В зарубежном айноведении, естественно, наибольший объем работ падает на труды японских ученых… Отдельные сообщения об образе жизни и быте айнов имеются уже в раннесредневековых произведениях. Интерес к айнам особенно возрос в эпоху правления сёгунов (военных правителей) из рода Токугава (1603–1867), ибо именно в эпоху токугавского сёгуната начались попытки политической инкорпорации Хоккайдо (тогда называвшегося Эдзо) в систему японской феодальной империи. В разные периоды позиция бакуфу, т. е. сёгунского правительства, по отношению к проблеме «освоения северных земель» была различной, но в целом этот вопрос никогда не выпадал из круга его внимания. В эпоху Токугава японская научная и общественная мысль развивалась весьма интенсивно. Одни деятели той эпохи были настроены по отношению к сёгунату конформистски и в своих трудах занимались апологетикой его политики, другие относились к сёгунату критически, ощущая, что проводимая им политика изоляции страны и консервации феодальных отношений все более становилась помехой на пути подспудно укреплявшихся в Японии тенденций капиталистического пути развития.
Различие взглядов японских теоретиков на внутреннюю и внешнюю политику бакуфу, однако, не помешало им выработать некоторую единую концепцию, в содержании которой просматривается сильнейшее влияние конфуцианской идеи. Ее суть заключается в том, что все некитайские (а также неяпонские) народы рассматривались как варвары. Перенеся конфуцианское учение на японскую почву, японские идеологи также относились к айнам как к варварам, а их землю, т. е. о-в Эдзо, рассматривали как неяпонскую территорию. Начиная с первого в Японии труда, посвященного проблеме о-ва Эдзо, написанного Араи Хакусэки в 1720 г. и имеющего название «Эдзо си» («Описание о-ва Эдзо»), в работах авторов более позднего времени прослеживается конфуцианская идея особых прав и задач «цивилизованной» японской нации по отношению к варварам.
Для осуществления своих политических целей бакуфу было необходимо иметь информацию о положении на о-ве Хоккайдо, Курилах и Сахалине. В 1785 г. правительство сёгуната организовало небольшую по численности первую государственную экспедицию. Один из агентов бакуфу, Могами Токунай, как член экспедиции сумел тайно проникнуть на о-ва Уруп и Итуруп, к тому времени открытые и осваиваемые русскими. Он подтвердил, что на этих островах южной группы Курильских островов он встретил помимо айнов только русских. Для большей убедительности излагаемого им в своем отчете Могами Токунай подробно пересказал содержание беседы, проведенной с русскими через сопровождавшего его айна, знавшего русский язык.
Отчет этой экспедиции вызвал живейший интерес у главного министра бакуфу Танума Окицугу. Он счел необходимым приступить к освоению природных богатств о-ва Эдзо, надеясь таким образом обогатить казну бакуфу и остановить процесс разрушения экономики страны. Министр понимал, что в случае, если его идея будет осуществлена, он сможет весьма упрочить свое положение в кругах бакуфу. Но план освоения о-ва Эдзо оказался иллюзорным. Бакуфу не располагало свободными средствами для проведения его в жизнь.
Труд Могами Токунай «Записки с Эдзо» («Эдзо Дзоои», 1790) лег мертвым грузом в архивы бакуфу, но в наши дни он является ценнейшим историческим источником.
Вообще надо отметить, что эффективность разных ведомств бакуфу была различной. Сбор информации— как тайными путями, через скрытую агентуру, так и через ученых исследователей, через хорошо поставленную службу переводов и реферирования иностранной литературы — велся очень эффективно и интенсивно. Однако использование этой информации было очень слабым, большей частью она оставалась вообще без употребления.
Отметим, в частности, работу Тэйдзо Баба «Перевод сведений об Эдзо» («Эдзо дзаики якусэцу», 1809), состоящую из переводов отчетов иностранных, в частности голландских, моряков, побывавших на Хоккайдо с начала XVII в.
Изучая события того времени, японская историография особую хвалу воздает заслугам путешественника и географа Мамия Риндзо, тогда как в действительности не меньший вклад в изучение айнов внес Мацуда Дэндзиро.