1585 — Стремясь укрепить свое положение, Годунов ведет тайные переговоры с Веной, предполагая после смерти Федора выдать Ирину замуж за австрийского принца. Он, как и Грозный, продолжает тайные сношения с Англией, надеясь в случае необходимости найти там убежище. Слухи об этих дипломатических акциях Годунова просочились в круги бояр и лишь увеличили неприязнь к нему. Желая обеспечить себе безбедное существование на случай возможной опалы, Борис делает огромные пожертвования монастырям. В этом году недруги Годунова побудили москвичей во главе с Иваном Шуйским и митрополитом Дионисием «бить челом» Федору, призывая его развестись с Ириной «для рождения наследника царского». Но Федор отказался, а Годунов «растерзал этот союз» заговорщиков: митрополит Дионисий был согнан с престола и сослан в Хутынский монастырь под Новгородом.
1588 — Годунов начал репрессии против бояр. Первой жертвой стал князь И. П. Шуйский. Князь И. Туренин отвез его в ссылку в Белоозеро, где вскоре Шуйский, принявший монашеское имя Иов, погиб, будто бы угорев от дыма в своей келье. Судя по поспешности, с какой Туренин внес богатый вклад «за упокой души» боярина, он и санкционировал, видимо, «несчастный случай», приведший к смерти опального. Вместе с И. П. Шуйским подверглись опале и его братья: Андрей погиб в заключении (в 1589 г.), Василий был сослан в Галич. Не миновала опала и Петра Нагого — сына Афанасия, любимца Грозного. Вообще Годунов всячески стремился ослабить Нагих — реальных соперников царя Федора. Было запрещено поминать имя царевича Дмитрия — сына Марии Нагой и Грозного — в церкви: он объявлялся незаконнорожденным, ибо был зачат царем в седьмом браке, тогда как церковь допускала только три.
В этом же году было разгромлено Сибирское ханство. Его поражение было предопределено еще походом Ермака и победой над ханом Кучумом (1582 г.), когда была взята столица ханства Кашлык, располагавшаяся у впадения Иртыша в Обь. В 1588 г. был пленен хан Сеид Ахмат — последний правитель ханства. На присоединенных к Русскому государству землях закладываются города-крепости: Сургут (1594 г.), Нарым (1598 г.), Томск (1604 г.), Енисейск (1619 г.).
1589 — Воспользовавшись приездом в Москву греческих иерархов — константинопольского патриарха Иеремии, митрополита Иерофея и архиепископа Арсения, — Годунов добился того, чтобы в российские патриархи был рукоположен митрополит Иов. Уступивший домогательствам Годунова, Иеремия получил богатые дары и был отпущен из Москвы, где он пребывал в положении почетного пленника. Учреждение патриаршества существенно повысило авторитет русской церкви.
1590 — Русской армии, начавшей наступление на захваченных Швецией землях, удалось овладеть Ямом и начать осаду Нарвы — важнейшего стратегического центра на реке Нарове, по которой открывался выход в Балтийское море. Но руководивший осадой Борис Годунов допустил ряд тактических ошибок, осада затянулась. Не сумел он воспользоваться и результатами успешного штурма 19 февраля, не решившись на повторный приступ, который, безусловно, принес бы победу. Эту неопытность Бориса в воинских делах отмечали и современники: «В делах воинских не отличался искусством: не пришло еще тому время. Не слишком хорошо владел он и оружием...», — писал о Годунове создатель Хронографа.[210] Начались переговоры. Заключенный мирный договор не отвечал целям войны: Россия, правда, вернула себе побережье Финского залива от Нарвы до устья Невы, но сама Нарва оставалась в руках шведов.
1591 — Крымский хан подготовил новое вторжение, рассчитывая даже захватить Москву. Стотысячную армию Казы-Гирея сопровождали турецкая артиллерия и янычары. 4 июля русские остановили татар в районе Котлов и Данилова монастыря. После дневной стычки той же ночью татары внезапно обратились в бегство. По предположению Р. Г. Скрынникова, дело обстояло так. Русские полки находились в передвижной крепости «гуляй-городе». Далеко за полночь по неясным причинам воины поднялись по тревоге. Пушкари открыли огонь, их поддержали тяжелые орудия, стоявшие на городских стенах. На разведку были посланы дворянские, конные сотни. Все это — неожиданная пушечная стрельба, появление конников — создало, видимо, впечатление, что к Москве подошло подкрепление. Татары обратились в бегство. При переправе через Оку в спешке утонули многие воины, остался в реке даже возок самого хана.[211] Москва торжествовала победу.