В начале лета 1879 года Кондратенко прибыл в Петербург. Столица, как он отметил, изменилась незначительно. Почти не изменился и сам Роман. Разве что похудевшее его лицо обрамляли теперь бакенбарды да на погонах прибавилось по звездочке — он стал поручиком.
Конкурс в Инженерную академию по сравнению с академией Генерального штаба или Михайловской артиллерийской был не столь высок, хотя требования к поступающим предъявлялись серьезные. Отчасти это объяснялось тем, что саперные войска оставались едва ли не самыми малочисленными и слабыми в русской армии, отчасти тем, что окончание академии не давало особых преимуществ в дальнейшем продвижении по службе. Производство в следующий чин и удерживало многих офицеров от, казалось, необдуманных шагов. Служба же в далеких гарнизонах засасывала своей обыденностью. Книги достать было чрезвычайно трудно, да и стоили они дорого. Впрочем, и книги надоедали. Развлечений, кроме карт и вина, никаких. От тоски пили, от тоски женились, пытаясь хоть как-то скрасить жизнь, и чаше всего портили ее не только себе, но и женам. Нужно было иметь силу воли, чтобы не опуститься, находить время и желание на подготовку к экзаменам, не запуская службы. Именно таким человеком был еще совсем юный поручик Кондратенко.
Экзамены Роман сдал с блеском, не оставив у комиссии ни малейшего шанса сомневаться в целесообразности его зачисления в академию. До начала занятий Роману предстояло найти квартиру. Он понимал, что скромного жалованья саперного поручика на столичную жизнь не хватит. А если и хватит, то в обрез. Вот почему важно найти удобную и недорогую квартиру. Помогла Юлия Васильевна. По ее рекомендации Роман снял комнату у немки, дальней родственницы, вдовы почтового чиновника. Комната была небольшая, но уютная и чистая.
Начались занятия. Радовало, что преподаватели относятся к слушателям с большим вниманием. Не было казенщины, как в юнкерских училищах. Можно было без ограничений пользоваться библиотекой. В учебной литературе недостатка не было. Привычка писать подробные конспекты помогала в самостоятельной работе.
В академии помимо военных вопросов много внимания уделялось чисто инженерным дисциплинам. При тогдашнем понимании роли крепостей в системе долговременной обороны считалось, что каждый военный инженер должен был быть прекрасным строителем. Дополнительно читался специальный курс по строительству железных дорог и мостов. Прав оказался начальник Константиновского училища Гонзоровский, напутствовавший в свое время юнкеров для службы в саперах. Но основное внимание, конечно, уделялось полевой и крепостной фортификации, осаде и обороне крепостей.
Роман учился с большим удовольствием, как всегда основательно и серьезно. Вскоре он уже числился среди первых слушателей. Хорошие взаимоотношения сложились у него и с товарищами. На курсе преобладали немолодые офицеры, поступавшие в академию не по одному разу. Ими двигало не только стремление узнать новое, но и надежда воплотить многие честолюбивые мечты в будущем. Давно окончившие юнкерские училища, обремененные семьями, учились они тяжело, но упорно. Кондратенко много помогал таким «старикам». Он был самым молодым на курсе, но едва ли не самым уважаемым.
Свободное время Роман, как и прежде, посвящал Эрмитажу и музеям. Посещал службы в Исаакиевском соборе. С удовольствием слушал церковные хоры. В Петербурге хоры в соборах отличались высокими художественными достоинствами и классической музыкальной культурой. Кондратенко любил хоровое многоголосие, знал все его тонкости.
Экзамены за первый год он сдал легко, на одном дыхании, и с энергией принялся за годовую работу в поле. В тех же Усть-Ижорских лагерях слушателям выделялся участок местности, который они рекогносцировали в инженерном отношении, снимали план и готовили схематический рубеж обороны… Сделанное предъявлялось к началу следующего учебного года. Работа у Кондратенко шла споро. Уже здесь он выполнил основную ее часть в черновике. Большие чертежные и рисовальные работы он рассчитывал выполнить в отпуске с помощью Елисея Исидоровича.