В том же году 15 мая в Угличе погиб царевич Дмитрий. Обстоятельства его смерти долгое время оставались невыясненными. Первое следствие о причинах гибели царевича началось по горячим следам. Его вели Василий Шуйский, митрополит Гелвасий, окольничий Клешнин и думный дьяк Вылузгин. Они установили, что гибель ребенка была случайной: Дмитрий с четырьмя друзьями-сверстниками играл на дворцовом дворе под присмотром няньки Василисы Волоховой. Мальчики играли «в ножички», когда у царевича начался припадок эпилепсии; упав, он напоролся горлом на нож. Маленькие свидетели — участники игры — подтверждали, что на дворе кроме них и нянек никого не было и что «играл-де царевич в тычку ножиком с ними на заднем дворе и пришла на него болезнь — падучий недуг — и набросился на нож».[212] Но версия об убийстве Дмитрия возникла сразу же: Мария Нагая, мать царевича, избила Василису, утверждая, что ребенка будто бы убил сын няньки Осип. Главный дьяк Углича Михаил Битяговский не без труда предотвратил кровавый самосуд, но тогда Мария и ее брат Михаил Нагой стали обвинять в причастности к убийству самого Битяговского, с которым у них были до этого крайне напряженные отношения. Подстрекаемая ими толпа расправилась с дьяком и его сыном, были убиты также Никита Качалов, племянник Битяговского, и Осип Волохов. Всего в результате кровавой расправы погибло 15 человек. Комиссия Шуйского, допросив свидетелей и отвергнув подброшенные ими подложные улики (вплоть до специально добытого и измазанного куриной кровью ножа, которым будто бы Никита Качалов зарезал царевича), установила: смерть действительно явилась результатом несчастного случая, и вина нянек и кормилицы была лишь в том, что они не успели вовремя прийти на помощь бившемуся в припадке царевичу. Нагие же не теряли надежды опорочить Годуновых и, в частности, обвинили их в пожарах, случившихся в Москве летом того же года. Произведенное следствие доказало обратное: поджоги делались по поручению Нагих. После этого Марию Нагую постригли в монахини и отослали в Белоозеро. Афанасий Нагой и его братья оказались в темнице. Удельное княжество в Угличе было ликвидировано.[213]
1598 — 6 января умер царь Федор. Он не оставил завещания, а его последняя воля передавалась и истолковывалась по-разному: согласно одним слухам он назначил своим преемником кого-то из Романовых, по другим — свою жену Ирину, а царство «приказал» Борису. Эта нерешительность или, как бы мы сказали сейчас, «безответственность» Федора восстановила против него всех его возможных преемников, в результате чего он не в пример своим коронованным предкам не принял перед кончиной монашеского сана и был похоронен весьма скромно. Ирина вопреки воле Федора не постриглась, а осталась царицей, хотя вскоре была вынуждена смириться и уйти в монастырь.
Теперь неизмеримо выросла роль фактического правителя страны Бориса Годунова, что вызывало завистливое недовольство бояр — особенно родовитых Шуйских, а также Романовых. Положение Бориса становилось настолько сложным, что он предпочел, оставив Кремль, перебраться в хорошо укрепленный Новодевичий монастырь. Тогда же было принято решение избрать царя на Земском соборе. Кандидатура Бориса была выдвинута духовенством, а также «некиими боярами» из числа его явных сторонников. В составленной ими грамоте превозносились заслуги Годунова, подчеркивалось доверие, которое оказывал ему Грозный. После ночного богослужения духовенство, сопровождаемое толпой народа, отправилось в Новодевичий монастырь, где находились постригшаяся в монахини Ирина и ее брат. Бориса стали просить согласиться стать царем. Он жестом показал, что скорее удавится, чем решится на такой шаг, но после настойчивых уговоров все же уступил.[214] Однако короновали Бориса лишь полгода спустя: дело в том, что не давала согласия Боярская дума, выдвигавшая своих ставленников. Предлагалась, например, кандидатура тверского князя Симеона — того самого, которого сажал на престол в 1575 г. Иван Грозный. Став царем, Симеон, разумеется, оказался бы марионеткой в руках выдвинувших его бояр: Б. Бельского, Ф. Н. Романова и Ф. И. Мстиславского. Не решаясь открыто выступить против Думы, Борис заставил бояр подчиниться себе перед «лицом внешней опасности». Для этого он распустил слух об ожидавшемся набеге крымцев, выехал в Серпухов к армии и пробыл там два месяца.