Бакуфу отправило обоих на Сахалин в 1808 г., разделив их обязанности. Мацуда Дэндзиро должен был обследовать западный район, а Мамия Риндзо — восточную часть этого острова. Однако двум смельчакам не особенно повезло. Мало где аборигенное население принимало их тепло. Почти повсюду они встречали настороженность и даже враждебность местных нивхов и айнов. Однако в отчете их имеются описания типов жилищ, построек, одежды, транспортных средств, обычаев аборигенов. Хотя еще и очень поверхностные, бессистемные, но все же это были первые реальные сведения о гиляках и айнах Сахалина в японской историографии.
Получив сведения о том, что местные аборигены ведут торговлю с жителями Приморья, бакуфу еще раз рискнуло послать Мамия Риндзо на о-в Сахалин. Он выполнил правительственное задание. В 1809 г. хитростью ему удалось уговорить аборигенов взять его с собой, и на утлой лодке они переплыли Татарский пролив в наиболее узком его месте и тем же путем возвратились обратно на Сахалин.
К сожалению, отчет Мамия десятилетия пролежал в архивах бакуфу. Содержание его донесения правительству практически долгое время не оказывало влияния на формирование японской историографии проблемы.
Прошли годы, и лишь в конце существования сёгуната жизнь выдвинула на научную арену Мацуура Такэсиро, ученого, смелого в своих суждениях, дружелюбно относившегося к айнам. Проведя многие годы среди айнов, он нарисовал реальную картину их жизни и указал на виновников их вымирания — власти княжества Мацумаэ и японских купцов, которые «кормили аборигенов объедками, выжимали из них последние соки». С горячим желанием продолжить исследования предшественников Мацуура Такэсиро детально описывает домашнюю обстановку, нравы, обычаи айнов.
К сожалению, взгляды, изложенные им в трудах «Дневники с Эдзо» («Эдзо нисси сю»), «О жителях Эдзо» («Эдзо дзинбуцу си»), «Дневники Такэсиро» («Такэсиро нисси»), а также в работах других прогрессивных его современников, не были восприняты и развиты новым поколением японских ученых, работавших уже после буржуазной революции 1868 г. Правящие круги Японии выдвинули лозунг «кёхэй фукукоку» («сильная армия — богатая страна»), смысл которого сводился к необходимости милитаризации страны с целью захвата и прабежа слаборазвитых стран. А Мацуура Такэсиро в своих произведениях разоблачал эксплуататорскую сущность политики правящих кругов страны в отношении айнов, пропагандировал идеи равноправия и дружбы с аборигенами о-ва Хоккайдо.
В новых условиях демократические идеи Мацуура Такэсиро и других прогрессивных японских ученых наталкивались па политический шлагбаум и не могли иметь большого успеха. Их вытесняли идеи правого крыла японских исследователей. В конце XIX в. их представителем был Окамото Рюносукэ, пропагандировавший идею «сильный пожирает слабого», заимствованную им из опыта «социал-дарвинизма». Относя айнов к категории «нежизнеспособных» народов, Окамото Рюносукэ и другие японские тенденциозные исследователи уверяли читательскую общественность, что сама природа возложила на «цивилизованных» японцев нелегкую миссию «просвещать айнов».
В начале XX в. большой авторитет среди японских этнографов завоевал Тории Рюдзо. Тории Рюдзо глубоко изучал работы известных русских этнографов дореволюционного периода и не только выразил свое уважение к их замечательным трудам, но и присоединился к их отдельным положениям. Однако в те годы он еще не сформулировал свою собственную точку зрения на различные стороны проблемы этногенеза народов Дальнего Востока, в том числе и айнов. Поэтому, находя аналогичные элементы в древних культурах народов Дальнего Востока и Японии, автор лишь обращает внимание исследователей на это, как он говорит, интересное и заслуживающее дальнейшего изучения явление [Тории, 1924].
В конце XIX — начале XX в. существенный толчок подъему японского айноведения на более современный научный уровень был дан трудами ряда европейских ученых, работавших в Японии. Это были Б. X. Чемберлен, Р. Хичкок, А. Лэндор, X. Риттер, Б. Шейбе, X. Зибольд, Ф. Стар и в особенности Дж… Бэчелор, оставивший ряд классических работ.
Большое количество статей, посвященных айнам и связанной с ними проблематике, опубликовали в японских журналах того времени С. Цубои, И. Иосида [Цубои, 1887; Цубои, 1911; Иосида, 1908]. Однако-до капитуляции Японии в 1945 г. научная мысль в области этногенетических связей древних народов азиатского материка и Японских островов тормозилась господством официальной исторической идеологии, основанной на буквальном толковании древнеяпонских мифологических преданий. Труды японских ученых, противоречащие официальной идее божественного происхождения японской нации, запрещались, цензурой, а их авторы зачастую подвергались прямым политическим преследованиям. Поэтому, временно как бы отложив в сторону этногенетическую проблематику айнов, прогрессивная часть японских исследователей переключилась на изучение бытовых сюжетов из жизни айнов, описание их традиционной культуры.