В конечном счете Стилихон решил вернуться в Равенну, любимую столицу Гонория, где и попытаться найти выход из положения. В пути он, возможно, начал догадываться о том, что на дружбу с Гонорием уже можно не рассчитывать, однако столь холодного приема он все-таки не ожидал. Олимпий, подчинивший императора своей воле, приказал солдатам в Равенне при первой же возможности арестовать Стилихона. Узнав об этом, Стилихон в ночь своего приезда укрылся в храме, зная, что там его не посмеют тронуть. К тому же теперь, когда полководец выиграл некоторое время, он мог посоветоваться с друзьями и союзниками, которые его сопровождали, и вместе выработать план дальнейших действий.
На следующее утро солдаты Олимпия явились к храму и стали стучать в двери. Они показали епископу письмо Гонория, в котором он приказывал заключить полководца под стражу, и поклялись, что не станут убивать Стилихона. Несмотря на предостережения своих соратников, Стилихон согласился покинуть храм, но стоило ему шагнуть за порог, как император тут же подписал новый указ, в котором говорилось о том, что за все преступления против Западной Римской империи Стилихон должен быть казнен. Сторонники Стилихона пришли в ярость и пообещали, что найдут способ спасти его. Разгневанным и грозным голосом Стилихон приказал им, чтобы они прекратили подобные разговоры, поскольку такие речи могли лишь ухудшить сложившееся положение. Сказав это, он спокойно отдал себя в руки солдатам, склонил голову на плаху и был казнен 22 августа 408 г.
События, произошедшие после смерти Стилихона, были столь же разрушительными, сколь и необратимыми. Олимпий приложил все усилия, чтобы очернить память о своем предшественнике, заставив полководца оговорить себя под пыткой. Подобным образом Олимпий желал запугать своих врагов. Вырванные с помощью пыток показания сенатор привел в качестве доказательства того, что Стилихон «алкал власти и трона».[93] Сын Стилихона, некоторые из его родственников и все оставшиеся соратники в рядах армии и чиновничьего аппарата были убиты. Его дочери, жене императора, повезло, ее без лишних церемоний разлучили с Гонорием и отправили в ссылку жить вместе с матерью. Массовые расправы достигли и Рима. Олимпий приказал конфисковать все имущество людей, занимавших какие-либо посты в правление Стилихона. Римские солдаты сочли начавшиеся репрессии за своего рода официальное разрешение излить давно затаенную злобу. Они грабили дома как в Риме, так и в городах Италии и нападали на всякого мужчину, женщину и ребенка варварского происхождения, убив, таким образом, много тысяч людей. Преследование союзников Стилихона вылилось в массовую резню и погромы.
Один из историков того времени посвятил Стилихону эпитафию, в которой описывал покойного полководца как самого сдержанного и справедливого человека, обладавшего в свое время наибольшим влиянием. Возможно, Стилихон был слишком честолюбив в своем желании власти, но его честолюбие было сосредоточено лишь на одной цели — сохранить Западную Римскую империю единой. Главным достоинством Стилихона была его преданность императору и Риму. Помимо того что он являлся выдающимся военачальником времен заката Римской империи, Стилихон также был связующим звеном в отношениях между римлянами и варварами. Он понимал, что романизация и сотрудничество с готами являются ключом к обеспечению спокойного будущего и, главным образом, к военной безопасности Западной Римской империи. Смерть Стилихона ознаменовала конец проводимой им политики. Сторонники Олимпия жаждали войны.
Однако кровавая расправа коснулась не всех. Примерно 10 000 солдат готского происхождения из армии Радагеса удалось избежать резни. Они обратились за помощью к Алариху, единственному человеку, который мог предоставить им убежище в горах и холмах Норика. Когда ему сообщили печальные новости из Италии, Аларих понял, что ему снова угрожает опасность. Он знал, что со смертью Стилихона потерял не только своего главного противника, но одновременно и главного союзника. Он понимал, что массовая чистка и смена состава западного имперского двора означала утрату последней надежды на мир. Новые власти отвергли все условия, выдвинутые Аларихом, а грубый и окончательный отказ Гонория только лишь подсыпал соли на раны готов.