия труду. Он же финансировал организацию и всю его деятельность.
По инициативе Леденцова впервые в истории империи была основана система учреждений по охране труда, пенсионных касс, потребительских обществ. При участии музея в России в 1904 году появились первые коллективные договоры между хозяевами предприятий и рабочими. Христофор Семенович активно способствовал созданию первых профсоюзных организаций в России. В законодательстве Российской империи того времени отсутствовало положение о профессиональных союзах. Осенью 1905 года в помещении музея прошла первая Всероссийская конференция неофициальных рабочих объединений. Вскоре Высочайший Манифест 17 октября 1905 года узаконил организацию профсоюзов в России.
По мнению Леденцова, основу общественного прогресса должны составлять просвещение, совершенствование всеобщего образования и развитие науки, а также «внедрение» научных достижений в практику — использование в народном хозяйстве наиболее передовых и эффективных технических решений.
Леденцов сблизился с такими известными московскими профессорами, как С. А. Федоров, К. А. Тимирязев, Н. В. Бугаев, М. М. Ковалевский. Свои планы модернизации трудового потенциала империи Христофор Семенович подробно обсуждал с писателем Львом Николаевичем Толстым.
Поиск активных единомышленников привел Леденцова к профессору Императорского московского университета Николаю Алексеевичу Умову — научному и нравственному авторитету московской интеллигенции того времени. Он был избран президентом Московского общества испытателей природы и пробыл на этом посту до своей смерти в 1915 году. Умов предложил Леденцову создать творческое общество, объединив в нем представителей естественных наук, техники и широкой общественности под «покровительством двух старейших и обширнейших научно-учебных заведений Москвы — университета и технического училища». Тогдашний директор ИМТУ профессор С. А. Федоров принял живое участие в организации общества. Активно содействовал организации общества ректор Московского университета профессор А. А. Тихомиров.
Для реализации задуманного Леденцов вместе со своими друзьями в 1903 году составил подробный проект устава общества, который был предложен для обсуждения в особую комиссию из ученых и общественных деятелей, известных своими выдающимися трудами в области промышленности и техники.