По его приказанию, в нарушение всех уставов, была создана сеть аэродромов в непосредственной близости к передовым позициям. В случае необходимости, а она бывала очень часто, навстречу врагу одновременно с разных мест поднималось множество боевых машин. Свой командный пункт Смушкевич расположил на горе, в километре от линии фронта. Но он редко на нем бывал. Его видели на всех аэродромах, он встречался с летчиками, проводил разборы воздушных схваток.
В решающие дни боев, в августе, Смушкевич готовил сокрушительный авиационный удар по противнику. В назначенный для вылета утренний час небо над аэродромом было плотно окутано туманом. И все же Смушкевич дал команду вылетать. Воздушная армада устремилась к линии фронта. Бомбардировщики с малой высоты бомбили японские окопы и военные склады, а истребители подавляли огневые точки неприятеля. Налет следовал за налетом. Земля содрогалась от взрывов. Японские самолеты не в силах были оказать сопротивление. Захватчики несли большие потери. А мы не потеряли в этот день ни одной машины.
Враг был разбит физически, надо было его добить морально. Смушкевич приказал звену истребителей выполнять фигуры высшего пилотажа над вражескими окопами.
Среди захваченных советско-монгольскими войсками трофеев был дневник японского офицера. Вот что он писал:
«Красная авиация не давала нам покоя. Ни минуты но проходило без того, чтобы над нами не кружили красные самолеты. Мало того, что красная авиация постоянно висела у нас над головой, отдельные самолеты, а однажды и целое звено, — проделывали фигуры высшего пилотажа над нашими окопами — как раз в то время, когда бои еще продолжались, и это было очень страшно…»
Героев Халхин-Гола торжественно встречали в Москве. Когда из флагманского самолета вышел Смушкевнч, его жена заплакала. Яков Владимирович сильно хромал, одна нога у него была забинтована и к ней привязан сандалий.
— Что случилось? Ты ранен?
— Нет, меня москиты искусали, и я расчесал ногу… Сейчас нам надо в Кремль, вот вернусь, все покажу…
Смушкевич приехал домой за полночь. На ноге была открытая рапа с нагноением, нога распухла. Несмотря на поздний час, жена тут же позвонила профессору. Договорились, что тот приедет утром.
В шесть утра Яков Владимирович сказал Васе Соломоновне:
— Ну, жена, готовь чемодан. Сейчас улетаю.
Жена запротестовала:
— Никаких чемоданов! Куда ты поедешь с такой ногой? Через два часа будет профессор!
Смушкевич лихо повернулся на каблуках, отдал честь и ушел из дома без чемодана.
Ровно в восемь пришел профессор Фридланд, но больного не застал. Тот был уже далеко. В секретариате наркома Басе Соломоновне сказали, что ее муж улетел участвовать в освободительном походе в Западную Украину и Западную Белоруссию.
Жена и профессор полетели вдогонку. Они догнали Смушкевича. Профессор смотрел на ногу и качал головой.
— Если бы я прилетел к вам на два дня позже, — сказал он, — вам пришлось бы проститься с ногой… Без костылей ни шагу… И вообще — беспрекословно повиноваться врачу…
В ноябре 1939 года за личное мужество, проявленное в боях у Халхин-Гола, Яков Смушкевич был вторично награжден званием Героя Советского Союза. По положению должен был быть сооружен бронзовый бюст, дважды Героя на его родине. Но негде было тогда его ставить. После восстановления Советской власти в Литве генерал-лейтенанту Смушкевичу удалось на несколько дней прилететь в Ракишкис, где он не был двадцать два года. Трудно рассказать о радости старого портного и его жены, к которым прилетел сын. Оказывается, старик Смушкевич узнавал о том, что происходит с его сыном, в местной полиции. Его не раз таскали в участок, и полицейские чиновники издевались над стариком, показывая ему советскую газету: «Думаешь, твой сын Герой, так мы с тобой цацкаться будем!» Потом давали тумака и выгоняли из участка. Так он узнал о том, что Яша стал кандидатом в члены Центрального Комитета партии, дважды Героем, а затем — генерал-лейтенантом.
За несколько недель до начала войны с белофиннами Смушкевич был назначен командующим Военно-Воздушных Сил РККА.
Он вылетел в Петрозаводск и оттуда руководил боевыми действиями авиационных частей, громивших линию Маннергейма.
Ему становилось все хуже, и врачи настояли на том, чтобы он переехал в Москву. Смушкевич даже домой не заехал. Он поселился в штабе и продолжал, хоть и на расстоянии, командовать авиацией на белофинском фронте. Он работал лежа.