Кончина преподобного Моисея в 1862 году стала для отца Антония тяжёлой потерей. Сорок дней он провёл в затворе, читая Псалтирь по новопреставленному, затем прожил год в уединении и непрестанной молитве. Последнее время жизни преподобный Антоний перестал принимать мирских лиц, братию скита принимал изредка, погрузившись в непрестанную молитву.
Старец был соборован за 17 дней до кончины, когда телесные силы ещё не совсем оставили его. Приобщался же Святых Таин в последнее время ежедневно и пребывал в непрестанной молитве. В августе 1865 года наступил последний день жизни многострадального преподобного Антония. Вечером, во время всенощного бдения, умирающий вдруг потребовал, чтобы к нему пригласили настоятеля. Как истинный послушник, он и в последний путь не хотел отправляться без настоятельского благословения. Исполняя беспрекословно волю умирающего, настоятель преподобный Исаакий благословил его и простился с ним уже навеки.
Погребён преподобный Антоний в Казанском соборе Оптиной пустыни рядом с любимым братом и духовным отцом, преподобным Моисеем.
Опубликовано более трёхсот писем преподобного Антония и его воспоминания, содержащие много поучительных духовных наставлений. Приведём здесь только некоторые из них (заголовки — автора книги).
Без видимой Святой Церкви не могло бы быть и Святых Тайн Христовых, без которых человек не может наследовать живота вечного. Молитвословие церковное толикую имеет силу и важность, что церковное едино «Господи, помилуй» превосходит все келейные духовные упражнения; и потому-то святые отцы, предстоя во святом храме, воображали, что они предстоят на Небеси пред Престолом Божиим!
Проситься должно у игумении не настойчиво: если на первое слово скажет вам: «Бог благословит», тогда с благодарением грядите во имя Господне, а когда услышите: «Зачем?», тогда покоритесь в мирном духе и своей воли не ищите. Если же вынудить согласие настоятельницы, то неизбежно последует искушение.
Обетов и правил на себя не накладывайте никаких без одобрения отца духовного, с советом которого один поклон принесет вам более пользы, нежели тысяча поклонов своечинных.
Фарисей больше нашего и молился, и постился, но без смирения весь труд его был ничто, а посему ревнуйте наиболее мытареву смирению, которое обычно рождается от послушания, и довлеет вам.
Если кто-то, надеясь на свой разум, думает не иметь нужды в руководителе, таковой вскоре заблудит от пути правого. Почему и должны мы со слезами молить Господа Бога, чтобы даровал нам наставника или наставницу незаблудную, ибо по гнилости недугов нужен и врач или лекарка опытная и благоискусная. Потому и должно хворому искать не столько обильную и покойную больницу, сколько врача искусного.
Как врачи медицинские, так и врачи духовные не одинаково поступают. Одни больному все позволяют и пить и есть, а другие велят строгую диету наблюдать; так и духовники: одни все прощают и разрешают, а другие за все истязуют и связуют, а цель у всех одна, чтоб исцелить.
Во всяком горе: и в болезни, и в скудости, и в тесноте, и в недоумении, и во всех неприятностях — лучше меньше думать и разговаривать с собою, а чаще с молитвою, хотя краткой, обращаться ко Христу Богу и к Пречистой Его Матери, чрез что и дух горького уныния отбежит, и сердце исполнится упования на Бога и радости.
Какие бы ни были огорчения, они подобны малейшей искре, т.е. если плюнешь — потушишь. Если же эту малейшую искру будешь раздувать, то произойдет пламень и все доброе устроение в человеке истребит.
Кротость и смирение сердца — такие добродетели, без которых не только Царства Небесного наследовать, но ни счастливым быть на земле, ни душевного спокойствия ощущать в себе невозможно.
Какое бы ни постигло тебя огорчение, какая бы ни случилась тебе неприятность, ты скажи: «Стерплю это я для Иисуса Христа!» Только скажи это, и тебе будет легче. Ибо имя Иисуса Христа сильно. При нём все неприятности утихают, бесы исчезают. Утихает и твоя досада, успокоится и твое малодушие, когда ты будешь повторять сладчайшее имя Его. «Господи, даждь ми зрети моя согрешения; Господи, даждь ми терпение, великодушие и кротость».
Ропота на Бога остерегаться нужно и бояться, как смерти, ибо Господь Бог, по великому милосердию Своему, все грехи наши долготерпеливо терпит, но ропотливости нашей не выносит милосердие Его.