Прибытие посланного из Москвы карательного отряда, вызвавшее разброд среди восставших и нежелание стрельцов оказать сопротивление И. Н. Хованскому, присланному из Москвы для подавления восстания, привело к тому, что инициаторы волнений в Новгороде были схвачены и взяты под стражу. Псковичи оказались более твердыми; Хованского в город не впустили и стали укреплять оборонительные сооружения. Власть перешла к выборным во главе с земским старостой Гаврилой Демидовым. На сторону восставших перешли и псковские пригороды — Гдов, Изборск, Остров, а также крестьянское население этих уездов. После долгих переговоров делегации Земского собора удалось склонить псковичей и прежде всего «служивых людей» — пушкарей, казаков и стрельцов — к крестному целованию.
1653 — 1 октября Земский собор, откликаясь на предложение Богдана Хмельницкого, принял решение о воссоединении Левобережной Украины с Россией.
1654 — 8 января в Переяславле (ныне Переяслав) состоялась рада, на которой присутствовали представители казачьих полков и городов. Рада единодушно высказалась за воссоединение с Россией Левобережной Украины с городами Черниговом, Новгород-Северским, Переяславлем, Полтавой, а также древней столицей Руси Киевом. В марте на переговорах в Москве были оговорены особые права Украины: ее население сохраняло право избирать гетмана и старшину, имело свой суд, свое войско; сохранялось самоуправление городов. Крестьяне в отличие от крестьян России могли менять местожительство, распоряжаться своей землей, строениями и имуществом.
В мае того же года русские войска двинулись к польской границе. Были взяты города Белый, Дорогобуж, затем — в августе — Орша и Могилев, в сентябре — Смоленск.
Весной того же года в Москве был созван церковный собор, на котором Никон, ставший в 1652 г. патриархом, потребовал проведения церковной реформы — отмены тех обрядов, которые он посчитал нововведениями и не соответствующими практике современной греческой церкви, в частности, он предлагал ввести троеперстие (креститься тремя перстами вместо двух) и заменить земные поклоны поясными. Но именно это «возвращение к старине» (как ее понимал и трактовал Никон) представлялось покушением на традиции и старые обряды бывшим единомышленникам Никона по «кружку ревнителей благочестия». Тогда Никон отправил в ссылку наиболее активных своих противников — Ивана Неронова, протопопа Аввакума, дьякона Федора.
1655 — Этот год внес существенные коррективы во внешнюю политику Русского государства. Шведский король Карл X начал войну с Польшей и на первых порах добился существенных успехов: 8 сентября была взята Варшава, затем Краков, король Ян Казимир бежал из страны. Отдельные представители польской администрации подписывали сепаратные соглашения, передавая под протекторат Швеции значительные области страны, в том числе Ливонию. Русским предстояло определить свою позицию в этой ситуации, так как возрастание могущества Швеции не могло их не тревожить. На заключении мира с Польшей и выступлении против Швеции особенно настаивал видный государственный деятель и дипломат А. Л. Ордин-Нащокин. Но пока война продолжалась. В июле русскими войсками были взяты Минск, Вильно, Ковно, Гродно.
1656 — Русское государство предпринимает ряд дипломатических акций, стремясь привлечь к борьбе со Швецией и Данию. Тем временем положение в Польше изменяется: на захваченных шведами территориях растет сопротивление; вернувшийся в страну Ян Казимир собирает силы для отпора шведам. Русское государство 17 мая объявляет войну Швеции и достигает немалых военных успехов: войско, в рядах которого находился и сам Алексей Михайлович, штурмом берет крепости Динабург (вблизи современного г. Даугавпилс) и Кокнес (современный Кокнесе, на правом берегу Даугавы), осаждает Ригу. В октябре сдался Юрьев, однако осаду Риги пришлось снять. Воевода Петр Потемкин осаждал Орешек (крепость на острове в истоках Невы), взял крепость Ниеншанц (на месте впадения Охты в Неву, ныне в пределах Петербурга), нанес поражение в бою у острова Котлин в Финском заливе.
В этой обстановке и начались в Вильно мирные переговоры с Польшей. Россия добивалась передачи всех земель Великого княжества Литовского, поляки, напротив, требовали возвращения земель, занятых русскими в ходе войны. Рассматривался и вопрос о провозглашении Алексея Михайловича преемником бездетного Яна Казимира. Но переговоры зашли в тупик, и результатом их явилось лишь перемирие, заключенное для совместной борьбы со Швецией.