Время пребывания протопопа Аввакума в Москве можно считать самой горячей порой его проповеднической деятельности. Пользуясь в это время большой свободой, он действовал и устным словом, и писаниями. Аввакум не мог молчать. Он снова пишет проповеди и послания, обличая «мерзость никоновских исправлений», призывая твердо стоять за древлее благочестие. Самому царю он подает особую челобитную, в которой высказывает свой взгляд на положение церковных дел того времени. «Эта челобитная показала государю, что Аввакум крепкий, убежденный сторонник русской церковной старины, и что он добивается собственно полной отмены произведенной церковной реформы и всецелого возвращения к старым церковным порядкам, при которых „никоновы затейки“ не имели бы места»[37]. Попытка царя Алексея Михайловича примирить Аввакума хотя бы с частью никоновских реформ потерпела поражение.
Царь и бояре были сильно смущены огнепальной ревностью Аввакума. «Не любо им стало, – замечает он, – как опять я стал говорить. Любо им, как молчу, да мне так не сошлось». Успех проповеди Аввакума в московском обществе привел духовные власти в самую настоящую ярость. Они решили принять меры против него и попросили государя о его высылке, так как он «церкви запустошил». 29 августа 1664 г. Аввакум был отправлен в ссылку в далекий Пустозерск, но благодаря заступничеству московских друзей так до этого острога и не доехал, а более года прожил с семьей на Мезени.
В 1666 г. Аввакума привозят в Москву для большого соборного суда и помещают в Боровском Пафнутьевом монастыре. «И привезше к Москве, козновав и стязався со мною у крутицкого митрополита Павла, отвезли в Пафнутьев монастырь и посадили на цепь». Здесь многострадальный протопоп пробыл девять с половиной недель. Чтобы склонить его к новой вере, в Боровск прислали ярославского дьякона Косму с подьячим патриаршего престола. Однако вместо того, чтобы «вразумлять» Аввакума, Косма всячески поддерживал его, ободряя следующими словами: «Не отступай ты старого того благочестия! Велик ты будешь у Христа человек, как до конца потерпишь!»
Из Боровска Аввакум был возвращен в Москву для соборного суда. На этот раз для придания собору большей помпы к участию в нем были привлечены восточные «вселенские патриархи» Паисий Александрийский и Макарий Антиохийский. Как выяснилось позже, это были сверженные со своих престолов авантюристы, только впоследствии занявшие патриаршие престолы благодаря вмешательству русского правительства и с помощью турецких властей. На соборе Аввакум не покорился, обратясь к восточным «патриархам» с такой речью: «Вселенские учители, Рим давно пал. Ляхи с ним же погибли. И у вас православие пестро стало от насилия турскаго Махмета. На Руси же до Никона было православие чисто и непорочно и церковь не мятежна».
13 мая 1666 г. в Успенском соборе Кремля Аввакум был расстрижен и проклят вместе со своим сподвижником диаконом Феодором. Его друзьям священнику Лазарю и иноку Епифанию были отрезаны языки. После суда Аввакума привезли в Никольский Угрешский монастырь и поместили под церковью в отдельную «палатку студеную над ледником». Здесь в праздник Вознесения Господня ему было видение: в полночь, во время чтения наизусть утреннего Евангелия, явились ему Богородица и Христос с «силами многими». И Христос сказал, укрепляя страдальца: «Не бойся, Аз есмь с тобою!».
5 сентября 1666 г. Аввакум снова был доставлен в Боровский Пафнутьев монастырь, а в следующем году его уже отправили в Пустозерск, у Полярного круга, где вскоре по прибытии заключили в «земляную тюрьму» – сруб, закопанный в земле. Жена Аввакума и двое его сыновей также были посажены на Мезени в яму.