Отец, Сын и Святый Дух, Троица Святая и Преестественная, Божественная и обожающая всякое разумное бытие, неустанно и с любовью ищущее Ее и взирающее на Нее.
К этой Преестественной Троице и в настоящее знаменательное для меня время, с верою и любовию, горе обращаю я свой духовный взор. От Нее жду я помощи, утешения, ободрения, укрепления и вразумления на предстоящее мне высокое и многотрудное служение. Глубоко верю, что как некогда на апостолов сошел в виде огненных языков Святый Дух, от Отца чрез Сына исходящий, и на них невидимо почил и претворил их немощь в силу, так точно снизойдет Он и на мое ничтожество и укрепит мою немощь.
Усердно и смиренно прошу вас, богомудрые архипастыри, в предстоящий знаменательный для меня день совершения надо мною в храме Святой Троицы великого тайнодействия епископского рукоположения, вместе со всем сонмом молящихся верных чад Церкви Божией вознесите и вы обо мне священную молитву ко Пресвятой Троице, да преизобильно облечет Она меня всеми дарованиями, потребными для нового служения: да отверзет ум к разумению Божественных Таин, да укрепит волю к совершению дел Божиих, да воспламенит сердце мое огнем всеоживляющей Любви Божественной, столь необходимой пастырю душ человеческих в этой многострадальной жизни человеческой! И да будет все мое служение и вся моя жизнь во славу Триединого Господа, Которому Единому подобает всякая честь и поклонение во веки веков! Аминь» («Прибавление к Церковным ведомостям Святейшего Правительственного Синода», № 9 за 1909 год).
После этой хиротонии новопосвященный епископ Феофан получил из Кабинета Его Величества подарок от Государя Императора Николая II Александровича, Государыни Императрицы Александры Феодоровны и всея Августейшей Семьи – панагию, такую же, какую носил и Преосвященный Феофан, Затворник Вышенский, – с изображением Нерукотворенного Образа Христа Спасителя.
Епископ Феофан с великой кротостью и терпением, с духовным мужеством и непреклонной архиерейской твердостью нес возложенное на него Святой Церковью послушание, и не только в академии, но и до последнего дня своей многострадальной жизни.Искушения. «Диспут» с В.В. Розановым
Почти двадцать лет, с 1891 по 1910 год, владыка Феофан провел в стенах Санкт-Петербургской Духовной академии. Вначале юным студентом, потом магистрантом Совета академии и одновременно доцентом. Затем магистром и экстраординарным профессором, исполняющим должность инспектора. И наконец, как инспектор (с 1905-го), а с 1909 года – как ректор Санкт-Петербургской Духовной академии.
Владыка подвизался на трех поприщах: научно-академическом, пастырско-священническом и монашеско-аскетическом. У него был редкий дар совмещать духовное и душевное без ущерба одного другому. Господь вел избранника Своего путем искушений, и искушений немалых. В те годы общество было заражено настроениями «передовыми», революционными. Многие возжелали «лучшего будущего» на грешной земле, забывая о действительно лучшем мире, об Отечестве Небесном. В известной мере эти настроения коснулись и околоцерковных кругов. Это поветрие проникло и в духовные учебные заведения. Не соглашаться и возмущаться стало признаком хорошего тона. В академиях появились носители либеральных идей как среди профессоров, так и среди студентов. Лозунг «свободы» антихристовой стал гордым знаменем многих. И молодому инспектору высшей духовной школы приходилось свидетельствовать пред непонимающими, что Царство Христово – не от мира сего (Ин. 18, 36). По своему положению он был главенствующим в академическом Совете, хотя и моложе всех профессоров: большинство из них знали его еще студентом. Речи в Совете были неспокойны. Многие требовали, обвиняли и оскорбляли. Молодому инспектору приходилось мирить, успокаивать. Но сильно было тогда поветрие обновления, все бушевало и бурлило. Были нападки не только друг на друга, но и на самого Владыку. Он вынужден был отвечать на «острые вопросы», но сохранял неизменно монашеское спокойствие, благовествуя мир (см.: Еф. 6, 15).
Конфликт с частью профессуры, подпавшей под влияние Запада, произошел в связи со специальными задачами, стоявшими перед Санкт-Петербургской Духовной академией. Эти специальные задачи вытекали из исторических и географических условий.
Так, Казанской Духовной академии вменялась в обязанность защита от ислама, буддизма и прочих восточных религий, с которыми Россия соприкасалась на восточных границах Империи.
Киевской Духовной академии ставилась задача защиты от католицизма и униатства.