1648 — В Москве произошло восстание. Причиной народного возмущения явились меры правительства, возглавляемого Б. И. Морозовым: усиление налогового обложения и сокращение жалования «служивым людям» — стрельцам и подьячим. Особенное возмущение вызвало введение в 1646 г. налога на соль, который пришлось все же отменить из-за яростных протестов населения в феврале 1647 г. Новые требования о непременном и суровом взыскании недоимок с «тяглых людей» привели к взрыву возмущения. Народ решил обратиться с челобитной непосредственно к царю, когда он 1 июня возвращался в Москву с богомолья из Троице-Сергиева монастыря. Царская охрана разогнала толпу просителей, но в стрельцов из толпы полетели камни.
На следующий день просители вновь попытались пробиться к царю, участвовавшему в крестном ходе. На сторону восставших перешли и стрельцы. Верным правительству остался лишь привилегированный Стремянный полк. Восставшие требовали выдачи им боярина Б. И. Морозова, а также видных деятелей его правительства — П. Т. Траханиотова и Л. С. Плещеева. Бояре не смогли успокоить людей, не смог уговорить их и царь. Толпа разгромила двор Б. И. Морозова, находившийся в Кремле, а также дворы особенно ненавистных народу П. Т. Траханиотова, Л. С. Плещеева, князей А. М. Львова и Н. И. Одоевского, дьяков Назария Чистого и Григория Ларионова. Назарий Чистый был убит, а Леонтия Плещеева и Траханиотова власти были вынуждены выдать восставшим, и оба они были казнены на Красной площади. Правительство пошло на уступки стрельцам: каждому из них возвратили по 8 рублей. Затем, опираясь на умиротворенных стрельцов, правительство начало репрессии: шестеро холопов — зачинщиков восстания — были казнены. Для успокоения народа особенно ненавистного москвичам Б. И. Морозова выслали из Москвы в Кириллов монастырь (откуда он, впрочем, вскоре был возвращен). В сентябре был созван собор для подготовки нового свода законов. В январе 1649 г. было принято «Соборное уложение». Основные его законоположения были направлены на защиту царя и высших слоев общества, на укрепление крепостной зависимости крестьянства. «Уложение» удовлетворяло и нужды дворян, был сделан ряд уступок посадским людям. Но отмена сроков давности для сыска беглых крестьян, окончательно закрепившая крепостную зависимость, вызвала острое недовольство народа. В Соли Вычегодской, Устюге Великом, Владимире, Козлове, Курске и других городах вспыхивали волнения.
На Украине, входившей в состав Речи Посполитой, началось восстание. Во главе его стоял авторитетнейший казацкий старшина, избранный гетманом, — Богдан Хмельницкий. Правительственные войска были изгнаны из Запорожской Сечи. Польское правительство направило против Хмельницкого армию во главе с коронным гетманом Николаем Потоцким. Но небольшой отряд Хмельницкого у урочища Желтые Воды нанес правительственным войскам сокрушительное поражение. Народные волнения охватили украинские и белорусские земли. Хмельницкий начал переговоры с русским правительством о воссоединении с Россией украинских земель, входивших, как мы знаем, в состав Древнерусского государства. Но правительство Алексея Михайловича, опасаясь войны с Польшей, к которой оно еще не было готово, медлило с принятием положительного решения.
1649 — Несмотря на ряд новых поражений, которые Хмельницкий нанес правительственным войскам, в августе он вынужден был подписать мирное соглашение с Польшей в Зборове. К этому принуждала гетмана и позиция крымского хана, за выкуп заключившего мир с Польшей и теперь угрожавшего восставшим. Однако Польский сейм не утвердил Зборовского договора, и война продолжалась. Хмельницкий нанес правительственным войскам еще ряд поражений.
1650 — Восстания произошли в Пскове и Новгороде. Поводом для волнений в Пскове явился резкий подъем цен на хлеб, вызванный тем, что купец Федор Емельянов по поручению правительства произвел закупки хлеба по высоким ценам для передачи Швеции (в качестве компенсации за уход населения с отошедших к Швеции русских земель). Хотя воевода Н. С. Собакин уступил настоятельным просьбам посадских людей и запретил вывоз хлеба, «боясь ... убийства», приезд шведского агента Логина Нумменса вызвал новую вспышку недовольства. Нумменса задержали, а двор Федора Емельянова разгромили. В марте волнения вспыхнули и в Новгороде. Новгородский воевода князь Ф. А. Хилков укрылся в палатах митрополита Никона, в Пскове под арест были посажены воевода Собакин, приехавший сменить его князь В. П. Львов и присланный из Москвы для следствия князь Ф. Ф. Воротынский.