Для объяснения этой грандиозной катастрофы, не имеющей себе равных в анналах древней истории, предлагалось множество самых разнообразных гипотез. По одной из них все города майя были внезапно разрушены сильным землетрясением. Она основана на том, что многие позднеклассические архитектурные постройки в городах майя представляют собой сейчас сплошную груду развалин, словно разбитые одним исполинской силы ударом. Кроме того, известна необычайно активная вулканическая деятельность в горных районах Чьяпаса и Гватемалы. Но дело в том, что департамент Петен (Северная Гватемала), где находились крупнейшие города майя, расположен вне пояса активной вулканической деятельности. Плачевное же состояние многих каменных сооружений связано с разрушительным воздействием ливней и буйной тропической растительности. Конституция каменных зданий майя с «ложным» сводом такова, что разрушение нижней части опорных стен приводит к обвалу огромной массы камня, образующей этот высокий ступенчатый свод.
Существует предположение, что причиной гибели цивилизации майя могло быть катастрофическое уменьшение дождевых осадков и вызванный этим «водный голод». Однако последние геохимические и ботанические изыскания в джунглях Петена показали, что незначительное сокращение количества дождевых осадков, действительно наблюдавшееся к концу классического периода, никак не могло отразиться на развитии культуры майя, а тем более вызвать ее крах.
Версия о повальных эпидемиях малярии и желтой лихорадки, вызвавших якобы запустение всей огромной территории «Древнего царства» майя, тоже несостоятельна, поскольку обе указанные болезни не были известны в Новом Свете до прихода европейцев.
Одной из наиболее распространенных до последнего времени была гипотеза Сильвануса Морли, объяснявшая упадок классических городов крахом системы майяского подсечно-огневого земледелия, которое оказалось не в состоянии обеспечить потребности растущего наделения городов. В своей книге «Древние майя» он пишет: «Непрерывное уничтожение леса для использования расчищенной площади под посевы кукурузы, постепенно превратило девственные джунгли в искусственную саванну, покрытую высокой травой. Когда этот процесс закончился и вековой тропический лес был почти целиком сведен и заменен искусственно созданными лугами, то земледелие в том виде, как оно до сих пор практиковалось у древних майя, пришло в упадок, поскольку у них не было никаких земледельческих орудий (мотыг, кирок, борон, заступов, лопат и плугов). Замена девственного леса саваннами, созданными руками человека, осуществлялась очень медленно, вызывая в конце концов упадок тех городов, в которых она достигла критического состояния. Этот процесс протекал не одновременно, а в разных местах по-разному, в зависимости от таких причин, как размеры населения, длительность пользования землей и общее плодородие прилегающих областей. В этом крахе бесспорно сыграли свою роль и другие неблагоприятные факты, следующие обычно по пятам голода, — народные восстания, кризис власти и религиозные ереси. Однако весьма вероятно, что именно это экономическое банкротство и послужило главной причиной гибели древнего царства майя».
Это предположение долгое время пользовалось всеобщим признанием среди специалистов. И лишь последние исследования заставили пересмотреть основные положения гипотезы С. Морли. Прежде всего был поднят вопрос о том, действительно ли майя исчерпали свои обширные резервы невозделанных земель. Американский археолог А. В. Киддер установил, что почва долины р. Мотагуа в Гондурасе ежегодно обновляется во время паводков, и, следовательно, эти земли можно было возделывать постоянно (то же — в долинах других крупных рек — Усумасинты, Улуа и т. д.). Другой уже упоминавшийся специалист по культуре майя, Эрик Томпсон, во время обследования археологических памятников Петена заметил, что пустующие поля немедленно зарастают высоким тропическим лесом, а не травами. Таким образом, едва ли истощение земли на всей огромной и разнообразной по природным условиям области майя могло вызвать быструю гибель их городов. По гипотезе С. Морли, истощение земель должно было произойти сначала в более древних центрах. Однако, к примеру, такой город, как Тикаль, который, судя даже по стелам с календарными датами, существовал около 6 веков, приходит в упадок гораздо позже (после 869 г. и. э.), чем более молодые центры в бассейне р. Усумасинты. С другой стороны, исследования ботаников и специалистов в области земледелия в районе озера Петен-Ица (Северная Гватемала) показали, что здесь до сих пор господствует подсечно-огневое земледелие, почти не изменившее своего характера со времен древних майя. Причем ему свойственны довольно высокая продуктивность и стабильность, что позволяет обеспечить сравнительно густое население (примерно 100–200 человек на 1 кв. милю). Никакой угрозы нашествия травянистых саванн в настоящее время (как, впрочем, и в древности) здесь не наблюдается. Пустующий участок земли немедленно зарастает деревьями и полностью восстанавливает свое плодородие в течение 4–6 лет.