Под многоопытным руководством старца Исаии сформировался целый сонм духовных подвижников, и эта линия протянулась до середины XX века. По широте своего благотворного влияния на духовную жизнь в русской Церкви Глинская пустынь может быть поставлена в ряд с такими величайшими обителями, как Троице-Сергиева Лавра, Оптина пустынь и Киево-Печерская Лавра.
В 1906 году отец Исаия постригся в схиму с именем Иоанникий. С этого времени старец, хотя и оставался настоятелем большого монастыря, усилил свои подвиги и все ночи проводил в молитвенном бодрствовании.
В конце жизни святого старца Иоанникия постигла клевета, которой, несмотря на всю её очевидную ложность, поверили власть имущие, и в 1912 году преподобный Иоанникий был отстранён от должности настоятеля и удалён из обители.
При этом совершилось явное чудо. Когда схиархимандрит Иоанникий уходил из монастыря, вокруг Глинской пустыни был сильный весенний разлив рек, вода поднялась высоко, а старец вышел из обители, перекрестил воду и на глазах у всех пошёл по ней, как посуху. Так Господь прославил Своего угодника и всем открыл святость его жизни и несправедливость возведённых на него обвинений.
До недавних пор дальнейшая судьба подвижника считалась неизвестной, но теперь установлено, что отца Иоанникия приютила одна крестьянская семья, в доме которой он вёл жизнь затворника до конца своих дней. После кончины старец был погребён на братском кладбище Глинской пустыни.
Сибирская ветвь Паисиева древа
Преподобный Василиск Сибирский
Преподобный Василиск (в миру — Василий Гаврилович Гаврилов) родился в крестьянской семье. С детских лет он отличался трудолюбием и стремлением к уединённой молитве. В юности Василий часто бывал в Макариевом Калязинском монастыре и слушал там проповеди замечательного подвижника благочестия епископа Гавриила (Петрова), будущего митрополита Новгородского и Санкт-Петербургского, повлиявшие на духовное становление Василия.
Исполняя волю родителей, он вступил в брак и жил с женой в мире и согласии. Но душа Василия стремилась к иночеству, он часто и подолгу бывал в монастырях и наконец, с согласия супруги, оставил семью и поселился в Островской Введенской пустыни. Настоятель этой обители, преподобный Клеопа Покровский, ученик святого Паисия (Величковского), дал Василию благословение на пустынножительство. В монашестве он получил имя Василиск.
Некоторое время отец Василиск жил отшельником в лесах Чувашии, стремясь постоянно пребывать в молитве, а затем переселился в брянские леса, где под руководством духовно опытного старца иеромонаха Адриана достиг высокой меры преуспеяния. Затем отец Василиск провёл несколько лет в пустынном уединении, и со временем Бог привёл к нему Зосиму (Верховского), будущего великого старца и духовного наставника монашествующих.
Зосима был моложе Василиска, но более сведущ в писаниях святых отцов. Он объяснил своему старшему другу истинное учение о сердечной молитве. Тогда Василиск с великой ревностью, усердно начал упражняться в молитве Иисусовой и в скорости пришёл, по милости Божией, в такое благодатное состояние, что об удивительных духовных действиях молитвы в старце Василиске отец Зосима составил особую рукопись — «Повествование о действиях сердечной молитвы старца-пустынножителя Василиска», куда прилежно записывал все откровения подвижника.
Отец Василиск не только доверял ему тайны своей души, но и сам рассматривал и выправлял повествование. Чистота сердца и глубокое смирение перед Богом и ближними позволили преподобному Василиску достичь возвышеннейшего духовного преуспеяния. Неоднократно удостаивался он осияния нетварным светом, сподоблялся лицезрения Спасителя и Пресвятой Богородицы, видений райских блаженств и адских мук.
Около 10 лет провели отец Василиск и отец Зосима неподалёку от Коневского монастыря, упражняясь в монашеских подвигах и особенно в молитве Иисусовой. Они помогали людям мудрыми советами, поэтому множество богомольцев посещали подвижников, и все находили у них доброе утешение и духовную поддержку. Нередко отец Василиск предузнавал перемены, грядущие в жизни его или других людей, которые со временем происходили.
Затем отцы Василиск и Зосима переселились в Сибирь и в течение 20 лет подвизались в отшельничестве в лесу, в пятидесяти километрах от города Кузнецка, в двух отдельных кельях. Обычно они по целым неделям не виделись друг с другом, а воскресные и праздничные дни проводили в совместной молитве, чтении или духовных дружеских беседах, прогуливаясь по пустынным окрестностям.