Еще позже, по окончании войны, имя Кондратенко будет присвоено 25-му Восточно-Сибирскому стрелковому полку, одному из новых минных крейсеров, пяти городским начальным училищам. В Николаевской инженерной академии будет введена премия имени генерал-лейтенанта Кондратенко за лучший проект по фортификации. Памятники герою поставят в Петербурге на кладбище Александро-Невской лавры, куда перевезут останки героя, в Георгиевском зале Николаевского инженерного училища.
Это все будет память благодарного народа, а в те декабрьские дни гибель Кондратенко, несомненно, отразилась на судьбе крепости. С его смертью, по существу, кончилась оборона Порт-Артура. События стали разворачиваться с поразительной быстротой. Начальником сухопутной обороны вместо погибшего Кондратенко был назначен генерал Фок, и уже 5 декабря наши войска оставили форт № 2. Накануне ночью, когда японцы закончили саперные работы и всем стало ясно, что утром начнется штурм, Фок не только не усилил, а, наоборот, ослабил и без того малочисленный гарнизон, сняв с укрепления 140 человек. «Гарнизон форта № 2 в составе 275 человек я признаю при настоящих обстоятельствах чрезмерным», — писал он Горбатовскому.
В час дня японцы произвели взрыв форта и сквозь разрушенный бруствер бросились в атаку. Рукопашный бой с переменным успехом шел до полуночи, после чего лишенные подкреплений защитники форта оставили его.
Еще через десять дней японцы решили провести такую же операцию против форта № 3, заложив под его бруствер более шести тонн динамита. Форт № 3 нужно было держать во что бы то ни стало, ибо он являлся ключевым пунктом всей позиции, но маховик предательства закрутился с новой силой. Произведя взрыв, японцы пошли на штурм. После одиннадцатичасового боя русские, оборонявшие, по сути дела, одни развалины, не получив в подкрепление ни одного солдата, отошли, сжигая все, что может гореть. В плен японцы взяли только трех раненых солдат, а потеряли больше тысячи.
С оставлением форта № 3 Стессель наконец решил открыто заговорить о капитуляции. Положение было угрожающим, так как японцы на этом участке могли ворваться в город, но не безнадежным. В руках Стесселя оставались почти все укрепления, большое количество артиллерии и личного состава. Люди горели желанием сражаться и при умелой организации и четком руководстве творили чудеса. Но Стессель искал любого предлога к сдаче крепости. 16 декабря он собирает военный совет из старших начальников крепости: генералов, адмиралов, командиров полков, начальников штабов дивизий.
Выступать, как было заведено, начали младшие. Начальник штаба 7-й дивизии капитан Головань высказался за продолжение борьбы. Примерно в таком же духе говорили и все остальные участники совещания, вне зависимости от чина и занимаемого положения. Генерал Белый заявил, что снарядов хватит по меньшей мере еще на два штурма. Генерал-майор Горбатовский сказал: «Мы очень слабы, резервов нет, но держаться необходимо, и притом держаться на передовой линии». Такой же принципиальной позиции придерживались другие генералы: Смирнов, Надеин, Никитин. Настойчиво требовали продолжать оборону такие боевые офицеры, как Ирман, Семенов, Мехмандаров. За капитуляцию выступили только Фок да начальник штаба Стесселя полковник Рейс.