В университете преподавали молодые профессора, которых, при всей разности их взглядов, объединяла забота о будущем России, глубокий интерес к народной культуре; по словам Герцена, они принесли с собою "горячую веру в науку и людей... и кафедры для них были святыми налоями, с которых они были призваны благовестить истину". "Они, — писал Герцен, — сильно двинули вперед Московский университет, история их не забудет"[4].
Несомненно, большое влияние на направленность интересов А. Н. Афанасьева оказали лекции Ф. И. Буслаева — выдающегося филолога-русиста, фольклориста и историка искусства, тогда молодого преподавателя Московского университета. "Его филологическое образование, — писал А. Н. Афанасьев, — основанное на результатах знаменитых немецких умов, весьма прочно..."
Неудивительно, что в такой творческой атмосфере уже в годы учебы в университете у А. Н. Афанасьева проявился интерес к научной деятельности.
В 1847 году в журнале "Современник" он опубликовал две работы: "Государственное хозяйство при Петре Великом" (№ 6 и 7) и "Псковская судная грамота" — неподписанная рецензия (№ 12). В 1848 году — статью "О вотчинах и поместьях" ("Отечественные записки", № 6 и 7) и рецензию (без подписи) на книгу "История финансовых учреждений гр. Толстова" ("Современник", № 4).
Итак, два крупнейших журнала России начали печатать работы молодого автора. Казалось, что перед А. Н. Афанасьевым — талантливым молодым исследователем — будет открыта широкая дорога научной деятельности. Но судьба его оказалась такой же, как и многих талантливых людей царской России. Сложности возникли сразу после окончания университета. Это был 1848 год. Царское правительство, напуганное французской революцией, усилило репрессии. "Положение наше, — писал Грановский А. И. Герцену в 1850 году, — становится нестерпимее день ото дня. Всякое движение на Западе отзывается у нас стеснительной мерой. Доносы идут тысячами... Университеты предполагалось закрыть... Дворянский институт закрыт, многим заведениям грозит та же участь, например, лицею. Деспотизм громко говорит, что он не может ужиться с просвещением"[5].
В сентябре 1848 года в Москву приехал министр народного просвещения граф Уваров осматривать университет. Он слушал лекции профессоров и после каждой лекции, вспоминал Афанасьев, "входил в рассуждения с профессором об ее предмете в частности и о предмете всей науки вообще, о современном ее состоянии и главных деятелях и, наконец, о духе, в каком она должна быть преподаваема". Министр слушал также самых способных студентов и кандидатов (лиц, окончивших университет): они должны были выступить перед ним с сообщениями на избранные ими темы.
Прочитал лекцию и кандидат А. Н. Афанасьев на тему "Краткий очерк общественной жизни русских в три последних столетия допетровского периода". Судя по записи в дневнике Афанасьева, это были размышления о роли самодержания в установлении и развитии крепостного права. Впоследствии он вспоминал: "Лекция эта вызвала несколько замечаний со стороны министра, о которыми, однако, я не догадался сейчас же согласиться. Шевырев с братиею нашли в ней то, чего в ней не было и быть не могло. Весьма благодарен, что печатно отозвался он о моей лекции с равнодушным хладнокровием, а в непечатных отзывах, по слухам, куда недоставало этого хладнокровия".
М. П. Погодин в редактируемом им "Москвитянине" писал о лекции Александра Николаевича: "Афанасьев явился полным представителем нотах, как говорят, воззрений на русскую историю. "Москвитянин" имеет мнение о ней почти противоположное, известное читателям, а поэтому удерживается говорить о чтении, как судья, может быть, пристрастный". Эти ионии воззрения принадлежали историкам К. Д. Кавелину и С. М. Соловьеву.
Год и два месяца после чтения лекции А. Н. Афанасьев не мог устроиться на службу, испытывая большие материальные трудности. В это время большое участие и его судьбе принимал К. Д. Кавелин, который ужо работал в Петербурге. "Расскажите всю подноготную ваших финансовых дел, — писал он Афанасьеву, — может быть, вместе что-нибудь выдумаем. Не теряйте, главное, присутствия духа и не хандрите. Это величайшая беда. Вы имеете знания; ваши работы положительно хороши... Будьте же откровенны, пишите все, ваша участь меня сильно занимает и лежит близко к сердцу". Однако направленность интересов молодого ученого была ему чужда.