Кроме составления «Добротолюбия» святитель Феофан написал в затворе много других душеполезных книг, которые вместе с письмами принесли ему заслуженную всемирную славу. Наряду со святителем Игнатием (Брянчаниновым) он является величайшим духовным писателем Русской Православной Церкви и по количеству им написанного, и по глубине духовного содержания этих трудов. Назовём наиболее важные из них: «Путь ко спасению»; «Письма о христианской жизни»; «Письма к различным лицам о разных предметах веры и жизни»; «Что есть духовная жизнь и как на неё настроиться»; 9 книг «Толкований на послания Святого апостола Павла»; несколько изданий сборников проповедей. Издано несколько томов писем, собранных уже после кончины святителя.
Особенно следует отметить книгу «Невидимая брань», которая первоначально была написана католическим монахом-священником Лоренцо Скуполи и впервые анонимно издана в Венеции в 1589 году под названием «Брань духовная».
Эта книга была переведена на греческий язык и отредактирована преподобным Никодимом Святогорцем (составителем греческого «Добротолюбия»), который внёс в текст довольно большое число изменений и дополнений, призванных адаптировать «Брань духовную» для православного восприятия и, что наиболее важно, сделать книгу соответствующей православному нравственно-аскетическому учению.
А святитель Феофан перевёл «Невидимую брань» преподобного Никодима на русский язык, внеся в неё значительные по объёму улучшения, так что «Невидимую брань» святителя Феофана Затворника смело можно назвать не переводом, а переработкой книги преподобного Никодима.
Однако, вернёмся к житию святителя Феофана в затворе. Узнав о духовном архипастыре-подвижнике, многие люди стали письменно обращаться к нему за советами, и святитель Феофан никому не отказывал в духовном наставлении. Ежедневно он писал около сорока ответных писем. В них он одних утешал, других наставлял, иным отвечал на те или иные вопросы христианской жизни, предостерегал от разного рода заблуждений и увлечений.
Всю свою архиерейскую пенсию святитель Феофан рассылал по почте бедным родственникам и другим людям, оставляя себе лишь немногое на необходимые потребности. О милости он писал: «Не говори требующему помощи: приди завтра; сделай для него, что можешь. И просить себя долго не заставляй».
Кроме писания книг и ответов на письма, святитель Феофан затворе занимался ещё разного рода рукоделиями. «Нельзя всё духовным заниматься — писал он, — надо какое-либо нехлопотливое рукоделие иметь. Только браться за него надо, когда душа утомлена, и ни читать, ни думать, ни Богу молиться не способна».
Но, сам пребывая в затворе, святитель учил, что главное — не внешнее удаление от людей, а внутреннее единение с Богом в молитве. «Когда молитва твоя до того укрепится, что всё время будет держаться у тебя в сердце пред Богом в благоговении, не выходить из него, и ничем другим заняться не захочет — этого затвора ищи, а о том не хлопочи. Можно и при затворённых дверях по миру шататься, или целый мир напустить в свою комнату», — писал он, имея в виду блуждание человеческих помыслов.
Он не был врагом мирской жизни и благословлял труды людей над её улучшением. «Не подумал бы кто, — говорит он в одной из своих проповедей, — что мы восстаём против всякого усовершенствования и всякого изменения к лучшему. О, нет! Бог благословит всякое доброе улучшение; да благословит и труды тех, которые посвящают себя на это! Мы хотим только сказать, что истинною мерою благотворности улучшений должна быть сообразность их с духом веры, и что всё, охлаждающее к вере и отчуждающее от церкви, всё, заставляющее нарушать уставы её и требующее перемены в них, всё, приводящее к забвению Божественного устроения вещей, не должно считаться признаком и плодом истинного усовершенствования и преуспеяния (прогрессом), а наоборот, возвращением назад (регрессом), нисхождением и пагубою».
Святитель Феофан был глубоко убеждён, что «жизнь не имела бы никакой цены, если бы не было бессмертия, а при этом, несмотря на её краткость, значение её неизмеримо, как вечность».
Свою смерть святитель Феофан встретил спокойно, так же, как и ожидал её. Она пришла к нему в самый день праздника Крещения Господня, в 1894 году. Утром святитель совершил по обычаю Божественную литургию, а днём мирно и тихо почил навеки, причём глаза его были закрыты, левая рука покойно лежала на груди, а правая сложена была как бы для благословения.