В декабре следующего года на Таганке состоялась премьера спектакля «Борис Годунов», где Губенко играл царя Бориса. Как писал А. Гершкович:
«Самая большая неожиданность в спектакле — царь Борис, которого играл Николай Губенко, актер глубокий и внутренне собранный. Образ Годунова претерпел в спектакле существенные изменения и вышел за рамки хрестоматийной трактовки царя-убийцы, испытывающего муки совести. Губенко в Годунове создавал сложный и противоречивый характер. В татарском стеганом халате, он с азиатской самоуверенностью наводил порядок на Руси, держа ее в страхе, а в результате сам пал жертвой дворцовых интриг, пожиная плоды посеянного им беззакония. В известной мере Годунов в спектакле Любимова превращался в страдательную фигуру, особенно в самом финале, когда артист Губенко после гибели своего героя представал перед зрителем в ином качестве, выступая как бы от имени театра и автора…
В финале, после убийства детей Бориса, смешанный хор медленно наступал на зрительный зал и замирал в ужасе перед самой кромкой помоста. Немая сцена. На зрителя в упор глядят расширенные остекленевшие глаза. Полураскрытые рты, застывшие в немом крике лица-маски.
В этот момент из бокового прохода зала появлялся Годунов. Теперь Губенко одет в свой обычный московский костюм. Ничем не отличаясь от сидящих в зале, он не спеша поднимается на сцену и обращается к зрителям почти без укора, без особой надежды услышать ответ:
— Что же вы молчите? Кричите — да здравствует…
Народ в зале безмолвствовал.
В растерянности молчал на сцене и хор. Но через мгновение, подчиняясь ритму драмы, прерывал молчание и запевал «Вечную память» по всем невинно убиенным.
Таким двойным финалом, вычитанным у Пушкина, заканчивал Любимов спектакль…»
Естественно, что подобного рода «крамолу» власть не могла оставить без внимания. В итоге «Борис Годунов» был запрещен к показу распоряжением Министерства культуры СССР.
Летом 1983 года Любимов уехал в Лондон ставить «Преступление и наказание». Затем начались козни вокруг его возвращения, которые привели к тому, что летом 1984 года Любимова лишили советского гражданства (Указ ВС СССР от 11 июля). На Таганку пришел другой режиссер — Анатолий Эфрос. В его театре для Губенко места не нашлось. Однако пребывание Эфроса на Таганке длилось недолго — в январе 1987 года он скончался. И тогда по просьбе труппы главным режиссером Театра на Таганке стал Николай Губенко. Однако, придя к руководству, Губенко сразу предупредил своих коллег: я себя театральным режиссером не считаю, поэтому ставить спектакли не буду, а попытаюсь возвратить Любимова. Он даже свой стол в кабинете худрука демонстративно поставил наискосок от пустующего любимовского стола. Вместе с директором-старожилом театра Николаем Дупаком (прослужил на Таганке 25 лет) Губенко начинает кампанию по возвращению Любимова на родину. И эти усилия приводят к успеху — в январе 1989 года опальный режиссер вместе с семьей приезжает в Москву. Однако, пробыв в столице четыре месяца и возобновив два старых спектакля — «Живого» Б. Можаева и «Бориса Годунова», — Любимов в мае вновь покинул родину. Губенко опять занял его место. Но в то же время его все больше влечет к себе политика, он горячо поддерживает разворачивающуюся в стране перестройку. Его рвению на этом поприще поражались даже многие из тех, кто сам был в первых рядах активных перестройщиков. В 1987 году Губенко вступает в ряды КПСС, снимается в насквозь фальшивом и тенденциозном телефильме «Ленин. Страницы жизни» (читает текст за вождя мирового пролетариата). В конце 1989 года Губенко соглашается занять кресло министра культуры СССР (таким образом, Губенко стал вторым, после А. Луначарского, советским министром культуры из деятелей искусств). Как напишет чуть позже журналист А. Минкин: «Губенко, на свою беду, попал в министры культуры. На что надеялся? Бог его знает. Репутацию потерял, друзей потерял, приобрел призрачную власть, свору лизоблюдов и сомнительную (для артиста) честь открывать дверь перед первой леди, а также позорную обязанность защищать Ленина…»
В 1990 году Губенко продолжил свое политическое восхождение — стал членом ЦК КПСС и вошел в Президентский совет. Однако с развалом Советского Союза карьера Губенко во властных структурах закончилась. В 1992 году он ушел с поста министра культуры.
Тем временем в Россию возвращается Юрий Любимов. Видимо, почувствовав, что старая Таганка давно уже умерла, он решил создать новый театр, сохранив костяк «старых» артистов. Однако большая часть труппы испугалась такого поворота событий, резонно заключив, что при таком раскладе их шансы работать в новом театре равны нулю. И они выступили против Любимова, взяв себе в «атаманы» Николая Губенко. Маски были сброшены, и два мастера встали друг против друга, готовые броситься в драку. Многие поклонники Таганки были шокированы этим, не ведая, что черная кошка между двумя режиссерами пробежала не сегодня, а задолго до этого дня. Вот как описывает происшедшее сам Любимов: