В Оптиной пустыни Николай стал секретарём начальника скита игумена Варсонофия, одного из великих Оптинских старцев, причисленного к лику преподобных отцов. Немногим более четырёх лет пробыл Николай в тесном духовном общении с преподобным Варсонофием, но эти годы заложили в его душе настоящий духовный фундамент отвержения своей воли перед волей Божией, молитвы и рассуждения.
Уже после блаженной кончины старца он был пострижен в монашество с именем Никон, а буквально накануне Октябрьской революции был рукоположен в иеромонаха.
В 1917 году к власти в стране пришли безбожники, и начались жесточайшие гонения на Церковь. Уже в феврале 1918 года в Оптину пустынь прибыли красногвардейцы, грубо облазили монастырь и скит, описали всё церковное имущество. И дальше в течение нескольких месяцев прославленная своими святыми старцами обитель постепенно разорялась гонителями.
В 1919 году монастырь был официально закрыт, но монахи в нём ещё жили, считаясь работниками разных производств, которые были устроены на территории обители, и музея, директором которого был временно назначен отец Никон.
В 1922 году большая часть монахов была изгнана из монастыря, который поступил в особое ведение ОГПУ. Но игумен Никон там пока оставался, он даже продолжал принимать на исповедь народ, который всё ещё по старой памяти шёл в Оптину за советом и духовной поддержкой. В 1924 году богоборческие власти окончательно прекратили всякие остатки монашеской жизни в Оптиной пустыни, и отец Никон перебрался в находящийся неподалёку город Козельск. Там он служил в соборе, произносил замечательные проповеди, окормлял своих духовных чад. Но тучи большевистских гонений сгущались над жившими в Козельске монахами, и в конце 20-х годов почти все они были репрессированы.
В 1927 году отца Никона арестовали и по решению ОГПУ отправили на три года в Соловецкий концлагерь. По отбытии срока он не был отпущен, а без суда и следствия сослан в Северный край. Ещё на Соловках он заболел туберкулёзом, и в условиях северной ссылки болезнь стала стремительно развиваться. Положение ухудшалось ещё и тем, что хозяйка, у которой вынужден был поселиться отец Никон, была очень жестокой и заставляла больного монаха много и тяжело работать. Когда же он совсем ослабел, хозяйка просто выгнала его из дому. Отца Никона приютил знакомый ссыльный священник, но дни святого исповедника были уже сочтены. Перед кончиной он сподобился причащения Святых Христовых Тайн и мирно предал свою душу Господу.
Преподобноисповедник Никон писал много писем, которые спустя годы были опубликованы, и, как и дневник, который он вёл, являются прекрасным душеполезным чтением для христиан. Сохранились также записи некоторых его проповедей и воспоминания о нём духовных чад. Приведём здесь некоторые наставления отца Никона (заголовки — автора книги).
Надо терпеть не только постигающие скорби, но и себя терпеть надо...
Молитвенное правило пусть будет лучше небольшое, но исполняемое постоянно и внимательно... Пятисотницу лучше одной выполнять. Однообразие произносимых слов для проходящих молитву Иисусову очень важно.
На кощунствующих надо смотреть как на больных, от которых мы требуем, чтобы они не кашляли и не плевали...
Если нет возможности исполнить обет послушания, некому повиноваться, надо иметь готовность всё делать согласно воле Божией. Есть два вида послушания: внешнее и внутреннее. При внешнем послушании требуется полное повиновение, исполнение всякого дела без рассуждения. Внутреннее послушание относится к внутренней, духовной жизни и требует руководства духовного отца. Но совет духовного отца следует проверять Священным Писанием... Истинное послушание, приносящее душе великую пользу, это когда за послушание исполняешь то, что несогласно с твоим желанием, наперекор себе. Тогда Сам Господь берет тебя на Свои руки...
Врачей и лекарство создал Господь. Нельзя отвергать лечение.
При слабости сил и усталости сидеть в церкви можно: «Сыне, даждь Ми сердце твое». «Лучше сидя думать о Боге, чем стоя — о ногах», — сказал святитель Филарет Московский.
Не надо давать волю своим чувствам. Надо понуждать себя обходиться приветливо и с теми, которые не нравятся нам.