Из Вологды Иоанн перебрался в Устюг. Там он приобщился к книжному чтению, которое поначалу давалось ему нелегко. «Учашеся зело медленно, яко един букварь учаше лето и месяцев шесть». Затем он оказался в Никольском, пригородном селе Юрьевца Повольского, и женился здесь на дочери местного священника. Живя в Никольском и будучи церковным чтецом, Неронов неоднократно наблюдал «развращенное житие» здешнего духовенства. Обличаемые им попы написали на него ложный донос самому патриарху Филарету, так что молодому чтецу пришлось тайно, ночью бежать в Троице-Сергиев монастырь, где Неронов нашел покровителя в лице просвещенного архимандрита монастыря Дионисия Зобниновского, много заботившегося о его просвещении. Когда обнаружилось, что донос на Неронова является откровенной клеветой, то по просьбе Дионисия патриарх рукоположил Иоанна сначала в дьяконы, а через год – в иереи.
Молодой боголюбец, поставленный в священники, возвращается в село Никольское, но здесь его ожидают лишь новые распри с местным духовенством. Тогда он уезжает в нижегородскую деревню Лысково, учиться у пользовавшегося в то время широкой известностью священника Анании, который «зело искусен бе в Божественном писании», а затем переселяется в Нижний Новгород. Здесь, облюбовав ветхую, много лет пустовавшую церковь Воскресения Христова, Иоанн Неронов становится при ней священником. На новом месте он продолжает свою горячую проповедь благочестия среди клира и мирян. Именно Неронову принадлежит заслуга возрождения личной проповеди, которой уже несколько столетий не знало русское православие. При нем всегда была книга Маргарит – собрание проповедей святого Иоанна Златоуста, по которой отец Иоанн Неронов учил русских людей, «на стогнах града и на торжищах… возвещая всем путь спасения». «Егда прочитавше народу святые книги, тогда бываху от очию его слезы, яко струя, и едва в хлипании своем проглаголываше слово Божественного писания, сказоваше же всякую речь с толкованием, дабы разумно было всем христианом».
Всей своей жизнью Неронов, невзирая на «дух времени», пытался следовать христианским заповедям. Он открывал школы, богадельни, смело вмешивался в дела светских властей как в провинции, так впоследствии и в столице. даже попадал В 1632 г. он даже попал на два года в ссылку в Никольский Корельский монастырь за неодобрительные слова о царском походе на поляков. После своего освобождения Неронов возвращается в Нижний Новгород, а затем поселяется в Москве, где по ходатайству царского духовника Стефана Внифантьева становится в 1645 г. протопопом Казанского собора на Красной площади. Это был его «звездный час». Послушать Неронова приходила вся Москва во главе с самим царем и царицей. Стены Казанского собора не могли вместить всех желающих послушать его проповеди, так что порой приходилось писать текст проповедей на специальных досках, размещавшихся на стенах собора.
В 1646 г. к кружку боголюбцев присоединяется Никон (в миру Никита Минов), тогда еще безвестный игумен северной Кожеозерской пустыни. Никон сумел уловить сокровенные мысли, занимавшие царя Алексея Михайловича и его ближайшее окружение, и вскоре сделал головокружительную карьеру. Представленный молодому царю, он произвел на него столь благоприятное впечатление, что тут же получил сан архимандрита московского Новоспасского монастыря – родового монастыря Романовых. В 1649 г. Никон уже был рукоположен в митрополиты Новгородские – на место еще живого митрополита Авфония.
Добившись архиерейской власти, Никон принялся за введение новшеств в доверенной ему Новгородской земле. Он единолично вершил суд и расправу на Софийском дворе, а вскоре по царскому повелению начал рассматривать и уголовные дела, причем жестоко расправлялся с новгородцами, пробовавшими жаловаться на него царю. Вместо древнего унисонного (одноголосного) пения Никон завел в Новгороде партесное – по западному образцу. Впоследствии Никон перенес это пение и в Москву, выписав польских певцов, певших «согласием органным», а для своего хора взял композиции знаменитого в свое время директора капеллы рорантистов в Кракове – Мартина Мильчевского. Характерно, что предпочтение, отданное послами князя Владимира православию («выбор веры»), летописцы связывали с эстетическим впечатлением от «ангелоподобного» древневизантийского пения. Никоновскую «псевдоморфозу» православия также предваряет увлечение пением, только уже пением западным, католическим. «И законы и уставы у них латинские, руками машут и главами кивают и ногами топочут, как де обыкли у латинников по органом», – скажет впоследствии протопоп Аввакум.