Петтенкофер рассказывал позднее: «В одном кубическом сантиметре я, очевидно, принял миллиард этих внушающих страх микробов, во всяком случае, намного больше, чем это бывает при прикосновении к губам немытыми пальцами». Впрочем, он сделал все, чтобы не поддаться самообману и получить ясный результат. «Весьма вероятно, — полагал он, — что соляная кислота желудочного сока так повредит микробы, что они уже не смогут быть возбудителями болезни». Поэтому он высыпал на сто граммов воды (примерно половина чайного стакана) грамм питьевой соды, влил туда кубический сантиметр свежего «супа из микробов» и выпил содержимое, не переводя дыхания. После этого он налил еще немного воды в стакан и выпил ее, чтобы не упустить оставшихся на стенках стакана микробов.
Опыт, как уже было сказано, производился утром, но перед этим Петтенкофер, как обычно, позавтракал. После опыта он продолжал вести привычный образ жизни, ел и пил, как всегда, довольно-таки много. Это произошло, таким образом, 7 октября. Три дня спустя Петтенкофер заболел катаром кишок, симптомы которого свидетельствовали, казалось, о воздействии холерных вибрионов. Но, несмотря на это, его самочувствие не ухудшилось, отсутствия аппетита не наблюдалось. Сначала Петтенкофер не видел необходимости в том, чтобы прописывать себе диету и менять что-либо в своей привычной и любимой простой мюнхенской кухне. Лишь когда кишечник не успокоился, а 13 октября его состояние даже ухудшилось, ученый изменил свою диету, питаясь лишь тем, что было полезно в таком состоянии. Уже на следующий день его кишечник был опять в поряди. Все это время Петтенкофер не принимал лекарств.
Конечно, он произвел бактериологическое исследование фекалий. Анализ показал большое число холерных вибрионов. Водянистые выделения походили на чистые культуры этих бацилл. Когда 14 октября кишечник успокоился и выделения вновь стали обычными, холерные микробы отмечались уже в незначительных количествах, а еще через два дня исчезли совсем.
Выводы, сделанные Петтенкофером из опыта, подтверждали столь горячо защищаемую им точку зрения, и он в еще большей степени, чем раньше, проникся убеждением в правильности своих взглядов на возникновение эпидемии.
Само собой разумеется, что ассистенты Петтенкофера пытались удержать его от героического эксперимента. Они умоляли его подвергнуть этому испытанию кого-нибудь помоложе, но, зная настойчивость Петтенкофера, были в то же время убеждены, что его невозможно отговорить от исполнения раз намеченного плана. Когда же 15 октября стало ясно, что Петтенкофер не является бациллоносителем и его точка зрения, казалось, была подтверждена, тем меньше осталось возражений против повторения опыта, лишенного отныне страха, который он вызывал прежде. С другой стороны, казалось, что повторение опыта имеет большое значение. Его сотрудник Рудольф Эммерих впоследствии преемник Петтенкофера на кафедре в Мюнхене — решился на это. Он был на 34 года моложе своего учителя и пользовался известностью как гигиенист.
Свой эксперимент Эммерих провел 17 октября. Он также подготовил раствор питьевой соды в воде, добавив туда одну десятую кубического сантиметра суточной, пышно развившейся холерной культуры, то есть многим меньше количества, принятого Петтенкофером. Зато Эммерих усложнил свой опыт тем, что после приема культуры он нарочно пил и ел больше, чем обычно. Ухудшая режим питания, Эммерих тем самым хотел снизить сопротивляемость организма, которая играла определенную роль в теории Петтенкофера о факторах заболевания холерой.
Но Эммерих хотел в еще большей степени ослабить свой организм, чтобы создать бактериям максимально благоприятные возможности для развития. Одетый лишь в рубашку, он подвергся воздействию тока холодного воздуха, повторив это многократно, пока, наконец, не почувствовал себя больным. Начавшийся у него катар кишок протекал в более тяжелой, чем у Петтенкофера, форме и очень скоро потребовал врачебной помощи. Но это не было настоящей холерой. Эммерих чувствовал себя неплохо, его настроение оставалось хорошим. Непроходящего чувства слабости, ощущаемого при холере частично из-за отравления микробами, частично из-за больших потерь воды организмом, не наступало; лишь ограничение диеты причиняло ему неудобства. 24 октября он уже смог вернуться к своему обычному питанию. Холерные вибрионы отмечались в его выделениях до 28 октября.
Была ли это холера или нет? Петтенкофер и Эммерих оспаривали, что у них была холера. Петтенкофер писал: «Я позволю себе предположить, что Роберт Кох и его многочисленные последователи скажут, что ничего не доказано, кроме того, что они предполагали раньше, а именно, что я и Эммерих после приема „холерных запятых“ перенесли вспышку настоящей холеры, правда в легкой форме и без смертельного исхода. Мне приятно доставить моим противникам это удовольствие, но я все же не могу согласиться с их воззрениями».