Византийская система администрации также переживает при первых Комнинах значительные преобразования. Традиционная система состояла в том, что страна управлялась большим числом ведомств, начальники которых (логофеты, хартуларии и пр.) подчинялись непосредственно императору. Строгого разграничения функций между разными ведомствами («секретами») не было: известно большое число департаментов, осуществлявших судебные или податные функции, и наоборот, нередко в рамках одного ведомства соединялись столь разные службы, как иностранные дела, государственная почта и внутренняя безопасность. Придворные чины тесно переплетались с государственными должностями, и начальник императорской опочивальни мог выступать командиром армии. Должности «главного администратора», своего рода премьер-министра, в империи не было.
Должности не было, но были императорские фавориты, которым василевс поручал, как тогда говорили, «управление всеми делами». Положение такого администратора, месадзона, было связано не с должностью, но с монаршей милостью — он мог занимать пост и логофета дрома, и хранителя царской чернильницы. Это место, иными словами, было не конституционным, но сугубо личным.
Нестабильность отличала не только структуру, но и функционирование административного аппарата.
Чиновники назначались и смещались императором и считались исполнителями его воли. Эта власть царя над чиновничеством подчеркивалась любопытным обрядом: за неделю до вербного воскресенья император собирал высших сановников в одной из приемных зал Большого дворца и собственноручно вручал им жалование. Впрочем, на деле связь, вероятно, была обратной: император не меньше зависел от коллективной воли чиновничества, стойко державшегося за привычные привилегии и традиционные методы, чем каждый отдельный вельможа от воли автократора.
Хотя византийские идеологи упорно настаивали на том, что ступени служебной лестницы нужно проходить постепенно, действительность знала много внезапных взлетов и, наоборот, резких падений. Приход нового государя к власти сопровождался сплошь и рядом сменой высших чиновных лиц, а смещение фаворита-месадзона принимало обычно характер внутреннего переворота, не отставки, а опалы. Государственный аппарат постоянно лихорадило, и даже когда смещения и смены не имели места, угроза смещения висела над чиновным миром.
Другое выражение административной нестабильности — обилие органов и лиц, занятых функцией контроля. Сакеларий возглавлял ведомство, задачей которого было наблюдать за деятельностью секретов, и в каждом секрете сакеларий имел своего нотария, сообщавшего ему о работе департамента. В обязанности логофета дрома также входили контрольные функции, а к тому же императоры посылали вместе с полководцами и провинциальными наместниками своих доверенных лиц, официальных доносчиков самого высокого ранга.
Характерная черта византийского государственного аппарата, сближавшая его с аппаратом ряда азиатских монархий, — большая роль евнухов. Они были не только блюстителями церемониала Большого дворца, но митрополитами, администраторами и полководцами. На протяжении XI в. несколько раз скопцы оказывались влиятельнейшими императорскими фаворитами, подлинными временщиками, распоряжавшимися государством. Эта своеобразная фигура, вельможа-скопец, — весьма показательна для византийской нестабильности, ибо скопцы по самому своему естеству противостояли принципу наследственности, родовитости.
При Комнинах в византийской административной системе произошли серьезные сдвиги. Прежде всего бросается в глаза вытеснение евнухов — не только из армии, но и из гражданской администрации. В XIII в. скопцов по-прежнему было много в Константинополе: они пели в церковном хоре, наводняли покои императрицы, были воспитателями императорских детей, — но евнухи-полководцы и тем более евнухи-временщики не встречались в те годы, когда рос и воспитывался Андроник. Состав административной верхушки стабилизируется: наряду с военно-административной элитой царских родичей, носивших высшие титулы и обладавших крупными поместьями, сложилась довольно устойчивая аристократия второго порядка — семьи, постоянно дававшие стране судей, податных сборщиков, сотрудников центральных ведомств.
Самые ведомства перестраиваются, упрощаются. С конца XI в. исчезает департамент верховного контролера — сакелария. Создается должность логофета секретов, которого мыслили как руководителя всех центральных департаментов и которого современники сравнивали с западным канцелярием. Тенденция к десакрализации императорской власти сопровождалась некоторой стабилизацией и симплификацией государственного управления. Но обе тенденции оставались в XII в. непоследовательными.