После того как генерал Ноги начал саперные работы вокруг укреплений полевого типа, можно было предположить, что японцы окончательно отказались штурмовать крепость. Действительно, японский командующий решил взять крепость на измор. Защитникам от этого легче не стало. Японские саперы сосредоточили усилия против фортов № 2 и № 3 и не прекращали работу ни на час. С русских укреплений бросали гранаты, скатывали шаровые мины, артиллеристы били шрапнелью, но японцы продолжали работы.
Днем 2 декабря Кондратенко получил донесение, что в районе 2-го форта японцы применяют удушающий газ. Он немедленно отправился на передовую. По дороге заехал в штаб и пригласил с собой начальника 2-го отдела Восточного фронта подполковника Науменко, там же к ним присоединился капитан Зангенидзе. Все это были старые соратники генерала, давно проверенные и надежные люди. Дорога прошла быстро, в оживленной беседе. Все единодушно пришли к выводу, что японцы вряд ли применили отравляющие вещества, а просто зажгли какую-то гадость. Большую часть времени друзья говорили о контрминной войне.
В форту их встретили комендант подпоручик Фролов и руководивший минными работами подполковник Рашевский. Действительно, ни о каких отравляющих веществах не могло быть и речи. Просто японцы зажгли в занятой ими части контрэскарпной галереи пропитанный чем-то войлок и вынудили защитников форта оставить галерею. Выслушав доклады, Кондратенко предложил всем осмотреть укрепление.
Обстрел начался неожиданно, когда генерал и сопровождающие его офицеры выходили из каземата. Пришлось вернуться назад. Роман Исидорович сел за карту, одновременно слушая Рашевского, который объяснял причины последних неудач в контрминной борьбе. Обстановка была привычной. От близких разрывов дрожала земля, на мигающий язычок керосиновой лампы с потолка сыпались песок и земля. Офицеры тихо переговаривались. И только при приближении гула одиннадцатидюймового снаряда умолкали… Было девять часов вечера, когда раздался оглушительный взрыв…
Одиннадцатидюймовый гаубичный снаряд, пробив перекрытие, разорвался внутри каземата. От взрыва погибли генерал Кондратенко, подполковники Науменко и Рашевский, капитан Зангенидзе, еще пять офицеров и несколько солдат. Погибли разом те, о которых участник обороны Ф. И. Булгаков позднее напишет: «Для него и его достойных сотрудников: Науменко, Рашевского… и других не существовало понятий: „не время“, „поздно“, „не наше дело“ и т. п., что создавались формализмом и рутинной канцелярией. Все они готовы были делать самое маленькое дело, не считаясь ни очередью, ни служебным положением».
Смерть Кондратенко потрясла защитников крепости. После гибели адмирала Макарова это была главная потеря для Артура, но в начале обороны смерть адмирала воспринялась не так остро. Сейчас, в самые тяжелые, критические дни осады, потеря Кондратенко была поистине невосполнима. 3 декабря в приказе по гарнизону было объявлено: «День 2 декабря есть день печали для нас, защитников крепости. В 9 часов вечера на форте № 2 убит бомбой наш герой, наша гордость — командующий 7-й Восточно-Сибирской дивизией генерал-майор Кондратенко…»
4 декабря после панихиды, на которую, несмотря на непрекращающуюся бомбардировку, собралось огромное количество народа, состоялись скромные похороны. Моряки и пехотинцы, артиллеристы и саперы — все двигались в скорбной процессии. В толпе было много раненых и гражданских лиц. На лафете, в который была впряжена пара лошадей, стояли гробы с телами Кондратенко и Науменко. Не было траурного оркестра и торжественного песнопения. Хоронили героев под звуки артиллерийской канонады и затихающей вдали ружейно-пулеметной перестрелки. На кладбище у батареи Плоского мыса появились две новые могилы. Под большими белыми крестами лежали два друга-соратника. Рядом шли они по жизни, рядом и обрели вечный покой…
Уже после капитуляции в артурской газете «Новый край» было напечатано стихотворение Вельянинова: