Будучи великим любителем и почитателем монашества и особенно старца Паисия (Величковского), он, как и митрополит Московский Платон (Левшин), обратил особенное внимание на Оптину пустынь и для большего преуспеяния в ней монашеской жизни решил устроить при обители скит во имя Предтечи и Крестителя Господня Иоанна. Для устройства скита он пригласил известных ему пустынножителей Рославльских лесов — Досифея, Моисея, Антония, Илария и других, которые и положили начало прославленному скиту при Оптиной пустыни.
Несколько лет спустя отец Моисей стал настоятелем Оптиной пустыни, а его брат Антоний начальником скита и, таким образом, духовная жизнь Оптиной пустыни сосредоточилась в руках опытных хранителей паисиевой традиции. В 1829 году к ним присоединился перешедший из Александро-Свирского монастыря ученик старца Феодора (Пользикова) иеромонах Леонид (в схиме Лев), и с его прибытием в Оптиной пустыни было положено начало оптинскому старчеству.
В дальнейшем епископу Филарету пришлось послужить ещё в нескольких епархиях. В бытность свою архиепископом в Казани он много и успешно потрудился, чтобы прекратилось отпадение от Церкви людей, недавно принявших православную веру. Успеху дела очень способствовали пример его благочестивой жизни и чудесные явления, происходившие по его молитвам. Кроме того, архиепископ Филарет обратил в православие более 5000 язычников и многих раскольников, проживавших в его епархии.
Сердце казанского архипастыря всегда было преисполнено милосердием ко всем нуждающимся без различия национальностей. В голодные годы архиепископ Филарет, раздав всё своё состояние, брал взаймы, но не прекращал помогать голодающим. Оказывая помощь от себя, он располагал к этому и богатых жителей Казани. Во время эпидемии холеры архиепископ Филарет ежедневно сам совершал Божественную литургию в течение 40 дней.
В 1836 году архиепископ Филарет был назначен митрополитом Киевским и Галицким. 20 лет продолжалось его служение на Киевской кафедре. В это время с новой силой раскрылись замечательные черты владыки как доброго пастыря и мудрого наставника, заботливого воспитателя молодёжи, отзывчивого помощника бедным и сиротам и усердного молитвенника за всех. При точном и ревностном исполнении обязанностей, возлагаемых званием и долгом общественного служения, высокопреосвященный Филарет с особой строгостью исполнял все уставы и правила иноческого жития. Но, во всём строгий к себе, он в отношении к другим был весьма снисходителен и милостив и прибегал к мерам строгости только в исключительных случаях.
Стремясь к уединению, он летом большую часть времени проводил в Голосеевской пустыни, которая находилась недалеко от Киева. Здесь владыка на свои средства построил каменную церковь, а в остальном вёл себя, как самый простой инок.
С раннего детства митрополит Филарет сохранил великую нестяжательность, привык довольствоваться малым, и так продолжалось всю его жизнь. Он не делал сбережений, а всё, что имел, раздавал неимущим, сам иногда оставаясь без копейки. Так было во время посвящения его во епископа, когда он, получив назначение на епархию, не мог выехать из-за неимения средств и вынужден был занять деньги на дорогу у своего студента. Нищие были постоянными посетителями его дома, так что даже келейники смущались этим перед знатными лицами, посещавшими митрополита, а он совсем не смущался.
До самых последних дней своей жизни Киевский архипастырь был неутомим, как в трудах святительского служения, так и в подвигах иноческой жизни и — укрепляемый помощью свыше — переносил эти труды и подвиги с удивительной бодростью.
С 1855 года, после тяжёлой болезни митрополит Филарет стал часто подвергаться различным недугам, которые встречал как предвестники близкой кончины, но переносил их с терпением и благодушием, радуясь приближению вечности. Он часто говорил: «Я вижу, Господь скоро позовёт меня к Себе».
Такая уверенность архипастыря не обманула его. 1857 год он встретил на одре болезни. Она по временам отпускала его, но ненадолго. “Храмина тела моего разрушается”, — говорил он. Последнюю литургию митрополит совершил 6 декабря 1857 года. С этого времени он уже никуда не выходил из своих покоев, каждый день молился за Божественной литургией у себя в домовой церкви и причащался Святых Христовых Таин.
До самой кончины сознание не оставляло митрополита. И он, хотя и чувствовал себя очень плохо, приказал пускать к нему всех приходящих без исключения, продолжал интересоваться делами и общественной жизнью, давал советы и указания. 21 декабря 1857 года (по старому стилю) митрополит Филарет Киевский преставился к жизни вечной.