С легкой душой он поехал в Тифлис. Брат оказал Роману значительную помощь.
По возвращении в Петербург все сделанное он представил к защите. Откровенно говоря, Роман ожидал более высоких результатов, но некоторые оппоненты выступили против слишком вольной трактовки Кондратенко степени сложности укрепления передовых позиций. Роман хорошо привязал задание к местности и максимально использовал естественные препятствия, в инженерном отношении их оборудование свел к минимальной затрате сил и средств. Об экономии средств и упрощении труда солдата говорили тогда мало. Тем не менее проект понравился и, по мнению всех, заслужил высокой оценки.
На старшем курсе требовалось еще больше творчества и самостоятельности в работе. Кондратенко предстояло защитить три задания. Два — военные укрепления, организация минной и контрминной войны. Последнее — проектирование железнодорожного моста. Привыкший глубоко рассматривать каждый вопрос, Роман находил для себя в проектировании много непонятного. Нужны были дополнительные знания, и он кропотливо изучал марки бетона, свойства металлов, познакомился с основами электричества. Любознательность его была поразительна. Работы отличались глубиной проработки материала, точностью формулировок. Преподавателей часто поражало несоответствие внешнего облика и внутреннего мира этого молодого поручика. Невзрачный, с робкой улыбкой и тихим голосом, он буквально преображался на экзаменах и при защите контрольных работ.
Вне академии Роман продолжал вести более чем скромный образ жизни. Жил на той же квартире, по-прежнему посещал церковь, музеи, изредка театр. Очень важное место в его жизни занимали книги. Он начал собирать небольшую библиотеку, в которую помимо литературы по специальности входили и произведения русских классиков. Прежде всего купил недорогие издания Пушкина и Лермонтова. Затем появились Гоголь, Толстой, Аксаков, Лесков. Толстого он выделил особо, как военного писателя, и даже поставил на одну полку с военными рассказами, вышедшими под общей редакцией князя Мещерского. Особенно поражали его воображение «Севастопольские рассказы». Такое сочетание лаконизма и полноты охвата событий в книгах о войне он встречал впервые. «Войну и мир» перечитывал несколько раз. Эта книга тянула к себе.
1 марта 1881 года был убит царь Александр II. В тот день государь отправился на развод войск в Михайловский замок, не зная, что судьба его уже решена. На Малой Садовой улице его ждал заминированный подкоп, на других улицах поджидали метальщики бомб. Возок императора в сопровождении обычного конвоя свернул на малолюдную набережную Екатерининского канала. Сзади в санях следовали полицмейстер Дворжецкий с капитаном Кохом и ротмистром Кулебякой. Софья Перовская, руководившая действиями террористов, заметив клубы снега от императорских саней, взмахнула платком, подавая условный знак. Стоявший на тротуаре молодой человек бросил находившийся у него в руках сверток под ноги поравнявшихся с ним лошадей. Раздался оглушительный взрыв. В смертельной агонии забилась одна из лошадей. Были ранены случайные прохожие: мальчик тащивший по снегу корзину, и казачий офицер. Что касается Александра II, то он, к радостному удивлению сопровождающих, вышел из покосившегося возка целый и невредимый и тут же направился к схваченному конвоем метальщику, пожелав узнать его фамилию. Покушавшийся Рысаков назвался мещанином Глазовым. «Хорош», — проговорил Александр II, с отвращением посмотрев на него. Какой-то офицер, подбежав к собравшимся и, очевидно, не узнав царя, испуганно спросил у него: «Что с государем?» «Слава Богу, я уцелел», — ответил император. «Еще слава ли Богу!» — крикнул Рысаков, видя, как к Александру II приближается второй метальщик бомб — Гриневицкий. Он, желая довести во что бы то ни стало начатое дело до конца, метнул бомбу, когда между ним и императором оставалось всего несколько шагов.
Через несколько минут одни сани мчали смертельно раненного государя в Зимний дворец, а другие — не приходившего в сознание Гриневицкого в госпиталь.
Через девять часов после покушения Александр II скончался.
Эхо взрыва на набережной Екатерининского канала прогремело по всем уголкам необъятной страны. Чрезвычайное событие на несколько дней приостановило и обычную жизнь Николаевской академии, слушатели старшего курса которой готовились к предстоящим экзаменам. Роман, как и большинство однокурсников, негодовал. Много раньше до него доходили слухи, что в стране неспокойно. Проходя вдоль решетки Летнего сада, он невольно останавливался у того места, где прозвучал когда-то выстрел Каракозова. Он, конечно, слышал о народниках, но, будучи бесконечно далек от этих людей, недоумевал, что могло побудить их встать на путь террора.