Утром 6 сентября осадная артиллерия японцев начала мощную бомбардировку восточного фронта, но русские не клюнули на эту удочку и не передвинули из резерва ни одного солдата. Поиски разведчиков все-таки принесли свои плоды. Сопоставляя их данные о передвижении японских войск с расположением воздвигаемых инженерных сооружений, Кондратенко без труда понял, что Ноги будет атаковать в центре и на западе. Договорившись с Белым, что тот возьмет на себя контрбатарейную борьбу на восточном фронте, сам Роман Исидорович с Науменко отправился на форт № 3. В том, что его предположение подтвердилось, Кондратенко убедился, едва прибыл на командный пункт коменданта форта. Не успел он выслушать доклад, как началась отчаянная канонада. Был полдень. По редутам стреляло одновременно до 40 осадных и около 50 горных пушек. Под прикрытием артиллерийского огня японцы подтянули горные орудия почти к самому Водопроводному редуту и с расстояния в сто шагов начали расстреливать его укрепления. Кондратенко без труда сосчитал, что за минуту на редуте разорвалось от 10 до 14 снарядов. Многие из них давали при разрыве клубы черного дыма от сгоревшего мелинита. Вечером он с болью в сердце навестит оставшихся в живых защитников редута. Отравленные ядовитыми мелинитовыми газами, они находились в состоянии столбняка. Тогда же он узнает, что за шесть часов обстрела в районе Водопроводного редута упало более тысячи снарядов, но и сейчас уже было видно, что бомбардировка превратила укрепление в груду дымящихся развалин: обломки дерева, камни, брустверы и блиндажи были срыты до основания, молчали две пушки, не работала связь. В это время начальник участка подполковник Бутусов доложил, что японцы поднялись в атаку. Кондратенко приказал немедленно открыть отсечный огонь с форта № 3, укрепления № 3, Курганной и Перепелиной батарей. Русские артиллеристы стреляли великолепно. Через полчаса атака захлебнулась. Через час все повторилось. С той лишь разницей, что в дело вступили оставшиеся в живых защитники редута.
В 6 часов вечера японцы, подтянув полевые орудия, сбили последний русский пулемет и впервые ворвались на редут. Врага встретили всего 30 оставшихся в живых стрелков. Под командой унтер-офицера Трофима Бирюкова смельчаки пошли в штыки и сбросили врага в ров. Но силы были слишком неравны. К 8 часам вечера японцы заняли передний фас редута и поставили там пулемет. Бутусов, используя все резервы и остатки гарнизона, контратаковал до шести раз за вечер, но безуспешно. В полночь, когда в руках защитников оставался лишь кусочек заднего фаса, начальник участка обратился к Кондратенко с просьбой оставить редут. Положение было действительно критическим. Укрепление превратилось в груду дымящейся земли и перестало соответствовать своему названию. В ротах оставалось по пять-шесть человек в строю. Роман Исидорович ответил: «Если есть какая-нибудь возможность держаться с надеждой на успех, то предоставляется вашему усмотрению оставаться на занимаемой теперь позиции».
Надежды на успех, однако, не было. В 3 часа 47 минут Кондратенко отдал приказ оставить Водопроводный редут. Бутусов с остатками рот отошел. Это предрешило и судьбу Кумирненского редута, который был занят японцами к утру 7 сентября. С большим трудом решился Роман Исидорович на отход. Но к этому времени вся тяжесть борьбы сместилась на другой участок фронта.
Еще утром, направляясь на северный участок, он с тревогой прислушивался к тому, что происходит на западе. Высокая по-прежнему волновала его больше всего. Всякий раз, как только японцы начинали активные боевые действия, он про себя молил Бога, чтобы на сей раз наступление произошло на другом участке. Важность горы во всей системе обороны крепости и недостаточная ее укрепленность вызывали у Романа Исидоровича безотчетное чувство вины. Он не переставал корить себя за то, что мало сделал, не сумел в свое время убедить командование в первостепенной значимости этого опорного пункта.
Когда в середине дня начался интенсивный обстрел гор Высокой и Длинной, Кондратенко понял: настал черед и этих укреплений. Оставив для связи на форту Науменко, он немедленно отправился на форт № 4, поближе к командному пункту начальника участка обороны полковника Ирмана. Успел добраться до нового места, получить и обработать несколько донесений, а артиллерийский обстрел все не кончался. Канонада длилась более трех часов. Впрочем, японские артиллеристы стреляли плохо: на Высокой разрушили только три блиндажа да подбили одно орудие и пулемет. В шестом часу вечера до полка пехоты атаковало позиции на Длинной, но противника остановили. Атаки продолжались весь вечер. На отдельных участках они перерастали в рукопашные схватки. Успеха японцы так и не добились. Кондратенко направил на Длинную приказ держаться до последнего, и защитники выполнили его с честью. Ночью атаки прекратились, но ружейно-пулеметная стрельба не ослабевала до утра. Ночью японцы попытались отдельными группами просочиться сквозь нашу оборону. Сторожевое охранение было начеку и вовремя успевало забрасывать изготовившегося к броску противника бомбочками. Вот когда впервые оценили артурцы это замечательное изобретение. С утра возобновились непрерывные атаки, перемежающиеся массированными артиллерийскими налетами. В ротах, оборонявших гору, в живых осталось по десять-двенадцать человек. В середине дня Кондратенко, получив тревожное донесение от Ирмана, приказал 5-й роте Квантунского экипажа выдвинуться на южную окраину горы Длинной для прикрытия отходящих с позиции войск. Судьба укреплений на Длинной была решена.