С тех пор он работал на новом месте то над одной, то над другой проблемой. Он открыл способ приготовления цемента, не уступающего по качеству английскому, подсказал, каким образом можно получать светильный газ не только из дорогого каменного угля, но и из дешевой древесины, содержащей много смолы. Постигшая его при этом неудача была лишь эпизодом. В Базеле, где его метод был применен на практике и где торжественно при широком участии населения собрались отмечать праздник освещения города, новая система при первой попытке отказала. Присутствовавший при этом Петтенкофер чувствовал себя глубоко несчастным. По его щекам текли слезы гнева и стыда. Однако сразу же после этого он устремился в Мюнхен, в свою лабораторию, горя желанием найти ошибку, явившуюся причиной неудачи. После двух суток работы и размышлений ошибка была найдена, устранена, и в Базеле вспыхнуло газовое освещение.
Все эти события в жизни Петтенкофера были большими и важными. Однако главная его заслуга в том, что он основал современную гигиену. Случайные обстоятельства побудили его, химика и техника по специальности, заняться вопросами гигиены.
Как-то ему было приказано выяснить, почему в королевском замке воздух такой сухой, что король постоянно чувствует першение в горле. Итак, все началось с гигиены жилища. Потом последовала гигиена одежды, вопросы питания, водоснабжения, то есть все, что относится к области общественной и индивидуальной гигиены. Логическим завершением этих исследований Петтенкофера было создание для него специального научного института — Дома гигиены, деятельность которого принесла большую пользу стране и городу.
Петтенкофер занимался, конечно, и инфекционными болезнями, так как одна из задач гигиениста — предупреждение населения от заболеваний. Из всех инфекционных болезней ученого особенно интересовала холера, ставившая перед ним цели исследования и побудившая его к созданию собственной теории возникновения этого и других эпидемических заболеваний. Его интерес к холере естествен, поскольку именно в тот период ее эпидемии возникали особенно часто. Но для него изучение холеры и борьба с ней были не только этапом исследования, но, можно сказать, личным делом. В этой связи он говорил: «Я заболел холерой в 1852 году, после того, как эпидемия 1836–1837 годов, когда я посещал старшие классы гимназии, меня не коснулась. После меня заболела моя кухарка, которая умерла в больнице, потом одна из моих дочерей-близнецов Анна, с трудом выздоровевшая. Эти переживания оставили в моей душе неизгладимый след и побудили исследовать пути, которыми идет холера». Можно сказать, что Петтенкофер объявил войну холере.
Когда Кох открыл холерный вибрион, Петтенкофер не отрицал, конечно, правильности этого открытия; он и сам думал о возбудителе, обладающем живой природой. Но у него были другие представления об этом. Прежде всего Петтенкофер не верил в простую передачу инфекции и говорил: «В настоящее время вопрос в основном ставится о том, как подобраться к этой бацилле, как ее уничтожить или помешать ее распространению. Борьбу против микробов считают сейчас единственно действенной профилактикой и игнорируют целый ряд эпидемиологических фактов, которые решительно свидетельствуют против гипотезы о простой заразности холеры. Многие судят все больше по наблюдениям за „холерной запятой“ в колбе, или на стеклянной пластинке, или же в культурах, совершенно не заботясь о том, как холера выглядит в процессе практического эпидемиологического распространения».
Естественно, что Петтенкофер подошел к проблеме холеры прежде всего с позиций своей науки. Как профессор гигиены он должен был даже читать лекции на эту тему, не говоря уже о том, что, как сказано выше, он рассматривал холеру чуть ли не как своего личного врага.
Даже «охотники за микробами», как называл их Петтенкофер, своим существованием доказывали, что есть люди, которые в силу особенностей своего организма или по каким-то иным причинам, предохраняющим их от болезни, остаются здоровыми даже при сильной эпидемии. Уже давно известен феномен врожденного или приобретенного иммунитета. Известно также, что в каждом отдельном случае важную роль играет состояние здоровья человека, в частности функционирование желудка и кишечника.