При Несторе и его потомках царский двор был в Пилосе. Но через два поколения дорийцы пресекли династию Нелеидов. Павсаний писал, что народ (древние мессеняне) приняли власть дорийских царей, вспомнив о том, что Нелеиды здесь пришлые – династия из фессалийского Иолка. Гераклит Кресфонт перенес столицу и установил, чтобы царь жил в Стениклере, где и выстроил дворец. Кресфонт повторил участь Нелея, а его сын Эпит – судьбу Нестора. Первый дорийский царь был убит в результате восстания, вместе с ним погибли все его сыновья. И только малолетний Эпит, который воспитывался у царя Кипсела, своего деда по матери, выжил и при помощи других дорийских царей и аркадян вернул власть своему роду. Его сын Главк прославился как благочестивый царь, основавший множество святилищ. Династия дорийских царей в Мессении прослеживается вплоть до ее полного покорения Спартой.
Территория области Пилоса вместе с находящимися здесь поселениями и Мессенией попала под власть Спарты во второй половине 7 в. до н.э. В 425 г. до н.э. во время Пелопоннесской войны в пилосской бухте произошло морское сражение между спартанцами и афинянами, названное Битвой при Пилосе, а затем – осада афинянами острова Сфактерия, в результате которой большое число спартиатов попало в плен. После этого на короткое время эти земли считались подконтрольными Афинам, но по Никиевому миру они были возвращены Спарте вместе с пленными.
Описывая события Пелопоннесской войны, Фукидид не раз отмечает значение контроля за безлюдным в то время Пилосом, где афиняне создали плацдарм для набегов на Спарту. Гавань служила удобным местом для высадки десантов и поддержания гарнизона, разместившегося в пилосском акрополе.
Павсаний, видимо, застал на месте Пилоса небольшое селение, указав лишь на храм Афины Корифасийской (по названию мыса), дом Нестора ("так называемый" – видимо, построенный на месте древнего здания) и могильный памятник Нестору в центре города. Также Павсанию рассказали, что вблизи Пилоса находится могила Фрасимеда, сына Нестора, участника Троянской войны. В городе Павсаний видел пещеру, где размещалось стойло коров Нелея, а потом Нестора. Хотя паслись они, как считает Павсаний, где-то в другой стране, поскольку вокруг сплошь песчаные почвы и травы для выпаса недостаточно. Трудно представить, чтобы стадо гоняли на выпас на большое расстояние. Скорее всего, пещера использовалась для жертвенных животных, для приготовления к гекатомбе. В "Илиаде" именно на песчаном берегу Нестор проводит этот ритуал в честь Посейдона.
Старый Пилос (Наварино Веккьо) расположен в северо-западной части залива, новый Пилос – на юго-восточной. В Наварино есть форт на вершине холма, а также стена, охватывающая город, расположенная на склоне холма. Также на о. Сфактерия есть развалины, которые относят к микенским временам.
Город Пилос, давно забывший про Нестора и его дворец, находился в стороне от противостояния крупнейших держав Эллады, а потому жил спокойно и процветал. Гибельные для древнегреческой цивилизации события докатились сюда очень поздно – только в VII в., когда на Пелопоннес вторглись славяне и авары. Место получило название Аварино. Во время пришедших на смену аварам венецианцах название трансформировалось в Наварино. Здесь также правили византийцы, франки, турки, а греки вернули себе Пилос (вместе с названием города) вместе со свободой от турецкого владычества. В 1827 г. Наваринская бухта стала местом гибели турецкой эскадры, которая была уничтожена совместными усилиями русско-англо-французского флота.
Купольная гробница
Первые попытки найти древний Пилос не увенчались успехом. Скептики считали, что вся "Илиада" – выдумка. Но с течением времени большая часть названных в гомеровском эпосе городов была обнаружена, и доверие к Гомеру резко возросло. До такой степени, что в начале ХХ века за дворец Нестора были приняты руины, обнаруженные в районе деревни Каковатос. Но в 1939 г. дворец Нестора был раскопан в 17 км к северу от современного Пилоса на небольшом и невысоком плато Ано Энглианос. Продолженные после войны раскопки раскрыли весь дворцовый комплекс. Характер построек и найденные здесь артефакты позволили отнести время создания этого сооружения к 16 в. до н.э.
Близ дворца были исследованы также остатки поселения и некрополь с купольными захоронениями (как и в Микенах, все они были разграблены еще в древности). В целом и дворец, и гробницы Пилоса сходны с дворцом и гробницами Микен, как и обнаруженные здесь артефакты.