Находки из последующих слоев (включая и керамику) позволяют предполагать, что человек обитал здесь и позднее, в эпоху появления земледелия (около 1500 г. до н. э.). При изучении глиняной посуды из грота Санта-Марта выявилось ее поразительное сходство с керамикой из нижних слоев большого древнего поселения Чьяпа-де-Корсо (1400–1000 гг. до н. э.), которое находилось неподалеку от Санты-Марты.
В Чьяпа-де-Корсо длинная цепь последовательно сменявших друг друга этапов развития местной земледельческой культуры доходит до середины I тыс. н. э. В этот период Чьяпас уже населяли какие-то племена, говорившие на языке майя. Сопоставление материалов двух упомянутых археологических поселений позволяет предполагать, что предки майя обосновались в горах Чьяпаса за несколько тысяч лет до нашей эры.
А по лингвистическим данным, предки майя обитали в Чьяпасе и горной Гватемале не позднее середины III тысячелетия до н. э. На рубеже III и II тысячелетий до н. э. в истории местных племен наступила новая важная эпоха — доклассическое время господства раннеземледельческих культур с маисовым земледелием, развитой гончарной традицией и культом глиняных женских статуэток.
В конце II тысячелетия до н. э. майя из горных и предгорных районов приступили, видимо, к широкой колонизации слабо заселенных лесных равнин Северной Гватемалы и Юкатана (Северная и Центральная области майя). Самые ранние земледельческие памятники на этой территории относятся к рубежу II–I тысячелетий до н. э. Одновременность их появления на столь обширной территории и вполне развитый облик культуры, не имеющей местных корней, указывают на пришлый характер этого населения. О том, что это действительно были предки майя, красноречиво говорят глиняные статуэтки, изображающие людей, из самых нижних напластований майяских селений и городов. Они имеют характерные крючковидные носы и искусственно деформированную лобную часть черепа, т. е. именно те черты, которые были ярко выражены во внешнем облике майя вплоть до завоевания их страны испанцами в XVI веке.
Доклассические памятники ранних земледельцев в лесной зоне изучены еще недостаточно, и поэтому однозначного ответа на вопрос о путях колонизации равнинных областей майя пока нет.
Этнические и языковые определения относительно древних племен и народов всегда содержат в себе значительный элемент неопределенности. Но существует твердая уверенность в культурной преемственности первых поселенцев майя в равнинной лесной зоне с более поздними обитателями городов классического периода.
Древнейшая керамика из разных центров Северной и Южной областей майя, хотя и имеет ряд общих черт, отличается все же известным своеобразием. Это, видимо, говорит о том, что заселение Центральной и Северной областей майя осуществлялось из разных мест горной зоны. Один из таких исходных районов — горный Чьяпас (Мексика) — находился к северо-западу от Центральной области. Другие — горы Гватемалы, запад Сальвадора — лежали южнее и юго-восточнее.
Во всяком случае мы можем сейчас констатировать, что к середине I тысячелетия до н. э. основная часть Центральной и Северной областей была прочно освоена земледельческими общинами майя, пришедшими сюда из различных мест горной зоны. Не подлежит сомнению и тот факт, что горные майя несколько опережали тогда в своем культурном развитии собратьев из равнинной лесной зоны. Многие важнейшие черты классической цивилизации майя: иероглифическая письменность, каменные скульптурные стелы и алтари, нефритовые украшения и мозаичные маски, погребения вождей в пирамидах храмов — появляются раньше именно у горных майя.
Недавно в горах Сальвадора археологи обнаружили и частично раскопали крупный центр древних майя Чальчуапу, с рядами каменных храмов, стоящих на вершинах ступенчатых пирамид, с широкими мощеными площадями и множеством каменных скульптур. Этот предшественник будущих многолюдных городов вполне сформировался уже к концу I тысячелетия до н. э. В Чальчуапе возводились резные стелы и алтари с иероглифическими надписями и календарными датами по эре майя. Но вскоре быстро растущий город гибнет, став жертвой катастрофического извержения близлежащего вулкана, засыпавшего все окрестности толстым слоем пемзы и пепла.