Напротив очага стоял трон, от которого сохранился лишь след в полу. Мотивы росписи стены за троном были особые – это два сидящих друг напротив друга грифона. Их головы украшены гребнями, а хвосты причудливо расцвечены. Рядом с каждым грифоном изображен лежащий лев.
В другом помещении сохранился фрагмент росписи с изображением гор и синих птиц. Есть также фрагмент со сценой охоты: изображен мужчина с копьем и собаки в ошейниках.
Позади мегарона были устроены комнаты с отдельным входом через вестибул – скорее всего, для личных припасов для обслуживания правителя или для жертвоприношений – прежде всего, для оливкового масла. В левой комнате были обнаружены запасы посуды, лестница вела к другому хранилищу для парадной утвари и запасам особенным образом подготовленного масла. Возможно, вход в эти комнаты был и из мегарона.
Как и в Кносском дворце на Крите, дворец Нестора был также и хранилищем различных припасов разного назначения. Поэтому множество помещений использовались как кладовые. Здесь хранилось в основном продовольствие и хозяйственная утварь. Сохранившиеся глиняные таблички (считается, что это большая часть архива) учитывает хранящимися на полках 2853 килика. Они не могли использоваться для распития вина. Скорее это были обменные запасы – килики могли выполнять роль денег, обеспечивать товарообменные операции. Ритуальные сосуды были гораздо больше, чем обычные килики. Золотую чашу Нестора, по свидетельству Гомера, никто не мог поднять, когда она была наполнена. Саму чашу найти не удалось, но среди артефактов есть два сосуда для питья, чья вместимость гораздо больше обычного килика. Один из них – пятилитровый.
План дворца: А – мегарон; В – вестибул; С – крыльцо; D, М, R – дворы; Е – пропилеи; F – крыльцо с колоннами; G – подсобные помещения; Н, J, W – комнаты для припасов; К – ванная; L – мегарон царицы; N – будуар; Р – туалет; Q – архивная комната, S – прихожая старого дворца, T – мегарон старого дворца,V – мастерская.
Во дворце были найдены фрагменты более чем 1000 керамических сосудов, что подтверждает достоверность дворцовой "бухгалтерии". А также тот факт, что дворец был не разграблен, а сожжен.
О строгости дворцового учета говорят глиняные затычки для сосудов с оттисками печатей. Также опечатывались веревки, удерживающие эти затычки или же ткань, которой покрывались сосуды с широким горлом. Печатями снабжались куски глины, которыми скреплялись эти веревки. Они ломались только при вскрытии сосуда.
В одном из дворцовых помещений площадью 45 кв. м найдено множество бронзовых наконечников стрел. Хотелось бы считать, что это арсенал, но здесь не найдено оружия. Вероятно, стрелы с бронзовыми наконечниками накапливались для поставок в армию Нелеидов, а не для нужд дворца, сохранившего хозяйственное значение, но утратившего роль центра царской власти и военного управления.
Из вестибула можно было войти в коридор с лестницей (от нее сохранился только нижний марш из восьми каменных ступенек). Трудно сказать, куда она вела. А коридор вел в комнаты для припасов и в помещения за мегароном – двойную комнату. В ней вдоль стен размещались пифосы, вкопанные в землю до половины. Снаружи они дополнительно обмазывались глиной для прочности.
В противоположную сторону коридор вел на крыльцо с колоннадой, через которое можно было вернуться во двор и пройти в апартаменты царицы. Здесь также есть мегарон, но меньшего размера – очаг мал, и для поддержания крыши не требовались дополнительные колонны вокруг него. За этим малым мегароном есть две комнаты для личного пользования царицы – так же, как и комнаты за мегароном царя. Одна из комнат была украшена росписью и определена как "будуар".
К мегарону царицы примыкает комната с огромной терракотовой ванной посередине, отделанной белой глазурью и украшенной резьбой. Считается, что она была переносной. В отличие от современных ванн, пилосская имела широкую ступеньку в центральной части – для удобства погружения в воду, а также для сидячего положения в воде. Ванная не имеет сливного отверстия. Это означает, что использованную воду вычерпывали и выливали в отверстие в полу, ведущее в дренажную систему дворца.