С прибытием Обручева на Кавказ боевые действия оживились. Войска почувствовали твердую руку. Готовилось взятие Карса. Сразу после появления Обручева в Тифлисе провели серьезную ревизию всех тыловых учреждений. Забегали, засуетились интенданты, заметно увяли брызжущие здоровьем и наглостью маркитанты. Карс взяли блестящим штурмом. Скоро пришло сообщение и о взятии Плевны. Война складывалась в пользу русских.
В конце января, в самый разгар шипкинского сидения, Кондратенко опять угодил на больничную койку. Госпиталь был переполнен тяжелоранеными. Роман страдал не столько от болей в колене, сколько оттого, что находился со своей пустяковой болезнью среди тяжело покалеченных людей. В палатах не прекращались разговоры о последних боях, раненые делились свежими впечатлениями. В который раз, узнавая из первых уст о храбрости русских солдат и офицеров, о той тяжелой, незаметной работе, которую они ведут на войне и которая в конечном счете обеспечивает победу, Роман чувствовал гордость за русскую армию, за свою принадлежность к ней.
Внутренне он был готов к встрече с опасностью, тысячу раз представлял, как поведет себя в бою, хотя понимал, что все будет совсем не так, как представляется. И совсем уж не предполагал, что первый раз по-настоящему будет воевать уже в чине генерала, командуя тысячами послушных его воле людей…
Война шла к завершению, и, когда после блестящей победы под Шипкой — Шейново Скобелев одним броском довел свой авангард едва ли не до стен Константинополя, исход ее был предрешен. На Кавказе же после взятия Карса давно шли бои местного значения.
Весной 1878 года был подписан Сан-Стефанский мир. Россия победила. Пятисотлетнее турецкое иго, под которым изнывал болгарский народ, было уничтожено. Русские полки со славой возвращались на родину. Навсегда остались в памяти славянских народов подвиги героев Шипки, Плевны, Шейново. Здесь родилось великое содружество двух единых по вере и крови народов, братство по оружию двух армий.
Весна в этом году в Тифлисе запоздала, но к апрелю взяла свое. Роман вернулся из госпиталя. Лечение результатов почти не дало, и он перемежал недели службы с неделями болезни. Правда, в батальоне особенно не обращали внимания на столь странное разделение времени молодым подпоручиком, но сам Роман был таким положением дел недоволен. Взаимоотношения с солдатами не крепли — они редко видели своего командира.
Только к лету Кондратенко окончательно поправился и с удвоенной энергией взялся за службу. Наверстывая упущенное, он проводил с полуротой почти все занятия, часто оставался в казарме до отбоя. Приходил и в воскресные дни. Любил Роман Кондратенко воскресные и праздничные службы, когда чистые, опрятно одетые солдаты выстраивались около небольшой церквушки. Редкие же часы отдыха он с удовольствием отдавал своему родному городу, его замечательному ботаническому саду.
В отпуск Роман по настоянию врачей уехал на морское побережье. Вместе с ним поехал и брат Елисей с женой. Остановились в малолюдной деревушке Хосте, в доме бывшего сослуживца Елисея Исидоровича. Братья с удовольствием провели месяц, купаясь в ласковом море, совершая небольшие прогулки по побережью. Роман и здесь не оставался без дела. Занимался языком, изучал с помощью брата статистику. Елисей Исидорович охотно разъяснял Роману все премудрости и тонкости своей профессии, и вскоре тот уже мог серьезно помогать брату в кропотливой работе по обработке статистических данных климата Кавказа.
Отдохнувшие и окрепшие вернулись Кондратенки в Тифлис. Роман рвался к работе. Шел второй год его офицерской службы. Прежде всего он стал готовиться к давно задуманным занятиям с унтер-офицерами роты. Занятия эти выходили за рамки учебной программы. Их придумал сам молодой офицер, мечтавший поднять уровень подготовки младших командиров на более высокую ступень. Но мечтам этим не суждено было сбыться. В первые дни осени Роман опять слег. Снова госпиталь, резкий запах йода и хлороформа, тугие, тянущие боли. Нога распухла.
К Рождеству в Тифлис приехал один из родственников Юлии Васильевны, довольно известный врач. По просьбе Юлии Васильевны он всерьез принялся за лечение Романа Исидоровича, и скоро тот встал на ноги. Сразу после Рождества он подал рапорт о разрешении ему сдавать экзамены в Николаевскую инженерную академию. Командир батальона удовлетворил просьбу молодого офицера. Отправив требуемые документы в Петербург, Роман Кондратенко стал готовиться к экзаменам. Пришло подтверждение о зачислении его кандидатом. Зная требования к поступающим в академию еще по учебе в Инженерном замке, Роман делал особый упор на математику, фортификацию, артиллерию. Служба, насыщенная занятиями, внутренними и гарнизонными караулами, оставляла мало времени для подготовки к экзаменам, но дело было знакомое, а трудности только подхлестывали его.