1487 — Русскими войсками взята Казань. Перед этим под давлением Руси власть в городе была передана ханом Алегамом его младшему брату Мухаммед-Эмину, но Алегам дважды сгонял его с престола, пока в 1487 г. воеводы Ивана III — князья Д.Д. Холмский, А.В. Оболенский и др. — не взяли город после полуторамесячной осады. Алегам был сослан в Вологду, а на престоле вновь оказался московский ставленник Мухаммед-Эмин.
1490 — От «камчуги в ногах» (полиартрита) умер Иван Иванович Молодой. Лечивший его врач — венецианец Леон — был казнен полтора месяца спустя.
1491 — Приехавший в Москву к Ивану III его брат Андрей Большой был неожиданно схвачен и посажен «за железы»; заточены были в Переяславле и его сыновья Иван и Дмитрий. Иван III обвинил брата в сношениях с Казимиром. Андрей так и умер в заключении в 1493 г., а его удел — углицкое княжение — был ликвидирован.
1492 — Умер польский король и великий князь литовский Казимир IV. Польским королем становится Ян Ольбрахт, а великим князем литовским — Александр Казимирович.
1494 — Между Русью и Великим княжеством Литовским заключен мир. Александр Казимирович признал русские приобретения последних лет.
1497 — В семье великого князя разгорелся значительный по своим последствиям конфликт. Причины его до конца не ясны, но, вероятно, сыграли роль какие-то сепаратистские тенденции, к возможности которых, памятуя о феодальной войне при Василии II, Иван относился крайне болезненно. Во всяком случае летопись сообщает, что уже в первой половине года Иван начал «гневаться» на сына Василия (ему было в это время восемнадцать лет) и на свою жену Софью Палеолог. В декабре недовольство Ивана достигло своей кульминации: он велел схватить сына и «посади его за приставы на его же дворе».[150] Василия обвинили в том, что он будто бы хотел «отъехать» от отца, «пограбить казну» в Вологде и Белоозере и учинить какое-то насилие над своим племянником Дмитрием. Единомышленников Василия — дьяка Федора Стромилова, сына боярского Владимира Гусева, князей Ивана Палецкого Хруля, Щавея Травина-Скрябина и других — предали жестокой казни: кого четвертовали, кому отрубили голову, кого разослали по тюрьмам. Опале подверглась и великая княгиня Софья: посещавших ее «с зельем» «баб лихих» утопили в Москве-реке в проруби. Победу одержало окружение Дмитрия (сына Ивана Ивановича Молодого) и его матери Елены Стефановны.
1498 — Дмитрия Ивановича венчают на царство: на него возлагают барму (оплечье) и «шапку Мономаха». Иван III объяснил собравшимся боярам, что следует старинной традиции, согласно которой наследником должен стать старший сын. Так как Иван Иванович Молодой умер, вместо него венчают внука. В документе, описывающем ритуал венчания на царство, Иван III именуется «самодержцем всея Руси». Однако торжественная коронация не принесла Дмитрию ни реальной власти, ни удела.
1499 — Весной Иван III вернул расположение жене и сыну: Василий был провозглашен великим князем новгородским и псковским. Иван III усиленно добивается брака княжича с дочерью датского короля Иоганна (Ханса) Елизаветой.
1500 — На службу к Ивану III переходят стародубский князь Семен Иванович и князь новгород-северский Василий Шемячич, а следом за ними и некоторые другие князья Великого княжества Литовского. Это не могло не вызвать негативную реакцию Литвы, и Иван III спешит послать к западным границам рать, возглавляемую Яковом Захарьевичем Захарьиным. Русские войска занимают Брянск. Великий князь литовский Александр Казимирович также направляет войска к Смоленску, а оттуда к Ельне. Здесь в июле на речке Ведроши разыгралась кровавая битва между литовскими войсками и русской ратью, на помощь которой прибыли полки под водительством Д. В. Щени и И. М. Воротынского. Русские одержали внушительную победу, Литве пришлось смириться со значительными территориальными потерями: территории Стародубского и Новгород-Северского княжеств (с городами Гомель, Чернигов, Путивль и др.), а также города Брянск и Мценск вошли в состав Русского государства; южная граница его достигла верховий Северского Донца. Эти территориальные изменения были подтверждены мирным договором с Литвой, заключенным в 1503 г., но борьба вокруг западно-русских княжеств далеко не закончилась: основным объектом взаимных притязаний станет крупнейший город и крепость Смоленск.
Южная граница отделяла Русь от наследника Золотой Орды — Крымского ханства, образовавшегося в 1443 г. Помимо Крыма ханам принадлежали обширные степи Нижнего Поднепровья. Хан Менгли-Гирей перенес столицу в Бахчисарай. В 1475 г. в ханство вторглись турецкие войска, и с этой поры оно стало вассалом Турции. Хотя русские князья стремились использовать Крымское ханство как союзника в борьбе с Польшей и Литвой, отношения Руси с Крымом были неустойчивыми, и набеги крымцев, приносившие колоссальный урон, станут на многие годы — вплоть до середины XVIII в. — постоянной угрозой для южных районов Русского государства.