Под влиянием роста римских налогов в IV в. прекращаются пожертвования от богатых аристократических семей Греции и иностранцев. Игры и ритуалы просто не на что проводить. Поэтому формальный запрет игр императором Феодосием I серьезного значения не имел. Кроме того, в 395 г. на берегах Алфея на территории Олимпии произошло сражение византийцев и готов, в результате которого сильно пострадали спортивные и культовые сооружения. Храмы, уже пришедшие в упадок, были разграблены готами.
Византийцы заселяли Элиду до IX века, среди них преобладало славянское население, а местность близ Олимпии в Средневековье получила название "Сербия".
Археологические раскопки в Олимпии начались в 1870-е годы и продолжаются до настоящего времени.
Происхождение культа Зевса
Олимпия – название, которое дано святилищу (или поселению, возникшему рядом с ним) в связи с культом Зевса, а не наоборот. Гора Олимп находится в Средней Греции, и название святилища с ней не связано. Зевс Олимпийский – это имя бога, возникшее в результате какого-то религиозного кризиса на Крите, где практиковался культ Зевса Идейского – по имени горы Иды. Предание сообщает о том, что культ в Олимпии был учрежден Гераклом Идейским, который не имеет никакого отношения к герою Гераклу, явившемуся в эти места века спустя.
Почитание Зевса с гомеровских времен до классического периода Древней Греции – это почитание "спящего бога". У Гомера Зевс полностью зависим от Судьбы, от Рока. Он лишь взвешивает на весах судьбы то, что предначертано, и не дает богам препятствовать Судьбе. Куда более деятельны женские божества – прежде всего, Гера и Афина. Именно их культы первостепенны для Пелопоннеса и являются переосмыслением более древних хтонических культов – Великой Матери и Божественной Девы. Павсаний, описывая Элладу, видит древнейшие изваяния именно этих богинь, но не видит древнего Зевса. При этом богини выступают в качестве как личных пособников в деяниях героев: Гера помогает Ахиллу, Афина – Одиссею, Афродита – Парису. Даже Аполлон помогает Энею, как и богини, не имея какой-либо другой функции. Зевс же не помогает никому. Но помощь богов не меняет судьбы героев. Судьба же – не воля Зевса, а непреложный закон мироздания. Зевс лишь стоит на страже этого закона, но не в силах изменить его. Может быть, Зевс спасает богов и людей от того, чтобы противостоять Судьбе и навлекать на себя огромные беды?
Неслучайно в Олимпии было святилище Геры – самой почитаемой богини на Пелопоннесе. Лишь со временем образовался особый статус Артемиды, утвердившийся в Спарте как альтернативный образ Богини-матери, заместивший аргосскую традицию, в которой эту роль исполняла Гера. А также статус Афины – с той же заместительной ролью в Срединной Греции.
После "темных веков" культы всех богов возрождались, постепенно дифференцируясь, но и утрачивая некоторые свои качества. Гомеровская Афина никак не проявляла своей воинской сущности – нигде так и не применила свое копье и эгиду. Предположительно, у Гомера изначального хтонические черты имелись, но были почти все утрачены в процессе сохранения поэм в устном предании, когда неясности и неприятности для слушателей просто исключались из декламаций расподов. В постмикенской Греции ее культ предполагает незримое соучастие в делах людей, которых нет надобности поражать божественным оружием. Так же и стрелы Артемиды и Аполлона – незримые, "тихие" и приносящие спокойную смерть. Восстановленный культ не нуждается в теогонии, ему требуется только поклонение – повторение неизменного ритуала.
Судя по сочинениям Гомера, состязания атлетов и воинов всегда связаны с почитанием погибшего героя. Они устраиваются в память о нем и носят однократный или периодический характер. Учреждение Гераклом Идейским Олимпийских игр не могло произойти без какого-либо погребального обряда. Судя по аркадийским преданиям Зевс – имя древнего героя, а не изначально жившего на Олимпе бога. Вполне вероятно, именно захоронение Зевса и является изначальным пунктом истории Олимпии. Лишь позднее здесь образовалось захоронение Эномая и святилище Пелопа – почитаемых как герои и правители общегреческого значения.
Эпитет бога у греков всегда привязан к какой-либо функции, либо к месту, где учрежден культ. В данном случае эпитет связан не с местом культа (название местности "Олимпия" дано по названию святилища, а не наоборот). Это свидетельствует о том, что Зевс изначально – не бог, а герой. И подобный взгляд соответствует представлениям македонского философа Эвгемера, распространенным в позднеклассический период истории Эллады.