В 1933 году иеромонах Севастиан был арестован по ложному обвинению. Мучители выставили его на всю ночь на мороз в одной рясе, требуя отречения от веры. Но по милости Божией отец Севастиан не замёрз, а утром следователь сказал ему: «Коль ты не отрёкся от Христа, так иди в тюрьму».
На допросах отец Севастиан держался мужественно и прямо. Он никого не выдал, но и своих взглядов не пытался скрывать, он прямо заявил следователю: «На все мероприятия советской власти я смотрю как на гнев Божий, и эта власть есть наказание для людей. Нужно молиться, молиться Богу, а также жить в любви, тогда только мы от этого избавимся».
Отцу Севастиану дали семь лет лагеря. Там сотрудники ОГПУ его снова били и истязали, требуя отречения от Бога. Видя стойкость исповедника, его отправили в барак к уголовникам, надеясь, что закоренелые преступники сломят дух отца Севастиана. Но Господь и там сохранил его. В 1939 году отец Севастиан, отбыв срок, был освобождён из лагеря.
Он поселился неподалёку от места своего заключения в городе Караганде, в Казахстане, куда заранее приехали несколько его духовных дочерей, монахинь, и поселился в купленном ими доме. Кончилось исповедническое бытие в узах, началось монашеское житие на воле.
Члены этой иноческой общины вставали рано утром, вместе молились, затем сёстры шли на работу, а отец Севастиан по слабости здоровья оставался дома: приносил воду, варил обед, чинил и чистил обувь. Когда обстоятельства позволяли, он служил литургию, а все другие уставные богослужения отец Севастиан совершал ежедневно.
Среди духовных чад батюшки были по большей части люди, пережившие тяжкие страдания от коммунистической власти. Сохранились воспоминания некоторых из них.
Мария Васильевна Андриевская вспоминала, как её семью вместе со многими другими невинно высланными привезли из Саратовской области в Казахстан в вагонах для скота. Их выгрузили под дождём на голую землю посреди степи, а через двое суток отвезли на место жительства, где ничего не было, кроме охраны, которая не давала несчастным людям куда-нибудь уйти.
Среди них были и взрослые, и маленькие дети, и старики. Из восемнадцати тысяч высланных за полгода умерло тринадцать тысяч. Отец и дедушка Марии Васильевны умерли, ей самой было пять лет, мать осталась с шестью детьми и слепой бабушкой. Чтобы как-то выжить, мать и дети собирали милостыню, но воровать мать запрещала: «Нет, дочка, чужим никогда не наешься. Ты лучше пойди ручку протяни».
Перенеся ещё много горя, оставшиеся в живых члены этой семьи познакомились со старцем Севастианом, по его благословению перебрались в Караганду и, по словам Марии Васильевны, «уже как в раю стали жить. За год по его благословению дом поставили. И уже всегда при батюшке были, все скорби свои ему несли».
Василий Иванович Самарцев рассказывал о своей большой семье, которую разорила советская власть. Отца в 1931 году посадили в тюрьму, а мать с шестью детьми выслали из Оренбургской области в Казахстан. Старшему мальчику было одиннадцать лет, а младший был грудным ребёнком.
Их высадили в открытую степь, для жилья они сами себе вырыли яму и накрыли её сломанным сундуком. Но это было в мае. К зиме люди, непосильно трудясь, смогли построить бараки для жилья, но в них было так холодно, тесно и голодно, что ссыльные умирали один за другим. Через два года таких мучений из двадцати пяти тысяч людей, привезённых в этот «посёлок», выжило только пять тысяч.
Незадолго до начала Великой Отечественной войны Василий Иванович узнал о старце Севастиане, что он освободился и живёт в Караганде. Василий Иванович вспоминал: «Я очень хотел встретить его в городе, и я его встретил, подошёл к нему и заговорил. И сколько мне было радости, когда он повёл меня в свой дом на Нижнюю улицу. С тех пор завязалось наше знакомство».
И таких страшных историй было множество. В каждом посёлке спецпереселенцев ежедневно умирало по несколько десятков, а иногда и сотен человек. Зарывали их, умерших от голода и болезней, без отпевания. На могилах не было ни холмиков, ни крестов. Старец Севастиан, придя на одно такое кладбище, как-то раз сказал: «Здесь день и ночь на этих общих могилах мучеников горят свечи от земли до неба».
В 1944 году в доме, где жил отец Севастиан вместе со своими духовными дочерями, монахинями, была устроена небольшая церковь. Тогда из многих областей в Караганду стали съезжаться духовные дети старца, ища пастырского наставления. С годами община верующих обжилась, даже получила официальную регистрацию и смогла перестроить свой молитвенный дом в небольшой, но настоящий храм.