Тем временем в Москве Никон продолжал развивать свою реформу: церковный собор вынес решение отлучить от церкви всех защитников старых обрядов.
1657 — Шведские войска безуспешно пытались овладеть Псково-Печерским монастырем и столь же безуспешно осаждали крепость Гдов. Отступивших от стен Гдова шведов настиг воевода И. А. Хованский и нанес им сильное поражение: шведский полководец Магнус Делагарди был вынужден утопить свои пушки в Чудском озере. Русские полки подошли к стенам Нарвы, вывели из посада около тысячи мирных жителей.
27 июля умер Богдан Хмельницкий. Это серьезно осложнило положение Украины: преемник Хмельницкого — гетман И. Выговский — придерживался пропольской ориентации, стремился к обособлению от России.
1658 — В деревне Валиесаре, близ Нарвы было заключено соглашение о мире со Швецией на три года, по которому занятые в ходе войны территории отошли к России. Возобновилась война с Польшей. В октябре произошло столкновение русских войск под командованием Ю. А. Долгорукого и польско-литовских под командованием Гонсевского, закончившееся победой русских и пленением польского воеводы. Но положение русских войск в Белоруссии было тяжелым; учащались измены, провоцируемые, в частности, позицией гетмана И. Выговского.
Тем временем в Москве разразился конфликт между царем и патриархом Никоном. 10 июля в Успенском соборе князь Ю. Ромодановский объявил Никону о гневе царя за присвоение патриархом титула «великого государя» (что сам Никон объяснял исполнением «царской воли»). Никон по окончании службы объявил: «...от сего времени не буду вам патриарх» и отложил посох — символ своего сана. Он уехал из Москвы в Воскресенский монастырь.
1659 — На территории Белоруссии продолжались столкновения с польскими войсками и их союзниками — гетманом И. Выговским и крымскими татарами. Бои шли под Ковно, Гродно, Конотопом, Путивлем. Свержение И. Выговского и избрание гетманом Юрия Хмельницкого не улучшили положения: сын Богдана оказался под влиянием все тех же пропольских группировок.
Тем временем конфликт Никона с царем продолжался. Патриарх отправил царю послание, в котором подчеркнул, что сложить с себя сан он сможет лишь по решению вселенского собора с участием патриархов других православных церквей. Собранный в начале 1660 г. собор отклонил требования Никона, но богослов Епифаний Славинецкий признал, что действия собора нарушают канонические правила. Было решено созвать новый собор с участием православных патриархов.
1660 — Весной между Швецией и Польшей был заключен Оливский мир. Это не могло не сказаться на активизации действий польских войск против России. В течение года, несмотря на ряд частных удач, положение русских войск в Белоруссии и на Украине осложнялось. В результате Правобережная Украина (без Киева) вновь перешла под власть Польши, потерпел поражение и капитулировал воевода В. Б. Шереметев, которому в решительный момент не оказал поддержки Ю. Хмельницкий, заключивший с Польшей сепаратный договор.
1661 — В июне заключен Кардисский мир России со Швецией, по которому последней возвращались все территории, отвоеванные русскими, в обмен на обязательство не поддерживать Польшу, не нападать на Великое княжество Литовское, на «Малую и Белую Россию».
1662 — В июле в Москве вспыхнуло восстание, известное под именованием «Медного бунта». Поводом к нему послужило введение медных денег и особые строгости при взимании недоимок. По Москве были расклеены прокламации (по терминологии тех лет — «воровские письма»), в которых обвинялись в сговоре с поляками видные государственные деятели: князья И. Д. и И. М. Милославские, боярин Ф. М. Ртищев, купец Василий Шорин. Письма читали вслух стрелец Кузьма Нагаев и какой-то подьячий. Возбужденная толпа, состоявшая из посадских людей и стрельцов, двинулась в Коломенское, где в это время находился Алексей Михайлович. Царь посоветовал названным в письме боярам укрыться в хоромах царицы и царевен, а сам стал уговаривать толпу, обещая, возвратившись в Москву, «учинить сыск и указ».
Тем временем в городе были разгромлены дворы купцов Василия Шорина и Семена Задорина. Был схвачен пытавшийся бежать пятнадцатилетний сын Шорина, сам купец скрылся в Кремле у князя Черкасского. Тем временем Алексей Михайлович вызвал войска. Стрелецкие полки Артамона Матвеева и Семена Полтева, прибывшие в Коломенское, были впущены через задние ворота и неожиданно напали на толпу. Восставшие были рассеяны, многие убиты, часть их была загнана в реку. По свидетельству современника, было убито и схвачено более 7 тысяч человек, более ста утонуло. Расправы над восставшими чинились и в Москве: на людных местах устанавливались виселицы, но на них часто попадали не организаторы восстания, а случайно попавшиеся под руку люди; целью этих быстрых расправ было устрашение населения. Стрельцы, подавившие восстание, были щедро награждены.