В скором времени отец почувствовать приближение смерти и поручил сына попечению мельника, который был свидетелем, его спасения в мельничном водовороте.
Так как слух о странной участи мальчика распространился по окрестности, и им много занимались, то один зажиточный человек просил мельника отдать ему Фому на воспитание, обещаясь его усыновить и сделать своим наследником.
Но не исполнилось мальчику и трех лет, как этот человек скончался, а его вдова, получив все его имущество, уговорила местного священника взять к себе Фому на воспитание. У этого священника Фома прожил до семи лет.
Ребенок не выказывал склонности к обычным детским играм и навлекал на себя тем побои и насмешки товарищей. Тогда он уходил с воплем и слезами в лес. Дня через два его находили там пастухи и рассказывали о нем чудные вещи.
Мальчик очень любил церковную службу. Он не пропускал ни одного богослужения и бежал в церковь при первом ударе колокола. Часто заставали его у храма пред запертыми дверями, погруженного в молитву, далекого от всего, что его окружало.
Зная на горьком опыте, что такое сиротство и гонения, он рано стал помогать бедным от своей собственной нищеты. Он лишал себя для того необходимого и раз, увидав мальчика в лохмотьях, снял с себя рубашку и отдал ему, а сам вернулся домой в одном верхнем платье. Но за это воспитатель его строго наказал.
С семилетнего возраста священник стал обучать его грамоте, как вскоре умер. Горько оплакивал его несчастный мальчик. Нужно было, однако, где-нибудь приютиться. Церковный староста решился отвести мальчика к его матери, надеясь, что время смягчило ее прежнюю ненависть.
Но как только яростная женщина завидела сына (она в то время колола лучину) как бросила в него топором, и рассекла ему правое плечо.
Староста бросился скорее бежать из этого дома, уводя с собою и ребенка. Дома он перевязал ему раны и оставил при себе, пока его не залечили.
Разузнав, что в Киеве в Братском монастыре живет дядя Фомы, вдовый священник, староста отвез к нему Фому, сдал его на руки этому монаху и пересказал ему все грустные в трудные обстоятельства его жизни. Здесь и стал жить Фома. При Братском монастыре находится Киевская духовная Академия, и в принадлежащей ей школе Фома обучался.
Безумная мать, наконец, смягчилась. Она заболела неисцелимою болезнью и со слезами раскаивалась в своих поступках с сыном. Особенно подействовал на нее сон, в котором она видела себя пред страшным судом Божиим, а сына кротко молящимся за нее. И сын имел отраду быть при кончине матери, слышал от нее просьбу простить ее и молиться за нее и получил от нее благословение.
Учился Фома прилежно. Но наука не удовлетворяла запросов его души. Он жаждал тех высших духовных познаний, которые открываются чистым сердцам чрез озарение от Бога. Выше училища он ставил для себя храм, и здесь, среди чтения и пения, он уходил в думы о Боге и в глубочайшую сосредоточенную молитву. Желание иночества охватывало его, и он твердо решил стать монахом.
Недолго жил дядя и, умерев, оставил мальчика без всяких средств и пристанища. Продолжать учиться было невозможно, и Фома определился послушником в Братский монастырь. Здесь он бил последовательно определен к послушаниям на хлебне, на кухне, звонарем и пономарем. Углубленный в молитву, кроткий, смиренный и целомудренный Фома жаждал отречься совсем от мира и произнести монашеские обеты. 11 декабря 1821 г., 33 лет от роду, он был пострижен с именем Феофила. Чрез год рукоположен в иеродиаконы. Не имея никакой собственности, Феофил все же исполнял великую заповедь милосердия. Он принимал на себя труды, назначенные другим, исполнял послушания низшей братии, служил богомольцам, приходившим в лавру, оставался по два и по три дня без пищи, чтобы отдать свою долю нуждавшимся.
В 1827 г., рукоположенный во иеромонаха, о. Феофил назначен монастырским экономом, но он просил уволить его от этой обязанности и позволить ему удалиться в пещеры, ископанная в с. Лесниках преп. Феодосием Киево-Печерским. Но ему в том отказали, и тогда Феофил принял на себя тяжкий подвиг юродства. В 1834 г. он был пострижен в схиму с удержанием имени Феофила.
Далекий от житейской суеты, пренебрегая правилами житейского быта, Феофил удалялся от людей и редко с кем разговаривал. Спокойный, задумчивый, всегда с потупленными глазами он ходил только из кельи в церковь, не пропуская ни одного богослужения.