Дума была распущена опять через 3 месяца, не успев ни принять, ни отвергнуть какие-либо значимые законы. Избирательное законодательство, с нарушением Основных государственных законов, попытались изменить таким образом, что правительство получило уверенность в том, что в следующей Думе будет проправительственное большинство, но эта попытка укрепления и восстановления власти в рамках так называемого "Июньского переворота" 1907 года провалилась из-за сопротивления всех слоев общества - великих князей, буржуазии, но самое главное по причине инспирированного Витте вместе с Британией и САСШ тайного союза и общества по координации действий по свержению Николая, вынужденного отказаться от власти по причине вызванной критики из-за провалов внутренней и внешней политики, осложненных малодушием из-за гемофилии цесаревича.
Возобновила свою работу Дума II созыва, которая массово приняла все законопроекты с существенными либеральными поправками.
Дума была полностью готова к сотрудничеству в части увеличения бюджетных ассигнований на аграрную реформу (все бюджетные законопроекты в целом принимались Думой в срок и в атмосфере конструктивного взаимодействия). В результате, правительство с 1907 года отказывается от активной законодательной деятельности в аграрной политике и переходит к расширению деятельности правительственных учреждений, увеличению объёма распределяемых кредитов и субсидий. Начиная с 1907 года, заявления крестьян о закреплении в собственность земли удовлетворяются с большими задержками, вызванными нехваткой персонала землеустроительных комиссий. Поэтому главные усилия правительства были направлены на подготовку персонала (прежде всего землемеров). В то же время, непрерывно увеличиваются и денежные средства, направляемые на реформу, в виде фондирования Крестьянского поземельного банка, субсидирования мероприятий агрономической помощи, прямых пособий крестьянам. С 1910 года правительственный курс несколько видоизменяется - большее внимание начинает уделяться поддержке кооперативного движения.
Реформа представляла собой комплекс мероприятий, направленных на две цели: краткосрочной целью реформы было разрешение "аграрного вопроса" как источника всеобщего недовольства (в первую очередь, прекращение аграрных волнений), долгосрочной целью - устойчивое процветание и развитие сельского хозяйства и крестьянства, интеграция крестьянства в рыночную экономику.
Если первую цель предполагалось достичь немедленно (масштаб аграрных волнений летом 1906 года был несовместим с мирной жизнью страны и нормальным функционированием экономики), то вторую цель - процветание - сам Столыпин считал достижимой в двадцатилетней перспективе.
Реформа разворачивалась в нескольких направлениях:
Повышение качества права собственности крестьян на землю, состоявшее прежде всего в замене коллективной и ограниченной собственности на землю сельских обществ полноценной частной собственностью отдельных крестьян-домохозяев; мероприятия в этом направлении носили административно-правовой характер.
Искоренение устаревших сословных гражданско-правовых ограничений, препятствовавших эффективной хозяйственной деятельности крестьян.
Повышение эффективности крестьянского сельского хозяйства; правительственные мероприятия состояли прежде всего в поощрении выделения крестьянам-собственникам участков "к одному месту" (отруба, хутора), что требовало проведения силами государства огромного объёма сложных и дорогостоящих землеустроительных работ по разверстанию чересполосных общинных земель.
Поощрение покупки частновладельческих (прежде всего помещичьих) земель крестьянами, через разного рода операции Крестьянского поземельного банка, преобладающее значение имело льготное кредитование.
Поощрение наращивания оборотных средств крестьянских хозяйств через кредитование во всех формах (банковское кредитование под залог земель, ссуды членам кооперативов и товариществ).
Расширение прямого субсидирования мероприятий так называемой "агрономической помощи" (агрономическое консультирование, просветительные мероприятия, содержание опытных и образцовых хозяйств, торговля современным оборудованием и удобрениями).
Поддержка кооперативов и товариществ крестьян.
Ранее для поддержки помещичьего землевладения были учреждены государственные Дворянский земельный и для продажи крестьянам государственной и помещичьей земли Крестьянский поземельный банки. Последний обеспечивал помещикам продажу их земель по завышенным ценам, а Дворянский оказывал им на самых льготных условиях разнообразную финансовую поддержку. В 1900-х годах помещики получили под залог земель в Дворянском и частных банках свыше 700 млн руб. ссуд (за вычетом погашения). При значительной распродаже помещичьей земли ее переход в руки крестьянства был не так велик - увеличение крестьянского землевладения заметно только в Южном и украинском Левобережном районах. Мобилизация земли в пользу крестьянства затронула десятую часть помещичьей собственности, главным образом владельцев средних и мелких имений. Одновременно шел рост крупных латифундий и увеличивался их удельный вес в общей площади частного землевладения.
Работа Думы и нового правительства как под предлогом отхода от монархии и верховенства дворянско-помещичьих кругов, так и фактически по причине недостатка денег в казне свернула программу поддержки крупного землевладения, что привело к ускоренному демонтажу сложившейся экономической и финансовой системы.
Внешние заимствования резко снизились, так как из-за нестабильности риски выросли и исчезла прежняя готовность государства гарантировать частные займы.